More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0434 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_3311  FAD dependent oxidoreductase  44.05 
 
 		 817 aa  667    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_56477  glycine decarboxylase t-protein  42.72 
 
 		 854 aa  643    Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.645348  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4021  FAD dependent oxidoreductase  41.76 
 
 		 816 aa  640    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2197  FAD dependent oxidoreductase  44.88 
 
 		 815 aa  682    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.031847 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4871  FAD dependent oxidoreductase  48.41 
 
 		 825 aa  741    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.862382  normal  0.731807 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2849  FAD dependent oxidoreductase  43.9 
 
 		 812 aa  639    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0394509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1666  dehydrogenase  44.39 
 
 		 831 aa  665    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0839495 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3161  FAD dependent oxidoreductase  45.43 
 
 		 827 aa  647    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0434  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 		 819 aa  1682    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4985  FAD dependent oxidoreductase  44.07 
 
 		 831 aa  660    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0450258 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3866  FAD dependent oxidoreductase  46.76 
 
 		 843 aa  700    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4916  FAD dependent oxidoreductase  45.97 
 
 		 815 aa  703    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0642  FAD dependent oxidoreductase  45.64 
 
 		 815 aa  684    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3838  FAD dependent oxidoreductase  50.91 
 
 		 827 aa  796    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.761233  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4350  FAD dependent oxidoreductase  42.07 
 
 		 816 aa  644    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000248836 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2290  FAD dependent oxidoreductase  41.75 
 
 		 823 aa  657    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.407986 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2591  FAD dependent oxidoreductase  42.19 
 
 		 826 aa  604  1.0000000000000001e-171  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1254  FAD dependent oxidoreductase  35.78 
 
 		 799 aa  494  9.999999999999999e-139  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0777915  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0798  glycine cleavage system T protein  35.43 
 
 		 822 aa  458  1e-127  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2063  FAD dependent oxidoreductase  33.98 
 
 		 806 aa  436  1e-120  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5112  FAD dependent oxidoreductase  34.02 
 
 		 806 aa  431  1e-119  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0323529 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1426  FAD dependent oxidoreductase  32.03 
 
 		 805 aa  422  1e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0785769 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2488  FAD dependent oxidoreductase  33.9 
 
 		 806 aa  414  1e-114  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.255163  normal  0.0203493 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2727  dimethylglycine dehydrogenase  33.24 
 
 		 879 aa  410  1e-113  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2805  FAD dependent oxidoreductase  33.05 
 
 		 802 aa  406  1e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.898682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3310  FAD dependent oxidoreductase  31.85 
 
 		 816 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.198346  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0762  FAD dependent oxidoreductase  34.64 
 
 		 812 aa  398  1e-109  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.108015  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1485  FAD dependent oxidoreductase  31.84 
 
 		 804 aa  389  1e-106  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.542815  normal  0.236172 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0919  FAD dependent oxidoreductase  31.21 
 
 		 837 aa  386  1e-106  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0486  FAD dependent oxidoreductase  30.27 
 
 		 835 aa  389  1e-106  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0493808  normal  0.0384194 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2198  FAD dependent oxidoreductase  30.77 
 
 		 815 aa  382  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.138151  normal  0.0335767 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4706  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.12 
 
 		 850 aa  376  1e-103  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.449188  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3855  dimethylglycine dehydrogenase precursor  32.19 
 
 		 808 aa  367  1e-100  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.235355  decreased coverage  0.00899155 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3249  FAD dependent oxidoreductase  30.6 
 
 		 831 aa  365  1e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0784832  normal  0.220016 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3566  dimethylglycine dehydrogenase  30.6 
 
 		 831 aa  364  3e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4740  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.69 
 
 		 857 aa  360  8e-98  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.38185  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2459  FAD dependent oxidoreductase  31.59 
 
 		 830 aa  358  2.9999999999999997e-97  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.438367  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2504  FAD dependent oxidoreductase  31.59 
 
 		 830 aa  358  2.9999999999999997e-97  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.1116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2967  bifunctional enzyme involved in glycine degradation  31.67 
 
 		 831 aa  357  5.999999999999999e-97  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.782343 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2496  FAD dependent oxidoreductase  31.95 
 
 		 830 aa  355  2.9999999999999997e-96  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2879  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.43 
 
 		 821 aa  351  3e-95  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0939  FAD dependent oxidoreductase  32.63 
 
 		 797 aa  350  4e-95  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18850  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  30.11 
 
 		 819 aa  350  9e-95  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.303857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3718  FAD dependent oxidoreductase  30.28 
 
 		 835 aa  349  1e-94  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3155  hypothetical protein  29.64 
 
