More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2727 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2727  dimethylglycine dehydrogenase  100 
 
 		 879 aa  1815    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3566  dimethylglycine dehydrogenase  45.92 
 
 		 831 aa  722    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0919  FAD dependent oxidoreductase  46.65 
 
 		 837 aa  754    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0486  FAD dependent oxidoreductase  47.67 
 
 		 835 aa  768    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0493808  normal  0.0384194 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3249  FAD dependent oxidoreductase  46.15 
 
 		 831 aa  727    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0784832  normal  0.220016 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3155  hypothetical protein  46.05 
 
 		 831 aa  726    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2967  bifunctional enzyme involved in glycine degradation  48.08 
 
 		 831 aa  758    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.782343 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1940  FAD dependent oxidoreductase  46.33 
 
 		 830 aa  731    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239261  normal  0.0111129 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3310  FAD dependent oxidoreductase  38.27 
 
 		 816 aa  597  1e-169  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.198346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2198  FAD dependent oxidoreductase  36.89 
 
 		 815 aa  577  1.0000000000000001e-163  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.138151  normal  0.0335767 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2063  FAD dependent oxidoreductase  37.68 
 
 		 806 aa  576  1.0000000000000001e-163  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5112  FAD dependent oxidoreductase  36.23 
 
 		 806 aa  554  1e-156  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0323529 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1426  FAD dependent oxidoreductase  37.89 
 
 		 805 aa  548  1e-154  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0785769 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4350  FAD dependent oxidoreductase  37.68 
 
 		 816 aa  533  1e-150  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000248836 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2805  FAD dependent oxidoreductase  36.68 
 
 		 802 aa  534  1e-150  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.898682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4021  FAD dependent oxidoreductase  36.88 
 
 		 816 aa  525  1e-147  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1596  FAD dependent oxidoreductase  36.7 
 
 		 821 aa  522  1e-147  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.26338 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1485  FAD dependent oxidoreductase  37.11 
 
 		 804 aa  516  1.0000000000000001e-145  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.542815  normal  0.236172 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2488  FAD dependent oxidoreductase  37.28 
 
 		 806 aa  518  1.0000000000000001e-145  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.255163  normal  0.0203493 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4871  FAD dependent oxidoreductase  36.14 
 
 		 825 aa  516  1e-144  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.862382  normal  0.731807 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1666  dehydrogenase  33.96 
 
 		 831 aa  489  1e-137  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0839495 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4985  FAD dependent oxidoreductase  33.84 
 
 		 831 aa  487  1e-136  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0450258 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3161  FAD dependent oxidoreductase  34.27 
 
 		 827 aa  483  1e-135  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3866  FAD dependent oxidoreductase  33.17 
 
 		 843 aa  473  1e-132  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2197  FAD dependent oxidoreductase  34.01 
 
 		 815 aa  470  1.0000000000000001e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.031847 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4916  FAD dependent oxidoreductase  33.96 
 
 		 815 aa  469  9.999999999999999e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2849  FAD dependent oxidoreductase  34.13 
 
 		 812 aa  461  9.999999999999999e-129  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0394509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2290  FAD dependent oxidoreductase  33.68 
 
 		 823 aa  457  1e-127  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.407986 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0939  FAD dependent oxidoreductase  35.19 
 
 		 797 aa  454  1.0000000000000001e-126  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1481  FAD dependent oxidoreductase  34.17 
 
 		 801 aa  449  1.0000000000000001e-124  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3311  FAD dependent oxidoreductase  33.37 
 
 		 817 aa  448  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0798  glycine cleavage system T protein  34.03 
 
 		 822 aa  442  9.999999999999999e-123  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0642  FAD dependent oxidoreductase  33.29 
 
 		 815 aa  431  1e-119  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0434  FAD dependent oxidoreductase  33.38 
 
 		 819 aa  427  1e-118  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2591  FAD dependent oxidoreductase  32.21 
 
 		 826 aa  419  9.999999999999999e-116  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1254  FAD dependent oxidoreductase  30.92 
 
 		 799 aa  415  1e-114  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0777915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3838  FAD dependent oxidoreductase  32.38 
 
 		 827 aa  413  1e-114  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.761233  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0762  FAD dependent oxidoreductase  32.9 
 
 		 812 aa  392  1e-107  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.108015  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_56477  glycine decarboxylase t-protein  32.98 
 
 		 854 aa  374  1e-102  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.645348  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3718  FAD dependent oxidoreductase  31.32 
 
 		 835 aa  365  2e-99  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4706  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.99 
 
 		 850 aa  358  3.9999999999999996e-97  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.449188  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3469  FAD dependent oxidoreductase  30.65 
 
 		 835 aa  351  3e-95  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4740  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.49 
 
 		 857 aa  351  4e-95  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.38185  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18850  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  28.93 
 
 		 819 aa  339  9.999999999999999e-92  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.303857  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2879  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.84 
 
 		 821 aa  330  9e-89  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3463  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.12 
 
 		 830 aa  327  6e-88  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3080  FAD dependent oxidoreductase  30.19 
 
