More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3594 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3594  RNA polymerase factor sigma-32  100 
 
 		 284 aa  585  1e-166  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000215308  normal  0.0848762 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4748  RNA polymerase factor sigma-32  71.83 
 
 		 284 aa  432  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.294089  normal  0.0445386 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0430  RNA polymerase sigma-32 factor  71.48 
 
 		 284 aa  430  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0357  RNA polymerase factor sigma-32  70.77 
 
 		 284 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4981  RNA polymerase factor sigma-32  70.07 
 
 		 284 aa  424  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5108  RNA polymerase factor sigma-32  70.07 
 
 		 284 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5334  RNA polymerase factor sigma-32  70.42 
 
 		 284 aa  423  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.020248  normal  0.458128 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5158  RNA polymerase factor sigma-32  70.21 
 
 		 284 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.900853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2986  RNA polymerase factor sigma-32  68.79 
 
 		 288 aa  409  1e-113  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.160532  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3743  RNA polymerase factor sigma-32  68.44 
 
 		 286 aa  405  1.0000000000000001e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0471  RNA polymerase factor sigma-32  70.97 
 
 		 284 aa  401  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.60439  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04930  RNA polymerase factor sigma-32  70.97 
 
 		 284 aa  401  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.119593  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48070  RNA polymerase factor sigma-32  70.61 
 
 		 284 aa  398  9.999999999999999e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.254094  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4325  RNA polymerase factor sigma-32  72.04 
 
 		 288 aa  398  9.999999999999999e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.451736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4172  RNA polymerase factor sigma-32  70.07 
 
 		 284 aa  387  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00647174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0207  RNA polymerase factor sigma-32  63.37 
 
 		 341 aa  360  2e-98  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00507389  hitchhiker  0.000595744 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0227  RNA polymerase factor sigma-32  63.37 
 
 		 287 aa  359  2e-98  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0140317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2113  RNA polymerase factor sigma-32  63.33 
 
 		 288 aa  352  2.9999999999999997e-96  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.199726  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0210  RNA polymerase factor sigma-32  63.33 
 
 		 288 aa  351  5.9999999999999994e-96  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.000000219279  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0356  RNA polymerase factor sigma-32  61.9 
 
 		 372 aa  351  8.999999999999999e-96  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000321506  hitchhiker  0.000547654 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00277  RNA polymerase factor sigma-32  61.82 
 
 		 285 aa  349  3e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002141  RNA polymerase sigma factor RpoH  61.82 
 
 		 285 aa  347  1e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000181562  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2371  RNA polymerase factor sigma-32  61.96 
 
 		 286 aa  347  1e-94  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000115405  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2900  RNA polymerase factor sigma-32  61.89 
 
 		 286 aa  347  2e-94  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0400312  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3948  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  58.66 
 
 		 289 aa  346  3e-94  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00908242  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0102  RNA polymerase factor sigma-32  59.71 
 
 		 285 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.911847  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0096  RNA polymerase factor sigma-32  59.35 
 
 		 285 aa  341  5.999999999999999e-93  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2662  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  59.65 
 
 		 285 aa  341  8e-93  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148114 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2594  RNA polymerase factor sigma-32  60.56 
 
 		 284 aa  339  2.9999999999999998e-92  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4062  RNA polymerase factor sigma-32  58.63 
 
 		 285 aa  339  4e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03310  RNA polymerase sigma factor  60 
 
 		 284 aa  337  9.999999999999999e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0254  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  60 
 
 		 284 aa  337  9.999999999999999e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3660  RNA polymerase factor sigma-32  60 
 
 		 284 aa  337  9.999999999999999e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03263  hypothetical protein  60 
 
 		 284 aa  337  9.999999999999999e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4781  RNA polymerase factor sigma-32  60 
 
 		 284 aa  337  9.999999999999999e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2721  RNA polymerase factor sigma-32  60.21 
 
 		 284 aa  337  9.999999999999999e-92  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3861  RNA polymerase factor sigma-32  60 
 
 		 284 aa  337  9.999999999999999e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3943  RNA polymerase factor sigma-32  60 
 
 		 284 aa  337  9.999999999999999e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3744  RNA polymerase factor sigma-32  60 
 
 		 284 aa  337  9.999999999999999e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0255  RNA polymerase factor sigma-32  60 
 
 		 284 aa  337  9.999999999999999e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2302  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  58.84 
 
 		 287 aa  337  9.999999999999999e-92  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.962406  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0167  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  59.64 
 
 		 289 aa  335  3.9999999999999995e-91  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3837  RNA polymerase factor sigma-32  59.64 
 
 		 284 aa  335  5e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3760  RNA polymerase factor sigma-32  59.64 
 
 		 284 aa  335  5e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3939  RNA polymerase factor sigma-32  59.64 
 
 		 284 aa  335  5e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3880  RNA polymerase factor sigma-32  59.64 
 
 		 284 aa  335  5e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3770  RNA polymerase factor sigma-32  59.64 
 
 		 284 aa  335  5e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3874  RNA polymerase factor sigma-32  57.91 
 
 		 285 aa  334  1e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.81201  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3502  RNA polymerase factor sigma-32  59.33 
 
 		 284 aa  334  1e-90  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000191039  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03532  RNA polymerase sigma factor  60.59 
 
 		 277 aa  333  2e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0276999  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1545  RNA polymerase factor sigma-32  58.61 
 
