More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_2134 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_2134  sigma 32 (RpoH)  100 
 
 		 283 aa  583  1.0000000000000001e-165  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000728638  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4748  RNA polymerase factor sigma-32  53.68 
 
 		 284 aa  311  6.999999999999999e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.294089  normal  0.0445386 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0430  RNA polymerase sigma-32 factor  53.68 
 
 		 284 aa  311  1e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5334  RNA polymerase factor sigma-32  53.68 
 
 		 284 aa  311  1e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.020248  normal  0.458128 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0357  RNA polymerase factor sigma-32  52.98 
 
 		 284 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4981  RNA polymerase factor sigma-32  52.28 
 
 		 284 aa  308  5e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5108  RNA polymerase factor sigma-32  52.28 
 
 		 284 aa  308  6.999999999999999e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149866  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5158  RNA polymerase factor sigma-32  52.67 
 
 		 284 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.900853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3743  RNA polymerase factor sigma-32  54.48 
 
 		 286 aa  307  2.0000000000000002e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48070  RNA polymerase factor sigma-32  54.74 
 
 		 284 aa  304  1.0000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.254094  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0471  RNA polymerase factor sigma-32  54.04 
 
 		 284 aa  300  3e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.60439  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04930  RNA polymerase factor sigma-32  54.04 
 
 		 284 aa  300  3e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.119593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4172  RNA polymerase factor sigma-32  54.04 
 
 		 284 aa  298  5e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00647174  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03310  RNA polymerase sigma factor  53.47 
 
 		 284 aa  297  2e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0254  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  53.47 
 
 		 284 aa  297  2e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0255  RNA polymerase factor sigma-32  53.47 
 
 		 284 aa  297  2e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3660  RNA polymerase factor sigma-32  53.47 
 
 		 284 aa  297  2e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4781  RNA polymerase factor sigma-32  53.47 
 
 		 284 aa  297  2e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03263  hypothetical protein  53.47 
 
 		 284 aa  297  2e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3744  RNA polymerase factor sigma-32  53.47 
 
 		 284 aa  297  2e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03532  RNA polymerase sigma factor  54.48 
 
 		 277 aa  297  2e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0276999  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3943  RNA polymerase factor sigma-32  53.47 
 
 		 284 aa  297  2e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2371  RNA polymerase factor sigma-32  53.36 
 
 		 286 aa  297  2e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000115405  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3861  RNA polymerase factor sigma-32  53.47 
 
 		 284 aa  297  2e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2662  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  52.98 
 
 		 285 aa  295  7e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148114 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1545  RNA polymerase factor sigma-32  51.65 
 
 		 280 aa  294  1e-78  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.197254  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4062  RNA polymerase factor sigma-32  51.9 
 
 		 285 aa  294  1e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0102  RNA polymerase factor sigma-32  51.21 
 
 		 285 aa  293  3e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.911847  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2986  RNA polymerase factor sigma-32  52.69 
 
 		 288 aa  293  3e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.160532  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3874  RNA polymerase factor sigma-32  51.56 
 
 		 285 aa  293  3e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.81201  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0096  RNA polymerase factor sigma-32  51.22 
 
 		 285 aa  292  4e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2302  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  51.22 
 
 		 287 aa  292  4e-78  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.962406  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3594  RNA polymerase factor sigma-32  50.53 
 
 		 284 aa  291  6e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000215308  normal  0.0848762 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3939  RNA polymerase factor sigma-32  53.12 
 
 		 284 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3760  RNA polymerase factor sigma-32  53.12 
 
 		 284 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3837  RNA polymerase factor sigma-32  53.12 
 
 		 284 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3770  RNA polymerase factor sigma-32  53.12 
 
 		 284 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3880  RNA polymerase factor sigma-32  53.12 
 
 		 284 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3948  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  51.24 
 
 		 289 aa  288  8e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00908242  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4325  RNA polymerase factor sigma-32  52.94 
 
 		 288 aa  288  9e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.451736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1935  RpoH  51.79 
 
 		 287 aa  286  2e-76  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002141  RNA polymerase sigma factor RpoH  50.35 
 
 		 285 aa  286  2e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000181562  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0161  RNA polymerase factor sigma-32  49.09 
 
 		 285 aa  286  2.9999999999999996e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03711  RNA polymerase factor sigma-32  51.06 
 
 		 282 aa  285  5e-76  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2721  RNA polymerase factor sigma-32  51.59 
 
 		 284 aa  282  5.000000000000001e-75  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0570  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  52.57 
 
 		 291 aa  282  5.000000000000001e-75  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2594  RNA polymerase factor sigma-32  51.23 
 
 		 284 aa  281  9e-75  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3977  RNA polymerase factor sigma-32  51.87 
 
 		 285 aa  280  1e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000239264  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00277  RNA polymerase factor sigma-32  49.29 
 
 		 285 aa  280  2e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0167  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  50.36 
 
 		 289 aa  280  2e-74  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  54.48 
 
 		 281 aa  279  4e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3666  RNA polymerase factor sigma-32  49.11 
 
 		 291 aa  279  4e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3865  RNA polymerase factor sigma-32  52.6 
 
