More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_2116 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_2116  sigma 70 family protein  100 
 
 
360 aa  732    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00000000331512  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0477  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  76.26 
 
 
474 aa  516  1.0000000000000001e-145  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0144971 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1549  sigma-70 region 2 domain-containing protein  83.06 
 
 
356 aa  513  1e-144  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00000354786  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1443  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  63.87 
 
 
433 aa  480  1e-134  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000239959  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0858  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  63.31 
 
 
350 aa  434  1e-120  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000347952  normal  0.310936 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1859  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  63.4 
 
 
356 aa  384  1e-106  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.539066  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2115  sigma-70 region 2 domain-containing protein  49.67 
 
 
326 aa  298  9e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000423948  unclonable  0.00000794083 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2474  RNA polymerase sigma 70 family subunit  51.45 
 
 
321 aa  287  2e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000632175  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2515  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  49.45 
 
 
389 aa  266  4e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.244142  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2545  RNA polymerase sigma-70  50 
 
 
357 aa  259  4e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0762323  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2641  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  49.29 
 
 
322 aa  254  1.0000000000000001e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0535725  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2735  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  49.29 
 
 
322 aa  254  1.0000000000000001e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1224  sigma 32 (RpoH)  48.94 
 
 
322 aa  250  2e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  44.04 
 
 
307 aa  231  2e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  44.68 
 
 
307 aa  227  3e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0573  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  43.26 
 
 
285 aa  226  6e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000689788  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0586  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.42 
 
 
285 aa  226  6e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00166054 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  43.26 
 
 
307 aa  224  1e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.26 
 
 
307 aa  224  2e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  45.79 
 
 
306 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  42.07 
 
 
298 aa  216  5e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  41.67 
 
 
298 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  41.67 
 
 
298 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40.85 
 
 
340 aa  213  5.999999999999999e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1069  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.9 
 
 
300 aa  212  9e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1197  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  41.9 
 
 
300 aa  211  1e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1128  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  41.9 
 
 
300 aa  211  2e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  39.2 
 
 
298 aa  211  2e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  40.48 
 
 
301 aa  211  2e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.87 
 
 
299 aa  210  3e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  40.61 
 
 
300 aa  209  5e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  42.55 
 
 
295 aa  209  6e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1108  RNA polymerase sigma-70  41.61 
 
 
299 aa  208  1e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0489202  normal  0.248396 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  40.93 
 
 
299 aa  208  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  42.59 
 
 
308 aa  207  2e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0114  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.75 
 
 
292 aa  206  4e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00356807  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  42.96 
 
 
279 aa  206  5e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  40.57 
 
 
299 aa  205  9e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  40.61 
 
 
301 aa  205  9e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  41.84 
 
 
300 aa  205  1e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  41.82 
 
 
296 aa  205  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0655  RNA polymerase sigma-32 factor  42.44 
 
 
284 aa  204  2e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00800994  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  40.57 
 
 
299 aa  204  3e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  40.21 
 
 
299 aa  203  4e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  40.58 
 
 
300 aa  203  4e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  41.45 
 
 
296 aa  203  5e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  41.82 
 
 
297 aa  202  6e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  40.21 
 
 
299 aa  202  6e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  40 
 
 
299 aa  202  8e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  40.21 
 
 
299 aa  202  9e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  40.21 
 
 
299 aa  202  9.999999999999999e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3950  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.38 
 
 
280 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000446037  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40.89 
 
 
290 aa  202  9.999999999999999e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  40.07 
 
 
298 aa  201  1.9999999999999998e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  41.45 
 
 
297 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  41.91 
 
 
295 aa  200  3e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  43.12 
 
 
299 aa  200  3e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  41.64 
 
 
299 aa  199  5e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  41.09 
 
 
297 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  41.09 
 
 
297 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  39.93 
 
 
286 aa  197  3e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  41.01 
 
 
302 aa  197  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  40.79 
 
 
295 aa  196  4.0000000000000005e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40.74 
 
 
303 aa  196  6e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0181  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  43.12 
 
 
280 aa  196  7e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000220203  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3465  RNA polymerase factor sigma-32  38.2 
 
 
285 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36661  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  41.09 
 
 
302 aa  195  9e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03532  RNA polymerase sigma factor  37.92 
 
 
277 aa  194  2e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0276999  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  40.51 
 
 
301 aa  194  3e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1062  RNA polymerase factor sigma-32  40.29 
 
 
283 aa  193  4e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.369095  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  41.35 
 
 
303 aa  191  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  38.79 
 
 
296 aa  191  2e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1330  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.86 
 
 
285 aa  191  2e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000387324  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0222  RNA polymerase factor sigma-32  36.07 
 
 
285 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.281933  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0204  RNA polymerase factor sigma-32  34.95 
 
 
283 aa  190  4e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000789244  decreased coverage  0.00000216818 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  40.6 
 
 
303 aa  190  4e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2750  RNA polymerase sigma-32 factor  39.78 
 
 
286 aa  189  5e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2370  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  39.78 
 
 
286 aa  189  5e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.228679  hitchhiker  0.0000736942 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1545  RNA polymerase factor sigma-32  37.69 
 
 
280 aa  189  7e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.197254  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  36.62 
 
 
297 aa  189  8e-47  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  40.6 
 
 
303 aa  189  9e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3948  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  36.86 
 
 
289 aa  188  1e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00908242  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3603  RNA polymerase factor sigma-32  36.63 
 
 
285 aa  188  1e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000309877  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4292  RNA polymerase factor sigma-32  36.7 
 
 
285 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000815776  decreased coverage  0.00275886 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0702  sigma 32 (RpoH)  38.89 
 
 
285 aa  187  2e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179676  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3977  RNA polymerase factor sigma-32  37.04 
 
 
285 aa  187  2e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000239264  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0210  RNA polymerase factor sigma-32  39.93 
 
 
288 aa  187  3e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.000000219279  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3771  RNA polymerase factor sigma-32  35.59 
 
 
285 aa  187  3e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000120601  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3844  RNA polymerase factor sigma-32  35.59 
 
 
285 aa  187  3e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000172859  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3969  RNA polymerase factor sigma-32  35.59 
 
 
285 aa  187  3e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000340759  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4161  RNA polymerase factor sigma-32  36.7 
 
 
285 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000335306  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0174  RNA polymerase factor sigma-32  36.7 
 
 
285 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000841804  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4091  RNA polymerase factor sigma-32  36.7 
 
 
285 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000103165  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0292  RNA polymerase factor sigma-32  35.23 
 
 
285 aa  186  5e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000107182  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2302  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  37.54 
 
 
287 aa  186  7e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.962406  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2113  RNA polymerase factor sigma-32  39.56 
 
 
288 aa  185  9e-46  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.199726  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4583  RNA polymerase factor sigma-32  35.23 
 
 
285 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  40.52 
 
 
281 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0278  RNA polymerase factor sigma-32  36.53 
 
 
285 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000247348  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0655  RNA polymerase sigma-32 factor  37.41 
 
 
297 aa  184  3e-45  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0381956  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>