 		 280 aa  333  2e-90  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.197254  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3465  RNA polymerase factor sigma-32  57.34 
 
 		 285 aa  331  9e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3977  RNA polymerase factor sigma-32  55.94 
 
 		 285 aa  328  5.0000000000000004e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000239264  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0161  RNA polymerase factor sigma-32  56.51 
 
 		 285 aa  328  9e-89  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1935  RpoH  59.93 
 
 		 287 aa  327  1.0000000000000001e-88  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0292  RNA polymerase factor sigma-32  57.99 
 
 		 285 aa  323  1e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000107182  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3865  RNA polymerase factor sigma-32  59.78 
 
 		 285 aa  323  2e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.104404 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0224  RNA polymerase factor sigma-32  60.14 
 
 		 285 aa  323  2e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0696164 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0626  RNA polymerase sigma-32 factor RpoH  58.97 
 
 		 283 aa  322  5e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4161  RNA polymerase factor sigma-32  57.62 
 
 		 285 aa  322  5e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000335306  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4292  RNA polymerase factor sigma-32  57.62 
 
 		 285 aa  322  5e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000815776  decreased coverage  0.00275886 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0059  alternative sigma factor RpoH  57.41 
 
 		 286 aa  322  5e-87  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.314637  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0174  RNA polymerase factor sigma-32  57.62 
 
 		 285 aa  322  5e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000841804  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4091  RNA polymerase factor sigma-32  57.62 
 
 		 285 aa  322  5e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000103165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2991  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  59.42 
 
 		 281 aa  321  9.000000000000001e-87  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.965699  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0204  RNA polymerase factor sigma-32  57.25 
 
 		 283 aa  320  9.999999999999999e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000789244  decreased coverage  0.00000216818 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3603  RNA polymerase factor sigma-32  54.74 
 
 		 285 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000309877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3771  RNA polymerase factor sigma-32  57.62 
 
 		 285 aa  320  9.999999999999999e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000120601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3969  RNA polymerase factor sigma-32  57.62 
 
 		 285 aa  320  9.999999999999999e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000340759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3844  RNA polymerase factor sigma-32  57.62 
 
 		 285 aa  320  9.999999999999999e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000172859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3976  RNA polymerase factor sigma-32  59.06 
 
 		 285 aa  320  1.9999999999999998e-86  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0908412  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0580  RNA polymerase factor sigma-32  59.06 
 
 		 285 aa  320  1.9999999999999998e-86  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000361022  normal  0.31275 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0242  RNA polymerase factor sigma-32  59.06 
 
 		 285 aa  319  3e-86  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.330072  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0222  RNA polymerase factor sigma-32  57.25 
 
 		 285 aa  318  5e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.281933  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4583  RNA polymerase factor sigma-32  57.25 
 
 		 285 aa  318  6e-86  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0278  RNA polymerase factor sigma-32  57.41 
 
 		 285 aa  318  7.999999999999999e-86  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000247348  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03711  RNA polymerase factor sigma-32  58.89 
 
 		 282 aa  316  3e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3666  RNA polymerase factor sigma-32  58.15 
 
 		 291 aa  312  4.999999999999999e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2733  RNA polymerase factor sigma-32  55.56 
 
 		 311 aa  301  8.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.328689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2875  RNA polymerase factor sigma-32  55.56 
 
 		 311 aa  301  8.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2201  RNA polymerase factor sigma-32  55.32 
 
 		 311 aa  301  9e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.66943  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2826  RNA polymerase factor sigma-32  55.32 
 
 		 311 aa  301  9e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2815  RNA polymerase factor sigma-32  55.32 
 
 		 311 aa  301  9e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0374  RNA polymerase factor sigma-32  56.79 
 
 		 306 aa  301  1e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.391616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2151  RNA polymerase factor sigma-32  56.67 
 
 		 288 aa  299  4e-80  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.370706  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0486  RNA polymerase factor sigma-32  54.8 
 
 		 311 aa  298  6e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2240  RNA polymerase factor sigma-32  56.67 
 
 		 288 aa  298  6e-80  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1481  RNA polymerase factor sigma-32  53.45 
 
 		 311 aa  298  8e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3138  RNA polymerase factor sigma-32  53.45 
 
 		 311 aa  298  8e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0563  RNA polymerase factor sigma-32  53.45 
 
 		 311 aa  298  8e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0731  RNA polymerase factor sigma-32  53.45 
 
 		 311 aa  298  8e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0988064  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2909  RNA polymerase factor sigma-32  53.45 
 
 		 311 aa  298  8e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0107  RNA polymerase factor sigma-32  53.45 
 
 		 311 aa  298  8e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.811048  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0547  RNA polymerase factor sigma-32  53.45 
 
 		 311 aa  298  8e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.118318  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1062  RNA polymerase factor sigma-32  55.93 
 
 		 283 aa  297  1e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.369095  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0456  RNA polymerase factor sigma-32  54.77 
 
 		 311 aa  296  2e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  55.93 
 
 		 281 aa  295  4e-79  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0136  RNA polymerase factor sigma-32  57.88 
 
 		 286 aa  295  6e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.27298  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6145  RNA polymerase factor sigma-32  54.48 
 
 		 311 aa  294  9e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0272  RNA polymerase factor sigma-32  55.91 
 
 		 311 aa  294  1e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.809393 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>