More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1940 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2727  dimethylglycine dehydrogenase  46.33 
 
 		 879 aa  744    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3249  FAD dependent oxidoreductase  82.49 
 
 		 831 aa  1400    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0784832  normal  0.220016 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2967  bifunctional enzyme involved in glycine degradation  80.34 
 
 		 831 aa  1350    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.782343 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3566  dimethylglycine dehydrogenase  82.49 
 
 		 831 aa  1398    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0919  FAD dependent oxidoreductase  78.2 
 
 		 837 aa  1340    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0486  FAD dependent oxidoreductase  73.56 
 
 		 835 aa  1270    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0493808  normal  0.0384194 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3155  hypothetical protein  81.89 
 
 		 831 aa  1393    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1940  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 		 830 aa  1706    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239261  normal  0.0111129 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3310  FAD dependent oxidoreductase  38.86 
 
 		 816 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.198346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2198  FAD dependent oxidoreductase  36.95 
 
 		 815 aa  522  1e-146  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.138151  normal  0.0335767 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4021  FAD dependent oxidoreductase  37.25 
 
 		 816 aa  509  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4350  FAD dependent oxidoreductase  37.25 
 
 		 816 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000248836 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1426  FAD dependent oxidoreductase  34.93 
 
 		 805 aa  467  9.999999999999999e-131  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0785769 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2063  FAD dependent oxidoreductase  35.4 
 
 		 806 aa  468  9.999999999999999e-131  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5112  FAD dependent oxidoreductase  34.77 
 
 		 806 aa  463  1e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0323529 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1666  dehydrogenase  35.31 
 
 		 831 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0839495 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4985  FAD dependent oxidoreductase  35.38 
 
 		 831 aa  457  1e-127  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0450258 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1596  FAD dependent oxidoreductase  35.95 
 
 		 821 aa  459  1e-127  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.26338 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2488  FAD dependent oxidoreductase  34.45 
 
 		 806 aa  459  1e-127  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.255163  normal  0.0203493 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2290  FAD dependent oxidoreductase  33.96 
 
 		 823 aa  449  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.407986 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2805  FAD dependent oxidoreductase  35.05 
 
 		 802 aa  438  1e-121  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.898682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3161  FAD dependent oxidoreductase  33.97 
 
 		 827 aa  431  1e-119  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1485  FAD dependent oxidoreductase  35.57 
 
 		 804 aa  427  1e-118  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.542815  normal  0.236172 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4871  FAD dependent oxidoreductase  33.7 
 
 		 825 aa  422  1e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.862382  normal  0.731807 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3866  FAD dependent oxidoreductase  35.07 
 
 		 843 aa  418  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2197  FAD dependent oxidoreductase  32.09 
 
 		 815 aa  409  1.0000000000000001e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.031847 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4916  FAD dependent oxidoreductase  34.21 
 
 		 815 aa  407  1.0000000000000001e-112  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0642  FAD dependent oxidoreductase  33.25 
 
 		 815 aa  397  1e-109  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3311  FAD dependent oxidoreductase  34.17 
 
 		 817 aa  395  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0798  glycine cleavage system T protein  32.51 
 
 		 822 aa  394  1e-108  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2849  FAD dependent oxidoreductase  32.23 
 
 		 812 aa  389  1e-106  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0394509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2591  FAD dependent oxidoreductase  33.58 
 
 		 826 aa  387  1e-106  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3838  FAD dependent oxidoreductase  33.29 
 
 		 827 aa  371  1e-101  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.761233  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0434  FAD dependent oxidoreductase  30.76 
 
 		 819 aa  362  1e-98  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1481  FAD dependent oxidoreductase  31.62 
 
 		 801 aa  358  2.9999999999999997e-97  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0762  FAD dependent oxidoreductase  32.04 
 
 		 812 aa  345  2e-93  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.108015  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1254  FAD dependent oxidoreductase  30.42 
 
 		 799 aa  344  4e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0777915  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0939  FAD dependent oxidoreductase  32.52 
 
 		 797 aa  343  1e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4706  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.73 
 
 		 850 aa  330  5.0000000000000004e-89  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.449188  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_56477  glycine decarboxylase t-protein  30.71 
 
 		 854 aa  328  3e-88  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.645348  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18850  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  29.43 
 
 		 819 aa  317  5e-85  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.303857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3080  FAD dependent oxidoreductase  31.04 
 
 		 816 aa  303  7.000000000000001e-81  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.202627 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4740  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.93 
 
 		 857 aa  303  1e-80  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.38185  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1822  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.87 
 
 		 838 aa  291  5.0000000000000004e-77  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0328882 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2879  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.51 
 
 		 821 aa  290  1e-76  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3463  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.58 
 
 		 830 aa  288  2.9999999999999996e-76  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2459  FAD dependent oxidoreductase  30.45 
 
 		 830 aa  288  2.9999999999999996e-76  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.438367  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2504  FAD dependent oxidoreductase  30.45 
 
