More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_4806 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_4806  RNA polymerase factor sigma-32  100 
 
 		 293 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0484047  hitchhiker  0.000291044 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1717  RNA polymerase factor sigma-32  97.95 
 
 		 293 aa  570  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4191  RNA polymerase factor sigma-32  88.77 
 
 		 290 aa  484  1e-136  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.262321  normal  0.154969 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3709  RNA polymerase factor sigma-32  89.16 
 
 		 291 aa  484  1e-136  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.126139 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3881  RNA polymerase factor sigma-32  88.77 
 
 		 290 aa  484  1e-136  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.382692  normal  0.0609598 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4338  RNA polymerase factor sigma-32  88.81 
 
 		 290 aa  486  1e-136  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.239407  normal  0.531435 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3380  RNA polymerase factor sigma-32  64.26 
 
 		 284 aa  372  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0000950238  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1137  RNA polymerase factor sigma-32  65.2 
 
 		 311 aa  368  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1763  RNA polymerase factor sigma-32  65.2 
 
 		 311 aa  369  1e-101  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00750009  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1701  RNA polymerase factor sigma-32  65.2 
 
 		 311 aa  367  1e-100  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000437901  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3813  RNA polymerase factor sigma-32  66.67 
 
 		 287 aa  361  1e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.674997  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4142  RNA polymerase factor sigma-32  65.82 
 
 		 287 aa  360  2e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000322567  normal  0.133894 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4270  RNA polymerase factor sigma-32  64.86 
 
 		 285 aa  358  6e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3111  RNA polymerase factor sigma-32  64.23 
 
 		 288 aa  351  1e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.58748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0126  RNA polymerase factor sigma-32  62.08 
 
 		 303 aa  342  4e-93  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1693  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  56.84 
 
 		 298 aa  306  3e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199349 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2297  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  55.71 
 
 		 305 aa  292  4e-78  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000241193  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2978  RNA polymerase factor sigma-32  50.74 
 
 		 293 aa  253  3e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0482  RNA polymerase factor sigma-32  49.81 
 
 		 292 aa  251  1e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540946  normal  0.173001 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0601  RNA polymerase factor sigma-32  49.81 
 
 		 292 aa  250  2e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.907617  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2254  RNA polymerase factor sigma-32  49.81 
 
 		 292 aa  250  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.142039  normal  0.411948 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0456  RNA polymerase factor sigma-32  49.81 
 
 		 292 aa  248  8e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.369824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0906  RNA polymerase factor sigma-32  48.7 
 
 		 292 aa  248  1e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  47.49 
 
 		 340 aa  242  6e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  48.26 
 
 		 297 aa  240  2e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  48.65 
 
 		 297 aa  240  2e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  46.99 
 
 		 296 aa  239  2.9999999999999997e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  48.65 
 
 		 297 aa  238  5.999999999999999e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  48.65 
 
 		 297 aa  238  8e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  47.1 
 
 		 295 aa  238  9e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  46.91 
 
 		 306 aa  237  1e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  45.8 
 
 		 295 aa  237  1e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  48.26 
 
 		 296 aa  237  1e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  47.17 
 
 		 300 aa  238  1e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  48.26 
 
 		 296 aa  237  2e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  48.65 
 
 		 303 aa  237  2e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  47.35 
 
 		 295 aa  237  2e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  48.64 
 
 		 299 aa  235  6e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  46.92 
 
 		 301 aa  234  9e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  46.39 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  45.79 
 
 		 299 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  45.05 
 
 		 299 aa  232  6e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  48.26 
 
 		 299 aa  231  1e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  47.43 
 
 		 303 aa  230  2e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  47.91 
 
 		 298 aa  230  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  47.91 
 
 		 298 aa  230  2e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  46.54 
 
 		 300 aa  230  2e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  47.43 
 
 		 303 aa  229  4e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  45.31 
 
 		 303 aa  227  1e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  44.32 
 
 		 299 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  44 
 
 		 299 aa  226  3e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  45 
 
 		 299 aa  226  4e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  48.06 
 
 		 298 aa  226  4e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  47.04 
 
 		 303 aa  226  5.0000000000000005e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  44 
 
 		 299 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  48.67 
 
 		 301 aa  225  7e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  45.05 
 
 		 299 aa  224  1e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  49.24 
 
 		 302 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  43.96 
 
 		 299 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  48.85 
 
 		 302 aa  223  4e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  43.98 
 
 		 298 aa  222  6e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  45.95 
 
 		 308 aa  221  9.999999999999999e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  46.18 
 
 		 301 aa  219  5e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  46.72 
 
 		 300 aa  219  5e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  45.56 
 
 		 298 aa  219  5e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.35 
 
 		 290 aa  211  1e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  38.18 
 
 		 297 aa  201  1.9999999999999998e-50  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  40.08 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  39.93 
 
 		 281 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0570  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.91 
 
 		 291 aa  189  5e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1062  RNA polymerase factor sigma-32  41.45 
 
 		 283 aa  189  5.999999999999999e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.369095  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  40.6 
 
 		 307 aa  188  9e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  40.6 
 
 		 307 aa  187  1e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40.6 
 
 		 307 aa  187  1e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0197  sigma 32 (RpoH)  43.07 
 
 		 329 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.271088 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1545  RNA polymerase factor sigma-32  39.93 
 
 		 280 aa  187  2e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.197254  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2134  sigma 32 (RpoH)  37.92 
 
 		 283 aa  186  3e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000728638  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0204  RNA polymerase factor sigma-32  38.01 
 
 		 283 aa  186  5e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000789244  decreased coverage  0.00000216818 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3948  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  39.11 
 
 		 289 aa  186  5e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00908242  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1108  RNA polymerase sigma-70  39.49 
 
 		 299 aa  185  6e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0489202  normal  0.248396 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0161  RNA polymerase factor sigma-32  39.43 
 
 		 285 aa  185  7e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0430  RNA polymerase sigma-32 factor  40.15 
 
 		 284 aa  185  7e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  39.16 
 
 		 286 aa  185  8e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00277  RNA polymerase factor sigma-32  38.85 
 
 		 285 aa  185  8e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0385  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  37.31 
 
 		 300 aa  185  9e-46  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.58272  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1525  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.73 
 
 		 326 aa  185  9e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480979  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4748  RNA polymerase factor sigma-32  39.78 
 
 		 284 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.294089  normal  0.0445386 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1069  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  39.05 
 
 		 300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1197  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  39.05 
 
 		 300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3603  RNA polymerase factor sigma-32  38.11 
 
 		 285 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000309877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2741  RNA polymerase factor sigma-32  40 
 
 		 281 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.703982  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0858  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  40.74 
 
 		 350 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000347952  normal  0.310936 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1128  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  39.05 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0486  RNA polymerase factor sigma-32  37.96 
 
 		 311 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0357  RNA polymerase factor sigma-32  39.78 
 
 		 284 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108013  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5334  RNA polymerase factor sigma-32  39.78 
 
 		 284 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.020248  normal  0.458128 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1935  RpoH  39.13 
 
 		 287 aa  182  6e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5108  RNA polymerase factor sigma-32  39.41 
 
 		 284 aa  182  7e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0222  RNA polymerase factor sigma-32  37.27 
 
 		 285 aa  182  7e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.281933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5158  RNA polymerase factor sigma-32  39.41 
 
 		 284 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.900853  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>