More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Anae109_1848 on replicon NC_009675
Organism: Anaeromyxobacter sp. Fw109-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  100 
 
 
307 aa  622  1e-177  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  83.71 
 
 
307 aa  531  1e-150  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  83.06 
 
 
307 aa  527  1e-149  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  83.06 
 
 
307 aa  526  1e-148  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1108  RNA polymerase sigma-70  67.96 
 
 
299 aa  392  1e-108  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0489202  normal  0.248396 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1128  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  65.4 
 
 
300 aa  388  1e-107  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1069  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  65.4 
 
 
300 aa  388  1e-107  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1197  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  65.4 
 
 
300 aa  387  1e-106  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0586  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  54.23 
 
 
285 aa  296  3e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00166054 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0573  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  53.85 
 
 
285 aa  295  6e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000689788  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  53.96 
 
 
279 aa  293  3e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3950  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  53.55 
 
 
280 aa  285  5.999999999999999e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000446037  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0114  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  50.69 
 
 
292 aa  282  6.000000000000001e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00356807  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0655  RNA polymerase sigma-32 factor  50 
 
 
284 aa  281  7.000000000000001e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00800994  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0181  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  51.8 
 
 
280 aa  280  3e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000220203  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  46.69 
 
 
286 aa  276  2e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0664  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  49.12 
 
 
282 aa  272  6e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000163215  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1330  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  51.77 
 
 
285 aa  269  4e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000387324  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0858  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  48.16 
 
 
350 aa  255  8e-67  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000347952  normal  0.310936 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  48.03 
 
 
301 aa  254  2.0000000000000002e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  47.27 
 
 
299 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  47.24 
 
 
295 aa  253  3e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  47.14 
 
 
300 aa  251  7e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  45.42 
 
 
296 aa  248  1e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  44.37 
 
 
300 aa  248  1e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  46.79 
 
 
306 aa  248  1e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0477  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  45.61 
 
 
474 aa  246  4e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0144971 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1443  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  43.11 
 
 
433 aa  243  3.9999999999999997e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000239959  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  45.45 
 
 
298 aa  241  7.999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  45.2 
 
 
295 aa  241  9e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  45.1 
 
 
298 aa  241  1e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  45.1 
 
 
298 aa  241  1e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  46.45 
 
 
299 aa  241  1e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1549  sigma-70 region 2 domain-containing protein  43.77 
 
 
356 aa  240  2e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00000354786  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.96 
 
 
340 aa  240  2e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2735  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.45 
 
 
322 aa  239  5e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2641  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.45 
 
 
322 aa  239  5.999999999999999e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0535725  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.29 
 
 
303 aa  238  6.999999999999999e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1224  sigma 32 (RpoH)  46.62 
 
 
322 aa  238  8e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  43.99 
 
 
297 aa  236  3e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  45.32 
 
 
296 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  43 
 
 
297 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2545  RNA polymerase sigma-70  46.13 
 
 
357 aa  235  8e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0762323  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  43.64 
 
 
297 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  42.81 
 
 
295 aa  234  1.0000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  44.96 
 
 
296 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  43.64 
 
 
297 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  44.91 
 
 
298 aa  232  5e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.64 
 
 
299 aa  232  6e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2240  RNA polymerase factor sigma-32  44.29 
 
 
288 aa  231  1e-59  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2116  sigma 70 family protein  44.04 
 
 
360 aa  230  2e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00000000331512  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2115  sigma-70 region 2 domain-containing protein  42.09 
 
 
326 aa  230  2e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000423948  unclonable  0.00000794083 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1859  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.45 
 
 
356 aa  230  3e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.539066  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  43.6 
 
 
301 aa  230  3e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  43.01 
 
 
298 aa  229  3e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  43.88 
 
 
299 aa  229  3e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2151  RNA polymerase factor sigma-32  44.6 
 
 
288 aa  229  3e-59  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.370706  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  43.51 
 
 
281 aa  229  5e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  43.31 
 
 
303 aa  228  9e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03711  RNA polymerase factor sigma-32  44.56 
 
 
282 aa  228  1e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  43.53 
 
 
299 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3666  RNA polymerase factor sigma-32  44.21 
 
 
291 aa  227  2e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  44.65 
 
 
299 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  43.17 
 
 
299 aa  227  2e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  42.46 
 
 
303 aa  227  2e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  44.28 
 
 
299 aa  226  3e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  42.86 
 
 
308 aa  226  3e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  44.25 
 
 
299 aa  225  6e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  42.23 
 
 
300 aa  225  6e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2662  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.81 
 
 
285 aa  224  1e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148114 
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  42.25 
 
 
303 aa  224  2e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0249  RNA polymerase factor sigma-32  43.99 
 
 
309 aa  224  2e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  43.21 
 
 
299 aa  224  2e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  42.71 
 
 
299 aa  223  2e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  42.25 
 
 
303 aa  224  2e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0325  RNA polymerase factor sigma-32  43.3 
 
 
309 aa  223  3e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2741  RNA polymerase factor sigma-32  44.48 
 
 
281 aa  222  4.9999999999999996e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.703982  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0230  RNA polymerase factor sigma-32  43.64 
 
 
309 aa  223  4.9999999999999996e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  42.23 
 
 
301 aa  222  7e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  41.55 
 
 
302 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  41.55 
 
 
302 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0374  RNA polymerase factor sigma-32  42.96 
 
 
306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.391616  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4379  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.81 
 
 
313 aa  220  1.9999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.202105  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2515  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  43.31 
 
 
389 aa  219  7e-56  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.244142  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2845  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.87 
 
 
311 aa  218  1e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1062  RNA polymerase factor sigma-32  43.06 
 
 
283 aa  218  1e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.369095  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3522  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.87 
 
 
321 aa  218  1e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2370  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.49 
 
 
286 aa  216  5e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.228679  hitchhiker  0.0000736942 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2750  RNA polymerase sigma-32 factor  43.49 
 
 
286 aa  216  5e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40.79 
 
 
290 aa  215  7e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3465  RNA polymerase factor sigma-32  40.85 
 
 
285 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36661  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1692  sigma 32 (RpoH)  42.66 
 
 
313 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.645597  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0655  RNA polymerase sigma-32 factor  41.3 
 
 
297 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0381956  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0702  sigma 32 (RpoH)  42.2 
 
 
285 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179676  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1256  sigma 32 (RpoH)  41.61 
 
 
322 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1694  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.55 
 
 
314 aa  213  2.9999999999999995e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002141  RNA polymerase sigma factor RpoH  40.77 
 
 
285 aa  213  4.9999999999999996e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000181562  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4476  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.75 
 
 
313 aa  212  4.9999999999999996e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00277  RNA polymerase factor sigma-32  40.77 
 
 
285 aa  212  7e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0570  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.31 
 
 
291 aa  212  7.999999999999999e-54  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>