 		 830 aa  288  2.9999999999999996e-76  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.1116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3718  FAD dependent oxidoreductase  28.72 
 
 		 835 aa  287  4e-76  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3855  dimethylglycine dehydrogenase precursor  29.62 
 
 		 808 aa  285  4.0000000000000003e-75  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.235355  decreased coverage  0.00899155 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2496  FAD dependent oxidoreductase  30.73 
 
 		 830 aa  284  6.000000000000001e-75  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3469  FAD dependent oxidoreductase  28.18 
 
 		 835 aa  275  2.0000000000000002e-72  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19690  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  29.36 
 
 		 840 aa  257  6e-67  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0416659  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2430  FAD dependent oxidoreductase  27.7 
 
 		 853 aa  239  1e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6885  FAD dependent oxidoreductase  27.39 
 
 		 853 aa  235  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.820475 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5914  FAD dependent oxidoreductase  27.27 
 
 		 853 aa  234  6e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.194637  normal  0.628554 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1864  FAD dependent oxidoreductase  26.66 
 
 		 853 aa  232  2e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.731866  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08654  N,N-dimethylglycine oxidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G06470)  27.83 
 
 		 948 aa  230  9e-59  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.12835  normal  0.470294 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2496  aminomethyltransferase  28.75 
 
 		 977 aa  169  2e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5916  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.51 
 
 		 988 aa  163  9e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.564133 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5050  sarcosine oxidase, alpha subunit family  29.14 
 
 		 1000 aa  157  6e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.268825 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1598  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  29.38 
 
 		 1000 aa  157  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.898229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3331  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  28.53 
 
 		 999 aa  153  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.967331 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8586  sarcosine oxidase, alpha subunit family  31.74 
 
 		 999 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.523076  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0892  sarcosine oxidase, alpha subunit, truncation  28.57 
 
 		 889 aa  148  3e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4828  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  29.09 
 
 		 1003 aa  148  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.527733  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0998  sarcosine oxidase, alpha subunit  28.83 
 
 		 1002 aa  148  3e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1952  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  28.57 
 
 		 1002 aa  148  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0393  putative sarcosine oxidase alpha subunit  28.57 
 
 		 1002 aa  148  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1860  sarcosine oxidase, alpha subunit  28.57 
 
 		 1002 aa  148  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.769627  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0488  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  28.57 
 
 		 1003 aa  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3218  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  28.57 
 
 		 1003 aa  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.6611  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5130  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  28.57 
 
 		 1003 aa  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.564835  normal  0.907469 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5149  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  28.57 
 
 		 1003 aa  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.685714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3506  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  28.24 
 
 		 1003 aa  147  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5067  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  28.05 
 
 		 1003 aa  145  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.844501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3377  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  30.17 
 
 		 984 aa  145  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.958217 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7231  sarcosine oxidase, alpha subunit family  30.73 
 
 		 985 aa  145  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0118066  normal  0.098262 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0048  sarcosine oxidase subunit alpha  28.68 
 
 		 1028 aa  145  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.416697 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1103  sarcosine oxidase subunit alpha  28.2 
 
 		 1003 aa  143  9.999999999999999e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0428535 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1696  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.01 
 
 		 963 aa  143  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18830  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  29.17 
 
 		 925 aa  142  1.9999999999999998e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4544  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  27.79 
 
 		 1003 aa  142  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0867  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  29.93 
 
 		 1003 aa  142  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5633  sarcosine oxidase, alpha subunit family  29.9 
 
 		 984 aa  141  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0303  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  29.7 
 
 		 999 aa  140  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4039  glycine cleavage system T protein  28.04 
 
 		 365 aa  139  2e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000142158  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3738  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  28.53 
 
 		 995 aa  139  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.161816  normal  0.187034 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0994  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  30.22 
 
 		 998 aa  138  5e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2522  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  32 
 
 		 360 aa  137  9e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.167801 
 
 
-
 
NC_004310  BR0231  sarcosine oxidase, alpha subunit  28.82 
 
 		 999 aa  136  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2485  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  28.61 
 
 		 995 aa  136  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.269886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2750  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  29.78 
 
 		 997 aa  136  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0224  sarcosine oxidase alpha subunit  28.82 
 
 		 909 aa  136  9.999999999999999e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5744  sarcosine oxidase alpha subunit  28.85 
 
 		 987 aa  135  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.100825  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4033  sarcosine oxidase, alpha subunit family  28.26 
 
 		 995 aa  135  3e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.319981  normal  0.145852 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1912  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.6 
 
 		 441 aa  135  3e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000389017  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3993  sarcosine oxidase, alpha subunit family  27.34 
 
 		 995 aa  135  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3474  aminomethyltransferase  28.04 
 
 		 965 aa  135  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3391  sarcosine oxidase, alpha subunit family  28.76 
 
 		 995 aa  134  6.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.782992  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>