More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Glov_0181 on replicon NC_010814
Organism: Geobacter lovleyi SZ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010814  Glov_0181  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  100 
 
 
280 aa  575  1.0000000000000001e-163  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000220203  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0114  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  80.14 
 
 
292 aa  478  1e-134  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00356807  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0655  RNA polymerase sigma-32 factor  67.15 
 
 
284 aa  384  1e-105  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00800994  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  65.34 
 
 
279 aa  383  1e-105  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0664  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  65.44 
 
 
282 aa  378  1e-104  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000163215  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3950  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  62.64 
 
 
280 aa  363  1e-99  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000446037  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0586  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  63.31 
 
 
285 aa  358  8e-98  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00166054 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0573  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  63.31 
 
 
285 aa  357  8e-98  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000689788  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1330  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  61.59 
 
 
285 aa  350  2e-95  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000387324  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  51.47 
 
 
286 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  51.8 
 
 
307 aa  280  3e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  51.79 
 
 
307 aa  276  2e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  49.64 
 
 
307 aa  269  5e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  49.64 
 
 
307 aa  268  1e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1108  RNA polymerase sigma-70  50 
 
 
299 aa  253  3e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0489202  normal  0.248396 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1069  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  49.29 
 
 
300 aa  247  2e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1197  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  48.94 
 
 
300 aa  246  2e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1128  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  48.94 
 
 
300 aa  246  3e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  44.57 
 
 
300 aa  237  2e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  45.55 
 
 
299 aa  233  3e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  44.72 
 
 
308 aa  233  3e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.68 
 
 
299 aa  230  2e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  44.36 
 
 
296 aa  229  3e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  43.01 
 
 
297 aa  228  6e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  42.66 
 
 
296 aa  228  8e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  45.05 
 
 
303 aa  227  1e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  42.11 
 
 
299 aa  228  1e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  44.33 
 
 
301 aa  227  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.24 
 
 
290 aa  227  2e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  42.55 
 
 
297 aa  226  2e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.29 
 
 
340 aa  226  3e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  43.93 
 
 
301 aa  226  3e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  42.31 
 
 
296 aa  226  4e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  42.96 
 
 
302 aa  226  4e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  44.65 
 
 
299 aa  226  5.0000000000000005e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  42.66 
 
 
297 aa  225  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  42.66 
 
 
297 aa  225  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.66 
 
 
303 aa  225  7e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  42.35 
 
 
299 aa  223  2e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  41.4 
 
 
299 aa  224  2e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  44.52 
 
 
295 aa  223  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  41.4 
 
 
299 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  42.61 
 
 
302 aa  223  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  44.49 
 
 
303 aa  223  4e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  44.49 
 
 
303 aa  223  4e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  41.75 
 
 
299 aa  222  4.9999999999999996e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  41.05 
 
 
299 aa  221  8e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  44.37 
 
 
300 aa  221  8e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  43.77 
 
 
303 aa  221  9.999999999999999e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2515  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.64 
 
 
389 aa  221  9.999999999999999e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.244142  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  40.7 
 
 
299 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0858  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.8 
 
 
350 aa  219  3e-56  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000347952  normal  0.310936 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  41.76 
 
 
295 aa  219  3e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  42.09 
 
 
306 aa  219  3e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  43.96 
 
 
295 aa  217  2e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2115  sigma-70 region 2 domain-containing protein  43.01 
 
 
326 aa  216  5e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000423948  unclonable  0.00000794083 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  41.49 
 
 
300 aa  215  7e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0570  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.86 
 
 
291 aa  214  9e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  43.17 
 
 
298 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  44.81 
 
 
301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2641  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.7 
 
 
322 aa  213  3.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0535725  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2735  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.7 
 
 
322 aa  213  3.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1224  sigma 32 (RpoH)  42.7 
 
 
322 aa  212  5.999999999999999e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1859  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.66 
 
 
356 aa  210  2e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.539066  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  42.45 
 
 
298 aa  210  2e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  42.45 
 
 
298 aa  210  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0477  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.98 
 
 
474 aa  209  5e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0144971 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0385  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  42.46 
 
 
300 aa  207  1e-52  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.58272  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2545  RNA polymerase sigma-70  41.58 
 
 
357 aa  207  1e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0762323  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  41.49 
 
 
298 aa  203  2e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0655  RNA polymerase sigma-32 factor  42.31 
 
 
297 aa  202  4e-51  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0381956  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  40.91 
 
 
299 aa  202  4e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  41.13 
 
 
298 aa  202  5e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1549  sigma-70 region 2 domain-containing protein  42.75 
 
 
356 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00000354786  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  39.3 
 
 
297 aa  199  6e-50  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1443  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  40.22 
 
 
433 aa  198  7e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000239959  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03711  RNA polymerase factor sigma-32  41.7 
 
 
282 aa  197  1.0000000000000001e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2474  RNA polymerase sigma 70 family subunit  42.55 
 
 
321 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000632175  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2116  sigma 70 family protein  43.12 
 
 
360 aa  196  3e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00000000331512  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2741  RNA polymerase factor sigma-32  42.12 
 
 
281 aa  196  3e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.703982  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2370  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.04 
 
 
286 aa  195  5.000000000000001e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.228679  hitchhiker  0.0000736942 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3948  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  39.93 
 
 
289 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00908242  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2750  RNA polymerase sigma-32 factor  41.04 
 
 
286 aa  195  5.000000000000001e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3837  RNA polymerase factor sigma-32  41.58 
 
 
286 aa  195  6e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0265332  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2900  RNA polymerase factor sigma-32  40.29 
 
 
286 aa  194  1e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0400312  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48070  RNA polymerase factor sigma-32  40.07 
 
 
284 aa  194  2e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.254094  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002141  RNA polymerase sigma factor RpoH  41.7 
 
 
285 aa  194  2e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000181562  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2733  RNA polymerase factor sigma-32  39.21 
 
 
311 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.328689  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  40.66 
 
 
281 aa  193  3e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00277  RNA polymerase factor sigma-32  41.33 
 
 
285 aa  193  3e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2875  RNA polymerase factor sigma-32  39.21 
 
 
311 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2826  RNA polymerase factor sigma-32  39.93 
 
 
311 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0197  sigma 32 (RpoH)  40.22 
 
 
329 aa  192  6e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.271088 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2201  RNA polymerase factor sigma-32  39.93 
 
 
311 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.66943  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2815  RNA polymerase factor sigma-32  39.93 
 
 
311 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0301  RNA polymerase factor sigma-32  39.21 
 
 
311 aa  191  9e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2134  sigma 32 (RpoH)  40.38 
 
 
283 aa  191  9e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000728638  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0702  sigma 32 (RpoH)  41.37 
 
 
285 aa  191  9e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179676  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1481  RNA polymerase factor sigma-32  39.93 
 
 
311 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0731  RNA polymerase factor sigma-32  39.93 
 
 
311 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0988064  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>