More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0563 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  100 
 
 		 299 aa  607  9.999999999999999e-173  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  84.85 
 
 		 298 aa  520  1e-146  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  83.33 
 
 		 298 aa  504  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  83.33 
 
 		 298 aa  504  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  83.33 
 
 		 298 aa  503  1e-141  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  84.51 
 
 		 298 aa  491  9.999999999999999e-139  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  81.02 
 
 		 301 aa  484  1e-135  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  72.4 
 
 		 340 aa  414  1e-114  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  67.22 
 
 		 300 aa  397  1e-109  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  67.69 
 
 		 300 aa  394  1e-109  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  67.35 
 
 		 295 aa  397  1e-109  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  70.14 
 
 		 301 aa  389  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  66.33 
 
 		 295 aa  386  1e-106  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  67.27 
 
 		 300 aa  383  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  67.48 
 
 		 302 aa  383  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  64.83 
 
 		 299 aa  382  1e-105  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  67.13 
 
 		 302 aa  381  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  66.67 
 
 		 308 aa  383  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  64.48 
 
 		 299 aa  378  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  65 
 
 		 301 aa  379  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  67.38 
 
 		 303 aa  378  1e-104  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  68.36 
 
 		 303 aa  376  1e-103  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  67.39 
 
 		 303 aa  374  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  65.38 
 
 		 299 aa  377  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  67.6 
 
 		 296 aa  377  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  67.6 
 
 		 296 aa  377  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  65.73 
 
 		 299 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  64.69 
 
 		 299 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  65.03 
 
 		 299 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  67.02 
 
 		 296 aa  371  1e-102  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  63.03 
 
 		 303 aa  372  1e-102  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  64.26 
 
 		 299 aa  371  1e-102  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  68 
 
 		 303 aa  372  1e-102  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  64.69 
 
 		 299 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  64.26 
 
 		 299 aa  372  1e-102  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  63.64 
 
 		 295 aa  367  1e-100  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  66.43 
 
 		 299 aa  367  1e-100  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  64.54 
 
 		 297 aa  362  6e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  64.64 
 
 		 297 aa  360  1e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  64.29 
 
 		 297 aa  358  5e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  64.29 
 
 		 297 aa  358  5e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  60 
 
 		 306 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0385  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  44.95 
 
 		 300 aa  263  3e-69  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.58272  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0655  RNA polymerase sigma-32 factor  45.02 
 
 		 297 aa  256  3e-67  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0381956  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  42.71 
 
 		 297 aa  251  8.000000000000001e-66  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1717  RNA polymerase factor sigma-32  46.77 
 
 		 293 aa  235  7e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0204  RNA polymerase factor sigma-32  43.93 
 
 		 283 aa  235  9e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000789244  decreased coverage  0.00000216818 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0222  RNA polymerase factor sigma-32  43.93 
 
 		 285 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.281933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4806  RNA polymerase factor sigma-32  46.39 
 
 		 293 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0484047  hitchhiker  0.000291044 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3465  RNA polymerase factor sigma-32  43.93 
 
 		 285 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3603  RNA polymerase factor sigma-32  43.93 
 
 		 285 aa  232  7.000000000000001e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000309877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0197  sigma 32 (RpoH)  44.4 
 
 		 329 aa  230  2e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.271088 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2297  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.17 
 
 		 305 aa  230  2e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000241193  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03711  RNA polymerase factor sigma-32  44.37 
 
 		 282 aa  229  3e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.76 
 
 		 290 aa  229  5e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3977  RNA polymerase factor sigma-32  42.65 
 
 		 285 aa  229  6e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000239264  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4748  RNA polymerase factor sigma-32  45.09 
 
 		 284 aa  227  1e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.294089  normal  0.0445386 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2662  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.62 
 
 		 285 aa  228  1e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148114 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  43.57 
 
 		 286 aa  227  2e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  43.94 
 
 		 307 aa  227  2e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2240  RNA polymerase factor sigma-32  42.81 
 
 		 288 aa  227  2e-58  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.94 
 
 		 307 aa  226  3e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5334  RNA polymerase factor sigma-32  45.96 
 
 		 284 aa  226  3e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.020248  normal  0.458128 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1545  RNA polymerase factor sigma-32  42.65 
 
 		 280 aa  226  3e-58  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.197254  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0430  RNA polymerase sigma-32 factor  44.73 
 
 		 284 aa  225  6e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  44.25 
 
 		 307 aa  225  6e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0207  RNA polymerase factor sigma-32  44 
 
 		 341 aa  225  7e-58  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00507389  hitchhiker  0.000595744 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0227  RNA polymerase factor sigma-32  44 
 
 		 287 aa  225  8e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0140317  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0167  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.91 
 
 		 289 aa  225  9e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1525  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.4 
 
 		 326 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480979  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0655  RNA polymerase sigma-32 factor  43.51 
 
 		 284 aa  224  1e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00800994  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  43.25 
 
 		 307 aa  224  1e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1935  RpoH  43.82 
 
 		 287 aa  224  2e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0702  sigma 32 (RpoH)  43.82 
 
 		 285 aa  223  2e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2151  RNA polymerase factor sigma-32  42.45 
 
 		 288 aa  223  2e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.370706  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03532  RNA polymerase sigma factor  43.37 
 
 		 277 aa  223  3e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0276999  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3948  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.5 
 
 		 289 aa  223  4e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00908242  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1062  RNA polymerase factor sigma-32  42.61 
 
 		 283 aa  222  6e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.369095  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0357  RNA polymerase factor sigma-32  45.96 
 
 		 284 aa  222  7e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0356  RNA polymerase factor sigma-32  43.57 
 
 		 372 aa  221  9e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000321506  hitchhiker  0.000547654 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0292  RNA polymerase factor sigma-32  42.5 
 
 		 285 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000107182  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3837  RNA polymerase factor sigma-32  43.68 
 
 		 286 aa  221  9.999999999999999e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0265332  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  43.88 
 
 		 279 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5108  RNA polymerase factor sigma-32  45.59 
 
 		 284 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  42.66 
 
 		 281 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2302  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.97 
 
 		 287 aa  220  1.9999999999999999e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.962406  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4981  RNA polymerase factor sigma-32  45.59 
 
 		 284 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3771  RNA polymerase factor sigma-32  42.14 
 
 		 285 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000120601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3844  RNA polymerase factor sigma-32  42.14 
 
 		 285 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000172859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5158  RNA polymerase factor sigma-32  45.59 
 
 		 284 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.900853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3969  RNA polymerase factor sigma-32  42.14 
 
 		 285 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000340759  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4583  RNA polymerase factor sigma-32  42.14 
 
 		 285 aa  220  3e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4292  RNA polymerase factor sigma-32  42.14 
 
 		 285 aa  219  3e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000815776  decreased coverage  0.00275886 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3666  RNA polymerase factor sigma-32  42.29 
 
 		 291 aa  219  3e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4091  RNA polymerase factor sigma-32  42.14 
 
 		 285 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000103165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4161  RNA polymerase factor sigma-32  42.14 
 
 		 285 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000335306  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0174  RNA polymerase factor sigma-32  42.14 
 
 		 285 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000841804  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0161  RNA polymerase factor sigma-32  41.09 
 
 		 285 aa  219  6e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3502  RNA polymerase factor sigma-32  40.71 
 
 		 284 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000191039  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2986  RNA polymerase factor sigma-32  45.29 
 
 		 288 aa  218  1e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.160532  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>