More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3538 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  100 
 
 
300 aa  610  1e-173  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  89.67 
 
 
302 aa  559  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  89.67 
 
 
302 aa  558  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  84.95 
 
 
301 aa  529  1e-149  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  82.88 
 
 
308 aa  509  1e-143  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  81.27 
 
 
303 aa  489  1e-137  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  81.61 
 
 
303 aa  489  1e-137  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  80.94 
 
 
303 aa  485  1e-136  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  72.45 
 
 
303 aa  451  1.0000000000000001e-126  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  74.49 
 
 
299 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  76.33 
 
 
296 aa  441  1e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  72.11 
 
 
299 aa  439  9.999999999999999e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  75.97 
 
 
296 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  73.13 
 
 
299 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  72.79 
 
 
299 aa  440  9.999999999999999e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  73.13 
 
 
300 aa  439  9.999999999999999e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  72.45 
 
 
299 aa  434  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  72.45 
 
 
299 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  75 
 
 
297 aa  434  1e-120  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  71.43 
 
 
299 aa  429  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  74.73 
 
 
303 aa  430  1e-119  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  75.18 
 
 
299 aa  425  1e-118  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  73.24 
 
 
297 aa  424  1e-118  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  73.24 
 
 
297 aa  422  1e-117  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  73.24 
 
 
297 aa  423  1e-117  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  74.82 
 
 
340 aa  416  9.999999999999999e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  69.07 
 
 
295 aa  404  1.0000000000000001e-112  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  69.31 
 
 
299 aa  391  1e-108  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  69.09 
 
 
295 aa  392  1e-108  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  67.35 
 
 
295 aa  389  1e-107  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  68.93 
 
 
298 aa  387  1e-106  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  65.98 
 
 
301 aa  387  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  66.2 
 
 
296 aa  385  1e-106  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  67.74 
 
 
298 aa  385  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  68.93 
 
 
298 aa  387  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  67.27 
 
 
299 aa  383  1e-105  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  65.74 
 
 
301 aa  379  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  64.24 
 
 
298 aa  378  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  63.48 
 
 
300 aa  378  1e-104  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  66.67 
 
 
298 aa  378  1e-104  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  63.67 
 
 
299 aa  374  1e-102  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  63.07 
 
 
306 aa  358  5e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0385  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  47.2 
 
 
300 aa  271  1e-71  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.58272  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0655  RNA polymerase sigma-32 factor  47.9 
 
 
297 aa  269  2.9999999999999997e-71  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0381956  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0197  sigma 32 (RpoH)  45.04 
 
 
329 aa  248  7e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.271088 
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  44.24 
 
 
297 aa  246  3e-64  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1525  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  47.39 
 
 
326 aa  246  4e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480979  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0655  RNA polymerase sigma-32 factor  46.21 
 
 
284 aa  240  2e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00800994  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  46.01 
 
 
279 aa  239  4e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.95 
 
 
290 aa  238  8e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  44.41 
 
 
286 aa  235  7e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1701  RNA polymerase factor sigma-32  43.51 
 
 
311 aa  228  9e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000437901  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1763  RNA polymerase factor sigma-32  43.51 
 
 
311 aa  228  1e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00750009  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1330  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.89 
 
 
285 aa  227  2e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000387324  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  42.23 
 
 
307 aa  225  5.0000000000000005e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1137  RNA polymerase factor sigma-32  43.51 
 
 
311 aa  225  7e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4142  RNA polymerase factor sigma-32  47.17 
 
 
287 aa  225  9e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000322567  normal  0.133894 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  43.24 
 
 
307 aa  224  1e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3813  RNA polymerase factor sigma-32  47.17 
 
 
287 aa  223  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.674997  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.24 
 
 
307 aa  224  2e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0114  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.62 
 
 
292 aa  224  2e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00356807  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  42.57 
 
 
307 aa  223  3e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2297  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.2 
 
 
305 aa  223  3e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000241193  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1693  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.7 
 
 
298 aa  223  4e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.199349 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1549  sigma-70 region 2 domain-containing protein  43.71 
 
 
356 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00000354786  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0664  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.82 
 
 
282 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000163215  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1717  RNA polymerase factor sigma-32  46.72 
 
 
293 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3380  RNA polymerase factor sigma-32  44.24 
 
 
284 aa  220  1.9999999999999999e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0000950238  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4270  RNA polymerase factor sigma-32  46.56 
 
 
285 aa  219  3.9999999999999997e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4806  RNA polymerase factor sigma-32  46.72 
 
 
293 aa  219  5e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0484047  hitchhiker  0.000291044 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3950  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.12 
 
 
280 aa  218  1e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000446037  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0570  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.43 
 
 
291 aa  216  2.9999999999999998e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0181  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  41.49 
 
 
280 aa  215  8e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000220203  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0341  RNA polymerase sigma-32 factor  43.91 
 
 
288 aa  214  9.999999999999999e-55  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788591  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0586  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.03 
 
 
285 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00166054 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3837  RNA polymerase factor sigma-32  44.09 
 
 
286 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0265332  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1062  RNA polymerase factor sigma-32  44.85 
 
 
283 aa  212  7e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.369095  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0702  sigma 32 (RpoH)  43.01 
 
 
285 aa  212  7e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179676  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1108  RNA polymerase sigma-70  42.2 
 
 
299 aa  211  1e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0489202  normal  0.248396 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0573  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  43.28 
 
 
285 aa  211  1e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000689788  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3111  RNA polymerase factor sigma-32  42.86 
 
 
288 aa  207  1e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.58748  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0858  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  43.16 
 
 
350 aa  207  1e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000347952  normal  0.310936 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3465  RNA polymerase factor sigma-32  39.42 
 
 
285 aa  208  1e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36661  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1069  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.51 
 
 
300 aa  207  2e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0570  RNA polymerase factor sigma-32  41.99 
 
 
311 aa  207  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.634272  normal  0.0160138 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1197  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  42.51 
 
 
300 aa  207  2e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1128  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  42.51 
 
 
300 aa  207  2e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0207  RNA polymerase factor sigma-32  41.58 
 
 
341 aa  206  4e-52  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00507389  hitchhiker  0.000595744 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4476  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40.07 
 
 
313 aa  206  5e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4379  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40.35 
 
 
313 aa  206  5e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.202105  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0204  RNA polymerase factor sigma-32  40 
 
 
283 aa  206  5e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000789244  decreased coverage  0.00000216818 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4146  RNA polymerase factor sigma-32  41.99 
 
 
307 aa  205  6e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0301  RNA polymerase factor sigma-32  41.24 
 
 
311 aa  206  6e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2116  sigma 70 family protein  41.7 
 
 
360 aa  205  7e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00000000331512  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0227  RNA polymerase factor sigma-32  40.97 
 
 
287 aa  204  1e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0140317  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1694  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.67 
 
 
314 aa  204  1e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0731  RNA polymerase factor sigma-32  42.65 
 
 
311 aa  203  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0988064  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0563  RNA polymerase factor sigma-32  42.65 
 
 
311 aa  203  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0230  RNA polymerase factor sigma-32  42.09 
 
 
309 aa  203  2e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2909  RNA polymerase factor sigma-32  42.65 
 
 
311 aa  203  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>