 		 285 aa  279  5e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.104404 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4161  RNA polymerase factor sigma-32  50.35 
 
 		 285 aa  278  6e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000335306  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4091  RNA polymerase factor sigma-32  50.35 
 
 		 285 aa  278  6e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000103165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0174  RNA polymerase factor sigma-32  50.35 
 
 		 285 aa  278  6e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000841804  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4292  RNA polymerase factor sigma-32  50.35 
 
 		 285 aa  278  6e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000815776  decreased coverage  0.00275886 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0292  RNA polymerase factor sigma-32  49.82 
 
 		 285 aa  278  8e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000107182  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0204  RNA polymerase factor sigma-32  49.82 
 
 		 283 aa  276  3e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000789244  decreased coverage  0.00000216818 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0356  RNA polymerase factor sigma-32  48.76 
 
 		 372 aa  276  3e-73  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000321506  hitchhiker  0.000547654 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3771  RNA polymerase factor sigma-32  49.82 
 
 		 285 aa  276  3e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000120601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3844  RNA polymerase factor sigma-32  49.82 
 
 		 285 aa  276  3e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000172859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3969  RNA polymerase factor sigma-32  49.82 
 
 		 285 aa  276  3e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000340759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2900  RNA polymerase factor sigma-32  51.52 
 
 		 286 aa  276  4e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0400312  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3465  RNA polymerase factor sigma-32  49.65 
 
 		 285 aa  276  4e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36661  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0580  RNA polymerase factor sigma-32  52.61 
 
 		 285 aa  276  4e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000361022  normal  0.31275 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0222  RNA polymerase factor sigma-32  49.47 
 
 		 285 aa  276  4e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.281933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3976  RNA polymerase factor sigma-32  52.61 
 
 		 285 aa  276  4e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0908412  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0242  RNA polymerase factor sigma-32  52.61 
 
 		 285 aa  275  5e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.330072  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4583  RNA polymerase factor sigma-32  49.82 
 
 		 285 aa  275  8e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3502  RNA polymerase factor sigma-32  50.38 
 
 		 284 aa  275  8e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000191039  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3603  RNA polymerase factor sigma-32  49.82 
 
 		 285 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000309877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0626  RNA polymerase sigma-32 factor RpoH  52.38 
 
 		 283 aa  271  8.000000000000001e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0224  RNA polymerase factor sigma-32  51.57 
 
 		 285 aa  271  8.000000000000001e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0696164 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0207  RNA polymerase factor sigma-32  48.41 
 
 		 341 aa  271  1e-71  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00507389  hitchhiker  0.000595744 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2113  RNA polymerase factor sigma-32  50.37 
 
 		 288 aa  270  1e-71  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.199726  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0227  RNA polymerase factor sigma-32  49.26 
 
 		 287 aa  271  1e-71  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0140317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0059  alternative sigma factor RpoH  49.63 
 
 		 286 aa  270  1e-71  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.314637  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0210  RNA polymerase factor sigma-32  50.74 
 
 		 288 aa  271  1e-71  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.000000219279  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2991  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  51.1 
 
 		 281 aa  270  2e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.965699  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2151  RNA polymerase factor sigma-32  48.03 
 
 		 288 aa  268  8.999999999999999e-71  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.370706  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2240  RNA polymerase factor sigma-32  48.03 
 
 		 288 aa  267  1e-70  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2875  RNA polymerase factor sigma-32  48.39 
 
 		 311 aa  266  2e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2733  RNA polymerase factor sigma-32  48.39 
 
 		 311 aa  266  2e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.328689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0278  RNA polymerase factor sigma-32  48.54 
 
 		 285 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000247348  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2826  RNA polymerase factor sigma-32  48.4 
 
 		 311 aa  266  4e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2201  RNA polymerase factor sigma-32  48.4 
 
 		 311 aa  266  4e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.66943  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2815  RNA polymerase factor sigma-32  48.4 
 
 		 311 aa  266  4e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0486  RNA polymerase factor sigma-32  47.86 
 
 		 311 aa  263  4e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1481  RNA polymerase factor sigma-32  47.16 
 
 		 311 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3138  RNA polymerase factor sigma-32  47.16 
 
 		 311 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0547  RNA polymerase factor sigma-32  47.16 
 
 		 311 aa  260  1e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.118318  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0731  RNA polymerase factor sigma-32  47.16 
 
 		 311 aa  260  1e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0988064  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2909  RNA polymerase factor sigma-32  47.16 
 
 		 311 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6145  RNA polymerase factor sigma-32  47.67 
 
 		 311 aa  260  1e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0563  RNA polymerase factor sigma-32  47.16 
 
 		 311 aa  260  1e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0107  RNA polymerase factor sigma-32  47.16 
 
 		 311 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.811048  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0136  RNA polymerase factor sigma-32  50.74 
 
 		 286 aa  260  2e-68  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.27298  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0456  RNA polymerase factor sigma-32  47.69 
 
 		 311 aa  260  2e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3837  RNA polymerase factor sigma-32  48.89 
 
 		 286 aa  258  7e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0265332  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>