More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_1986 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  100 
 
 
300 aa  607  1e-173  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  79.8 
 
 
299 aa  484  1e-136  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  79.52 
 
 
299 aa  477  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  77.1 
 
 
299 aa  474  1e-133  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  77.44 
 
 
299 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  77.1 
 
 
299 aa  472  1e-132  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  77.44 
 
 
299 aa  473  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  79.09 
 
 
303 aa  467  1.0000000000000001e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  77.1 
 
 
299 aa  470  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  81.29 
 
 
296 aa  462  1e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  81.29 
 
 
296 aa  463  1e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  76.39 
 
 
297 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  76.03 
 
 
297 aa  451  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  77.27 
 
 
299 aa  448  1e-125  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  79.14 
 
 
303 aa  450  1e-125  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  71.52 
 
 
302 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  78.06 
 
 
303 aa  444  1.0000000000000001e-124  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  75.35 
 
 
301 aa  447  1.0000000000000001e-124  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  75.34 
 
 
297 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  75.34 
 
 
297 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  77.26 
 
 
308 aa  444  1.0000000000000001e-124  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  74.3 
 
 
302 aa  442  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  76.53 
 
 
340 aa  442  1e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  77.7 
 
 
303 aa  442  1e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  73.13 
 
 
300 aa  439  9.999999999999999e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  69.72 
 
 
303 aa  411  1e-114  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  71.79 
 
 
295 aa  408  1e-113  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  69.52 
 
 
301 aa  408  1e-113  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  73.33 
 
 
299 aa  408  1e-113  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  70.21 
 
 
298 aa  402  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  70.21 
 
 
298 aa  404  1e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  70.21 
 
 
298 aa  404  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  71.23 
 
 
295 aa  404  1e-111  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  67.47 
 
 
296 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  67.01 
 
 
298 aa  398  9.999999999999999e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  68.48 
 
 
295 aa  396  1e-109  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  67.69 
 
 
299 aa  394  1e-109  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  68.73 
 
 
298 aa  388  1e-107  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  68.55 
 
 
301 aa  388  1e-107  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  66.43 
 
 
300 aa  384  1e-105  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  64.89 
 
 
299 aa  373  1e-102  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  66.08 
 
 
306 aa  360  1e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0385  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  47.84 
 
 
300 aa  268  5.9999999999999995e-71  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.58272  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0655  RNA polymerase sigma-32 factor  48.19 
 
 
297 aa  267  2e-70  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0381956  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  46.55 
 
 
279 aa  260  2e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0655  RNA polymerase sigma-32 factor  47.31 
 
 
284 aa  258  8e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00800994  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0197  sigma 32 (RpoH)  48.3 
 
 
329 aa  256  2e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.271088 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1525  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  47 
 
 
326 aa  255  7e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480979  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1693  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.12 
 
 
298 aa  253  2.0000000000000002e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.199349 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  48.38 
 
 
290 aa  248  7e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  45.22 
 
 
297 aa  247  1e-64  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  46.43 
 
 
286 aa  247  1e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  44.37 
 
 
307 aa  248  1e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1330  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.89 
 
 
285 aa  245  6e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000387324  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3950  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.38 
 
 
280 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000446037  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0573  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  45.14 
 
 
285 aa  241  1e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000689788  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0664  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.62 
 
 
282 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000163215  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0114  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.57 
 
 
292 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00356807  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0586  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.14 
 
 
285 aa  239  4e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00166054 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1717  RNA polymerase factor sigma-32  47.17 
 
 
293 aa  238  1e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4806  RNA polymerase factor sigma-32  47.17 
 
 
293 aa  238  1e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0484047  hitchhiker  0.000291044 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4142  RNA polymerase factor sigma-32  48.28 
 
 
287 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000322567  normal  0.133894 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0181  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.57 
 
 
280 aa  237  2e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000220203  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3813  RNA polymerase factor sigma-32  48.28 
 
 
287 aa  236  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.674997  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1763  RNA polymerase factor sigma-32  43.77 
 
 
311 aa  236  4e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00750009  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1701  RNA polymerase factor sigma-32  43.77 
 
 
311 aa  234  1.0000000000000001e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000437901  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1137  RNA polymerase factor sigma-32  43.42 
 
 
311 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1062  RNA polymerase factor sigma-32  45.39 
 
 
283 aa  233  3e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.369095  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0570  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45 
 
 
291 aa  232  5e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  42.66 
 
 
307 aa  229  4e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  42.66 
 
 
307 aa  229  5e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2297  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.7 
 
 
305 aa  229  5e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000241193  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.66 
 
 
307 aa  228  7e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4270  RNA polymerase factor sigma-32  46.47 
 
 
285 aa  228  8e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3837  RNA polymerase factor sigma-32  45.39 
 
 
286 aa  228  1e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0265332  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2741  RNA polymerase factor sigma-32  45.58 
 
 
281 aa  224  9e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.703982  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2370  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  47.46 
 
 
286 aa  224  1e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.228679  hitchhiker  0.0000736942 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  43.71 
 
 
281 aa  224  1e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2750  RNA polymerase sigma-32 factor  47.46 
 
 
286 aa  224  1e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0204  RNA polymerase factor sigma-32  41.07 
 
 
283 aa  224  2e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000789244  decreased coverage  0.00000216818 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3977  RNA polymerase factor sigma-32  42.01 
 
 
285 aa  223  3e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000239264  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4379  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44 
 
 
313 aa  223  4e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.202105  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0272  RNA polymerase factor sigma-32  43.25 
 
 
311 aa  222  6e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.809393 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0167  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.26 
 
 
289 aa  221  9e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1108  RNA polymerase sigma-70  42.91 
 
 
299 aa  221  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0489202  normal  0.248396 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4338  RNA polymerase factor sigma-32  47.39 
 
 
290 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.239407  normal  0.531435 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1197  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  45.74 
 
 
300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3111  RNA polymerase factor sigma-32  45.77 
 
 
288 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.58748  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1128  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  45.74 
 
 
300 aa  219  3e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4191  RNA polymerase factor sigma-32  47.92 
 
 
290 aa  219  3e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.262321  normal  0.154969 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0702  sigma 32 (RpoH)  45.2 
 
 
285 aa  219  3e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179676  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3881  RNA polymerase factor sigma-32  47.92 
 
 
290 aa  219  3e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.382692  normal  0.0609598 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0570  RNA polymerase factor sigma-32  43.46 
 
 
311 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.634272  normal  0.0160138 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1935  RpoH  43.97 
 
 
287 aa  219  3.9999999999999997e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3709  RNA polymerase factor sigma-32  47.33 
 
 
291 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.126139 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0222  RNA polymerase factor sigma-32  41.2 
 
 
285 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.281933  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2733  RNA polymerase factor sigma-32  43.42 
 
 
311 aa  219  6e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.328689  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0486  RNA polymerase factor sigma-32  43.42 
 
 
311 aa  219  6e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1069  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.22 
 
 
300 aa  219  6e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2875  RNA polymerase factor sigma-32  43.42 
 
 
311 aa  219  6e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>