More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_2430 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  100 
 
 
299 aa  614  1e-175  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  94.63 
 
 
299 aa  584  1e-166  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  93.29 
 
 
299 aa  574  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  93.96 
 
 
299 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  92.62 
 
 
299 aa  570  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  91.61 
 
 
299 aa  560  1.0000000000000001e-159  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  90.6 
 
 
299 aa  556  1e-157  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  79.66 
 
 
296 aa  472  1e-132  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  77.1 
 
 
300 aa  472  1e-132  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  80 
 
 
296 aa  473  1e-132  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  79.09 
 
 
297 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  78.6 
 
 
299 aa  463  1e-129  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  76.53 
 
 
303 aa  463  1e-129  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  77.47 
 
 
297 aa  461  1e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  77.47 
 
 
297 aa  461  1e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  77.47 
 
 
297 aa  461  1e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  75.86 
 
 
308 aa  459  9.999999999999999e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  73.33 
 
 
301 aa  441  1e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  72.11 
 
 
300 aa  439  9.999999999999999e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  70.41 
 
 
302 aa  432  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  75.18 
 
 
303 aa  432  1e-120  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  70.41 
 
 
302 aa  433  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  74.82 
 
 
303 aa  434  1e-120  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  74.82 
 
 
303 aa  429  1e-119  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  72.79 
 
 
340 aa  427  1e-118  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  65.99 
 
 
303 aa  411  1e-114  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  68.55 
 
 
295 aa  395  1e-109  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  66.43 
 
 
298 aa  387  1e-107  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  67.97 
 
 
299 aa  390  1e-107  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  66.43 
 
 
298 aa  387  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  66.44 
 
 
295 aa  390  1e-107  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  67.6 
 
 
301 aa  387  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  66.08 
 
 
298 aa  383  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  65.84 
 
 
299 aa  381  1e-105  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  66.79 
 
 
296 aa  383  1e-105  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  66.19 
 
 
301 aa  379  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  64.24 
 
 
295 aa  380  1e-104  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  64.51 
 
 
298 aa  378  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  64.48 
 
 
299 aa  378  1e-104  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  67.83 
 
 
298 aa  377  1e-103  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  64.77 
 
 
300 aa  373  1e-102  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  63.8 
 
 
306 aa  358  8e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0197  sigma 32 (RpoH)  45.29 
 
 
329 aa  261  8e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.271088 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1525  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.38 
 
 
326 aa  256  3e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480979  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0385  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  47.45 
 
 
300 aa  255  5e-67  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.58272  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  48.76 
 
 
290 aa  255  5e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0655  RNA polymerase sigma-32 factor  46.5 
 
 
284 aa  253  2.0000000000000002e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00800994  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0655  RNA polymerase sigma-32 factor  46.72 
 
 
297 aa  251  7e-66  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0381956  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  46.04 
 
 
279 aa  250  2e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1330  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.98 
 
 
285 aa  241  7.999999999999999e-63  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000387324  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  42.01 
 
 
297 aa  235  7e-61  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3950  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.19 
 
 
280 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000446037  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1693  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.31 
 
 
298 aa  234  2.0000000000000002e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.199349 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0664  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.16 
 
 
282 aa  231  7.000000000000001e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000163215  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0114  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.7 
 
 
292 aa  228  1e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00356807  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0181  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  42.11 
 
 
280 aa  228  1e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000220203  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3837  RNA polymerase factor sigma-32  44.6 
 
 
286 aa  226  4e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0265332  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0570  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.33 
 
 
291 aa  225  5.0000000000000005e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  42.29 
 
 
286 aa  224  9e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1717  RNA polymerase factor sigma-32  45.05 
 
 
293 aa  224  1e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4806  RNA polymerase factor sigma-32  45.05 
 
 
293 aa  224  1e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0484047  hitchhiker  0.000291044 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4142  RNA polymerase factor sigma-32  46.33 
 
 
287 aa  223  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000322567  normal  0.133894 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  43.21 
 
 
307 aa  224  2e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3813  RNA polymerase factor sigma-32  46.33 
 
 
287 aa  223  4e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.674997  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0570  RNA polymerase factor sigma-32  44.33 
 
 
311 aa  221  8e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.634272  normal  0.0160138 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1701  RNA polymerase factor sigma-32  44 
 
 
311 aa  221  9e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000437901  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1545  RNA polymerase factor sigma-32  44.94 
 
 
280 aa  221  9e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.197254  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0586  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40.82 
 
 
285 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00166054 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4146  RNA polymerase factor sigma-32  43.62 
 
 
307 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0573  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  40.14 
 
 
285 aa  219  3e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000689788  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1763  RNA polymerase factor sigma-32  43.64 
 
 
311 aa  219  6e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00750009  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1137  RNA polymerase factor sigma-32  43.07 
 
 
311 aa  218  1e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0702  sigma 32 (RpoH)  43.46 
 
 
285 aa  218  1e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179676  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4379  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.23 
 
 
313 aa  218  1e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.202105  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00277  RNA polymerase factor sigma-32  42.01 
 
 
285 aa  217  2e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1443  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  41.26 
 
 
433 aa  216  2.9999999999999998e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000239959  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0889  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.16 
 
 
322 aa  216  2.9999999999999998e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0236612  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0301  RNA polymerase factor sigma-32  43.26 
 
 
311 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1549  sigma-70 region 2 domain-containing protein  42.5 
 
 
356 aa  216  4e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00000354786  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0341  RNA polymerase sigma-32 factor  43.16 
 
 
288 aa  215  7e-55  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788591  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2297  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  39.1 
 
 
305 aa  215  9e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000241193  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1108  RNA polymerase sigma-70  44.98 
 
 
299 aa  214  9.999999999999999e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0489202  normal  0.248396 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4270  RNA polymerase factor sigma-32  44.66 
 
 
285 aa  214  9.999999999999999e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  42.18 
 
 
307 aa  214  9.999999999999999e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1256  sigma 32 (RpoH)  43.26 
 
 
322 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0486  RNA polymerase factor sigma-32  42.31 
 
 
311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2733  RNA polymerase factor sigma-32  42.31 
 
 
311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.328689  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2875  RNA polymerase factor sigma-32  42.31 
 
 
311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0167  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.4 
 
 
289 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1197  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.24 
 
 
300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3465  RNA polymerase factor sigma-32  40.21 
 
 
285 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36661  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1069  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.24 
 
 
300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1128  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.24 
 
 
300 aa  212  4.9999999999999996e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2370  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.21 
 
 
286 aa  212  4.9999999999999996e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.228679  hitchhiker  0.0000736942 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2750  RNA polymerase sigma-32 factor  43.21 
 
 
286 aa  212  4.9999999999999996e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.82 
 
 
307 aa  211  7.999999999999999e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6145  RNA polymerase factor sigma-32  42.2 
 
 
311 aa  211  1e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3603  RNA polymerase factor sigma-32  41.84 
 
 
285 aa  211  1e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000309877  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1062  RNA polymerase factor sigma-32  43.11 
 
 
283 aa  211  1e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.369095  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  41.58 
 
 
307 aa  211  1e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>