 		 816 aa  320  9e-86  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.202627 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3855  dimethylglycine dehydrogenase precursor  28.55 
 
 		 808 aa  319  1e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.235355  decreased coverage  0.00899155 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2496  FAD dependent oxidoreductase  28.87 
 
 		 830 aa  315  1.9999999999999998e-84  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2459  FAD dependent oxidoreductase  28.12 
 
 		 830 aa  313  7.999999999999999e-84  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.438367  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2504  FAD dependent oxidoreductase  28.12 
 
 		 830 aa  313  7.999999999999999e-84  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.1116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1822  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.64 
 
 		 838 aa  310  9e-83  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0328882 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19690  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  28.65 
 
 		 840 aa  307  7e-82  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0416659  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2430  FAD dependent oxidoreductase  28.31 
 
 		 853 aa  288  2e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1864  FAD dependent oxidoreductase  28.36 
 
 		 853 aa  281  4e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.731866  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6885  FAD dependent oxidoreductase  27.41 
 
 		 853 aa  270  7e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.820475 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5914  FAD dependent oxidoreductase  27.29 
 
 		 853 aa  269  1e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.194637  normal  0.628554 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08654  N,N-dimethylglycine oxidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G06470)  26.76 
 
 		 948 aa  259  1e-67  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.12835  normal  0.470294 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04340  glycine/D-amino acid oxidase, deaminating  28.69 
 
 		 386 aa  155  2e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.704442 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3120  FAD dependent oxidoreductase  28.5 
 
 		 385 aa  155  2.9999999999999998e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1730  FAD dependent oxidoreductase  31.54 
 
 		 382 aa  152  3e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0470  aminomethyltransferase  29.2 
 
 		 440 aa  149  2.0000000000000003e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000173433  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0767  glycine cleavage system T protein  29.2 
 
 		 442 aa  149  2.0000000000000003e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1073  FAD dependent oxidoreductase  29.64 
 
 		 385 aa  148  4.0000000000000006e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3808  FAD dependent oxidoreductase  29.41 
 
 		 385 aa  145  3e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.876353 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2496  aminomethyltransferase  26.76 
 
 		 977 aa  144  5e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0595  FAD dependent oxidoreductase  28.79 
 
 		 390 aa  141  4.999999999999999e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.140462  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5744  sarcosine oxidase alpha subunit  27.75 
 
 		 987 aa  141  7e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.100825  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2308  FAD dependent oxidoreductase  26.46 
 
 		 395 aa  140  1e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3474  aminomethyltransferase  31.96 
 
 		 965 aa  139  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2281  FAD dependent oxidoreductase  26.65 
 
 		 385 aa  135  3e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.405661  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2751  aminomethyltransferase  28.65 
 
 		 365 aa  135  3e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3287  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  26.2 
 
 		 987 aa  135  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0232  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.64 
 
 		 368 aa  131  6e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1696  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.96 
 
 		 963 aa  131  7.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5067  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  26.72 
 
 		 1003 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.844501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0488  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  26.5 
 
 		 1003 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0968  FAD dependent oxidoreductase  26.4 
 
 		 383 aa  129  3e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0185207  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1751  FAD dependent oxidoreductase  26.26 
 
 		 382 aa  129  3e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.18751 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3331  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  25.69 
 
 		 999 aa  128  5e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.967331 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0998  sarcosine oxidase, alpha subunit  25.87 
 
 		 1002 aa  127  9e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3506  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  25.96 
 
 		 1003 aa  126  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0892  sarcosine oxidase, alpha subunit, truncation  25.58 
 
 		 889 aa  126  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1952  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  25.58 
 
 		 1002 aa  127  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0393  putative sarcosine oxidase alpha subunit  25.58 
 
 		 1002 aa  127  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3218  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  26.3 
 
 		 1003 aa  126  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.6611  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1860  sarcosine oxidase, alpha subunit  25.58 
 
 		 1002 aa  126  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.769627  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5149  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  26.3 
 
 		 1003 aa  126  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.685714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5130  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  26.3 
 
 		 1003 aa  127  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.564835  normal  0.907469 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3391  sarcosine oxidase, alpha subunit family  27.48 
 
 		 995 aa  125  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.782992  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4039  glycine cleavage system T protein  29.79 
 
 		 365 aa  126  2e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000142158  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2485  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  26.85 
 
 		 995 aa  126  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.269886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3377  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  26.15 
 
 		 984 aa  126  2e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.958217 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4544  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  26.47 
 
 		 1003 aa  126  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0048  sarcosine oxidase subunit alpha  26.23 
 
 		 1028 aa  125  3e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.416697 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5050  sarcosine oxidase, alpha subunit family  25.95 
 
 		 1000 aa  125  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.268825 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8586  sarcosine oxidase, alpha subunit family  27.4 
 
 		 999 aa  125  3e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.523076  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1598  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  25.2 
 
 		 1000 aa  125  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.898229  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4550  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  28.61 
 
 		 360 aa  124  5e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.669623 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5916  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.98 
 
 		 988 aa  124  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.564133 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>