More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BR1650 on replicon NC_004310
Organism: Brucella suis 1330



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  100 
 
 
303 aa  622  1e-177  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  99.67 
 
 
303 aa  619  1e-176  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  95.7 
 
 
303 aa  574  1.0000000000000001e-163  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  85.08 
 
 
308 aa  520  1e-146  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  81.27 
 
 
300 aa  505  9.999999999999999e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  79.4 
 
 
301 aa  504  9.999999999999999e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  78.93 
 
 
302 aa  497  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  78.6 
 
 
302 aa  494  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  78.23 
 
 
303 aa  486  1e-136  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  75.17 
 
 
299 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  78.17 
 
 
300 aa  454  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  73.51 
 
 
299 aa  454  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  74.15 
 
 
299 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  73.84 
 
 
299 aa  454  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  73.81 
 
 
299 aa  447  1e-125  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  72.85 
 
 
299 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  78.57 
 
 
296 aa  447  1e-125  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  73.81 
 
 
299 aa  449  1e-125  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  77.3 
 
 
303 aa  444  1.0000000000000001e-124  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  77.89 
 
 
299 aa  446  1.0000000000000001e-124  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  78.57 
 
 
296 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  76.79 
 
 
297 aa  437  1e-121  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  74.82 
 
 
340 aa  429  1e-119  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  75 
 
 
297 aa  428  1e-119  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  74.64 
 
 
297 aa  425  1e-118  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  74.64 
 
 
297 aa  425  1e-118  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  72.44 
 
 
295 aa  412  1e-114  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  71.38 
 
 
295 aa  409  1e-113  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  65.51 
 
 
295 aa  393  1e-108  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  67.84 
 
 
299 aa  394  1e-108  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  66.67 
 
 
301 aa  388  1e-107  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  65.96 
 
 
296 aa  389  1e-107  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  66.67 
 
 
298 aa  384  1e-106  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  66.67 
 
 
298 aa  384  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  67.02 
 
 
299 aa  381  1e-105  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  65.49 
 
 
298 aa  380  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  66.19 
 
 
301 aa  378  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  64.46 
 
 
298 aa  380  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  63.07 
 
 
299 aa  375  1e-103  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  63.99 
 
 
300 aa  374  1e-103  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  66.67 
 
 
298 aa  376  1e-103  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  60.2 
 
 
306 aa  359  4e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0385  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  48.53 
 
 
300 aa  265  8e-70  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.58272  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0655  RNA polymerase sigma-32 factor  48.16 
 
 
297 aa  262  4e-69  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0381956  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1525  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  48.58 
 
 
326 aa  262  6e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480979  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  48.24 
 
 
286 aa  259  3e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0197  sigma 32 (RpoH)  49.62 
 
 
329 aa  259  3e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.271088 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  45.52 
 
 
279 aa  254  1.0000000000000001e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  43.15 
 
 
297 aa  250  2e-65  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  48.74 
 
 
290 aa  249  3e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0655  RNA polymerase sigma-32 factor  44.8 
 
 
284 aa  241  2e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00800994  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0664  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.31 
 
 
282 aa  236  3e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000163215  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1693  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.9 
 
 
298 aa  236  4e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.199349 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1330  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.29 
 
 
285 aa  236  5.0000000000000005e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000387324  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3837  RNA polymerase factor sigma-32  46.85 
 
 
286 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0265332  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0114  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.71 
 
 
292 aa  233  3e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00356807  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4806  RNA polymerase factor sigma-32  47.1 
 
 
293 aa  233  3e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0484047  hitchhiker  0.000291044 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2297  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.27 
 
 
305 aa  233  3e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000241193  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4142  RNA polymerase factor sigma-32  47.53 
 
 
287 aa  233  3e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000322567  normal  0.133894 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1717  RNA polymerase factor sigma-32  47.1 
 
 
293 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3813  RNA polymerase factor sigma-32  47.53 
 
 
287 aa  231  9e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.674997  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0570  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.95 
 
 
291 aa  231  1e-59  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4379  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.3 
 
 
313 aa  229  5e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.202105  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1763  RNA polymerase factor sigma-32  44.79 
 
 
311 aa  228  8e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00750009  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1701  RNA polymerase factor sigma-32  44.79 
 
 
311 aa  227  1e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000437901  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  41.84 
 
 
307 aa  228  1e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3950  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.65 
 
 
280 aa  226  3e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000446037  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3380  RNA polymerase factor sigma-32  45.17 
 
 
284 aa  226  3e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0000950238  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4270  RNA polymerase factor sigma-32  47.15 
 
 
285 aa  226  5.0000000000000005e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1137  RNA polymerase factor sigma-32  45.17 
 
 
311 aa  225  7e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0181  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  43.57 
 
 
280 aa  224  1e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000220203  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  41.92 
 
 
307 aa  224  1e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  41.92 
 
 
307 aa  223  2e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0702  sigma 32 (RpoH)  45.1 
 
 
285 aa  223  3e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179676  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.92 
 
 
307 aa  223  3e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2741  RNA polymerase factor sigma-32  45.85 
 
 
281 aa  222  6e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.703982  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0573  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  43.82 
 
 
285 aa  220  1.9999999999999999e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000689788  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0586  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.4 
 
 
285 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00166054 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0341  RNA polymerase sigma-32 factor  44.73 
 
 
288 aa  220  1.9999999999999999e-56  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788591  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1062  RNA polymerase factor sigma-32  44.44 
 
 
283 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.369095  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0301  RNA polymerase factor sigma-32  44.29 
 
 
311 aa  219  5e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0230  RNA polymerase factor sigma-32  43.77 
 
 
309 aa  217  2e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3111  RNA polymerase factor sigma-32  43.01 
 
 
288 aa  217  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.58748  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0249  RNA polymerase factor sigma-32  43.77 
 
 
309 aa  217  2e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0272  RNA polymerase factor sigma-32  43.42 
 
 
311 aa  217  2.9999999999999998e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.809393 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1481  RNA polymerase factor sigma-32  43.42 
 
 
311 aa  216  5e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3138  RNA polymerase factor sigma-32  43.42 
 
 
311 aa  216  5e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0107  RNA polymerase factor sigma-32  43.42 
 
 
311 aa  216  5e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.811048  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2909  RNA polymerase factor sigma-32  43.42 
 
 
311 aa  216  5e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0731  RNA polymerase factor sigma-32  43.42 
 
 
311 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0988064  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0563  RNA polymerase factor sigma-32  43.42 
 
 
311 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0547  RNA polymerase factor sigma-32  43.42 
 
 
311 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.118318  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3709  RNA polymerase factor sigma-32  46.33 
 
 
291 aa  215  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.126139 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0570  RNA polymerase factor sigma-32  43.57 
 
 
311 aa  215  8e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.634272  normal  0.0160138 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0325  RNA polymerase factor sigma-32  43.77 
 
 
309 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0486  RNA polymerase factor sigma-32  43.32 
 
 
311 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3894  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.51 
 
 
313 aa  213  1.9999999999999998e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1256  sigma 32 (RpoH)  42.71 
 
 
322 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1694  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.36 
 
 
314 aa  213  1.9999999999999998e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03532  RNA polymerase sigma factor  43.48 
 
 
277 aa  214  1.9999999999999998e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0276999  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>