More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_1859 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_1859  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  100 
 
 
356 aa  724    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.539066  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0858  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  71.08 
 
 
350 aa  428  1e-119  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000347952  normal  0.310936 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0477  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  58.75 
 
 
474 aa  385  1e-106  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0144971 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2116  sigma 70 family protein  63.4 
 
 
360 aa  384  1e-105  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00000000331512  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1443  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  56.57 
 
 
433 aa  375  1e-103  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000239959  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1549  sigma-70 region 2 domain-containing protein  63.93 
 
 
356 aa  371  1e-101  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00000354786  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2115  sigma-70 region 2 domain-containing protein  55.24 
 
 
326 aa  323  3e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000423948  unclonable  0.00000794083 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2474  RNA polymerase sigma 70 family subunit  47.75 
 
 
321 aa  279  5e-74  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000632175  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2515  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  47.64 
 
 
389 aa  259  4e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.244142  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2545  RNA polymerase sigma-70  46.81 
 
 
357 aa  248  9e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0762323  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2735  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.5 
 
 
322 aa  248  1e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2641  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.5 
 
 
322 aa  248  1e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0535725  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1224  sigma 32 (RpoH)  47.16 
 
 
322 aa  248  2e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  42.45 
 
 
307 aa  230  3e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  40.14 
 
 
307 aa  223  4e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40.14 
 
 
307 aa  222  8e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  40.5 
 
 
307 aa  219  5e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  44.24 
 
 
279 aa  215  9.999999999999999e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0586  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44 
 
 
285 aa  215  9.999999999999999e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00166054 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0573  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.74 
 
 
285 aa  213  4.9999999999999996e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000689788  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0114  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.77 
 
 
292 aa  212  7e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00356807  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0655  RNA polymerase sigma-32 factor  43.8 
 
 
284 aa  211  1e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00800994  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  40.37 
 
 
286 aa  211  2e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0181  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  45.66 
 
 
280 aa  210  3e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000220203  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1108  RNA polymerase sigma-70  40.71 
 
 
299 aa  209  7e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0489202  normal  0.248396 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1069  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.64 
 
 
300 aa  206  4e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1128  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  41.64 
 
 
300 aa  206  5e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1197  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  41.64 
 
 
300 aa  206  5e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  41.34 
 
 
306 aa  205  1e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3950  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.07 
 
 
280 aa  204  2e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000446037  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  40.64 
 
 
298 aa  204  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0664  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.03 
 
 
282 aa  203  4e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000163215  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  40.28 
 
 
298 aa  202  9e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  40.28 
 
 
298 aa  202  9e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  41.48 
 
 
301 aa  194  1e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  40.36 
 
 
299 aa  193  5e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  39.05 
 
 
295 aa  192  7e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  40.36 
 
 
299 aa  192  8e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  40 
 
 
299 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  40.73 
 
 
299 aa  191  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  39.8 
 
 
340 aa  191  2e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  41.26 
 
 
297 aa  191  2e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  40.29 
 
 
299 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  39.86 
 
 
295 aa  191  2e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3666  RNA polymerase factor sigma-32  39.49 
 
 
291 aa  189  4e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03711  RNA polymerase factor sigma-32  40.44 
 
 
282 aa  189  5e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  40.89 
 
 
297 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  40.89 
 
 
297 aa  189  7e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  37.97 
 
 
281 aa  189  7e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  39.38 
 
 
299 aa  189  8e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1330  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.12 
 
 
285 aa  189  9e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000387324  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  39.01 
 
 
299 aa  188  1e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  38.75 
 
 
298 aa  187  3e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  39.37 
 
 
299 aa  186  5e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  38.65 
 
 
297 aa  186  7e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  39.48 
 
 
295 aa  186  7e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  40.15 
 
 
296 aa  186  7e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2240  RNA polymerase factor sigma-32  38.04 
 
 
288 aa  185  1.0000000000000001e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  38.25 
 
 
301 aa  185  1.0000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  40.22 
 
 
297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  39.34 
 
 
298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  39.78 
 
 
299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  38.89 
 
 
300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0278  RNA polymerase factor sigma-32  38.27 
 
 
285 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000247348  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  39.78 
 
 
296 aa  184  3e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  39.49 
 
 
296 aa  184  3e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2151  RNA polymerase factor sigma-32  38.04 
 
 
288 aa  183  5.0000000000000004e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.370706  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03532  RNA polymerase sigma factor  37.88 
 
 
277 aa  182  7e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0276999  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3465  RNA polymerase factor sigma-32  36.76 
 
 
285 aa  182  7e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36661  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  38.46 
 
 
299 aa  182  1e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  40.22 
 
 
300 aa  181  1e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0161  RNA polymerase factor sigma-32  37.55 
 
 
285 aa  181  2e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  38.04 
 
 
308 aa  181  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  38.29 
 
 
290 aa  181  2e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1062  RNA polymerase factor sigma-32  37.1 
 
 
283 aa  181  2e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.369095  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  38.66 
 
 
299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2741  RNA polymerase factor sigma-32  38.77 
 
 
281 aa  179  5.999999999999999e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.703982  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3603  RNA polymerase factor sigma-32  36.43 
 
 
285 aa  178  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000309877  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3948  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  36.52 
 
 
289 aa  178  1e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00908242  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0222  RNA polymerase factor sigma-32  35.34 
 
 
285 aa  178  2e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.281933  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0702  sigma 32 (RpoH)  35.25 
 
 
285 aa  177  2e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179676  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3502  RNA polymerase factor sigma-32  35.94 
 
 
284 aa  177  2e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000191039  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0292  RNA polymerase factor sigma-32  35.34 
 
 
285 aa  177  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000107182  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0204  RNA polymerase factor sigma-32  35.69 
 
 
283 aa  177  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000789244  decreased coverage  0.00000216818 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4161  RNA polymerase factor sigma-32  35.34 
 
 
285 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000335306  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4091  RNA polymerase factor sigma-32  35.34 
 
 
285 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000103165  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4583  RNA polymerase factor sigma-32  35.34 
 
 
285 aa  177  3e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0174  RNA polymerase factor sigma-32  35.34 
 
 
285 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000841804  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4292  RNA polymerase factor sigma-32  35.34 
 
 
285 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000815776  decreased coverage  0.00275886 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3771  RNA polymerase factor sigma-32  35.34 
 
 
285 aa  177  3e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000120601  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3844  RNA polymerase factor sigma-32  35.34 
 
 
285 aa  177  3e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000172859  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3969  RNA polymerase factor sigma-32  35.34 
 
 
285 aa  177  3e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000340759  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3522  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  37.97 
 
 
321 aa  176  4e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2845  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  37.97 
 
 
311 aa  176  6e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0301  RNA polymerase factor sigma-32  37.04 
 
 
311 aa  176  6e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  36.5 
 
 
303 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  38.01 
 
 
303 aa  175  9.999999999999999e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  38.38 
 
 
303 aa  174  9.999999999999999e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  40.07 
 
 
301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0167  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  37.5 
 
 
289 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>