 		 831 aa  348  2e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3469  FAD dependent oxidoreductase  29.94 
 
 		 835 aa  345  2e-93  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3080  FAD dependent oxidoreductase  30.6 
 
 		 816 aa  341  2.9999999999999998e-92  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.202627 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1481  FAD dependent oxidoreductase  29 
 
 		 801 aa  336  7.999999999999999e-91  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1940  FAD dependent oxidoreductase  29.94 
 
 		 830 aa  328  4.0000000000000003e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239261  normal  0.0111129 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1822  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.85 
 
 		 838 aa  327  6e-88  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0328882 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3463  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.83 
 
 		 830 aa  322  1.9999999999999998e-86  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1596  FAD dependent oxidoreductase  30.05 
 
 		 821 aa  310  5.9999999999999995e-83  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.26338 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19690  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  31.89 
 
 		 840 aa  295  3e-78  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0416659  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08654  N,N-dimethylglycine oxidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G06470)  30.27 
 
 		 948 aa  274  5.000000000000001e-72  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.12835  normal  0.470294 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1864  FAD dependent oxidoreductase  28.22 
 
 		 853 aa  245  1.9999999999999999e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.731866  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5914  FAD dependent oxidoreductase  28.02 
 
 		 853 aa  239  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.194637  normal  0.628554 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2430  FAD dependent oxidoreductase  27.82 
 
 		 853 aa  236  1.0000000000000001e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6885  FAD dependent oxidoreductase  27.65 
 
 		 853 aa  233  7.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.820475 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1912  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  30.19 
 
 		 441 aa  172  2e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000389017  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0232  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  30.42 
 
 		 368 aa  168  2.9999999999999998e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23440  glycine cleavage system T protein  31.15 
 
 		 357 aa  166  1.0000000000000001e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000137386  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2522  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  31.54 
 
 		 360 aa  164  6e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.167801 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2361  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  28.86 
 
 		 364 aa  160  9e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.365627  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0901  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.25 
 
 		 366 aa  160  9e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.281219  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4131  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.25 
 
 		 366 aa  159  2e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3971  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.25 
 
 		 366 aa  159  2e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3981  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.25 
 
 		 366 aa  159  2e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1730  FAD dependent oxidoreductase  30.15 
 
 		 382 aa  159  2e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4247  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.25 
 
 		 366 aa  159  2e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4449  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.25 
 
 		 366 aa  159  2e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.268637  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04340  glycine/D-amino acid oxidase, deaminating  32.72 
 
 		 386 aa  158  3e-37  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.704442 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2915  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  29.03 
 
 		 366 aa  157  5.0000000000000005e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.75153  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4305  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.99 
 
 		 366 aa  157  7e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4358  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.99 
 
 		 366 aa  157  7e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.51819  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1245  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  31.36 
 
 		 360 aa  156  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1696  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.95 
 
 		 963 aa  157  1e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4082  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.74 
 
 		 366 aa  156  2e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4039  glycine cleavage system T protein  29.1 
 
 		 365 aa  156  2e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000142158  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4339  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.11 
 
 		 366 aa  155  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.485786  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0214  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.95 
 
 		 364 aa  152  2e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0470  aminomethyltransferase  30.24 
 
 		 440 aa  152  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000173433  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0767  glycine cleavage system T protein  30.24 
 
 		 442 aa  152  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2496  aminomethyltransferase  27.52 
 
 		 977 aa  150  8e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1496  glycine cleavage system T protein  29.13 
 
 		 371 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1938  FAD dependent oxidoreductase  32.72 
 
 		 388 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1526  glycine cleavage system T protein  30.75 
 
 		 371 aa  149  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.293085 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2714  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  30.59 
 
 		 360 aa  148  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2285  glycine cleavage system T protein  30.48 
 
 		 370 aa  147  7.0000000000000006e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010894 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0720  glycine cleavage system T protein  30.19 
 
 		 364 aa  147  8.000000000000001e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2620  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  30.33 
 
 		 360 aa  146  1e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.398044  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1349  aminomethyltransferase  30.81 
 
 		 961 aa  145  2e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0486795  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3036  FAD dependent oxidoreductase  29.95 
 
 		 394 aa  146  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.385806 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3364  glycine cleavage system T protein  30.91 
 
 		 369 aa  145  3e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1379  FAD dependent oxidoreductase  30.53 
 
 		 500 aa  144  7e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.258536  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2479  FAD dependent oxidoreductase  30.59 
 
 		 496 aa  144  7e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.113272  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1475  FAD dependent oxidoreductase  30.28 
 
 		 500 aa  143  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540838  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1073  FAD dependent oxidoreductase  29.61 
 
 		 385 aa  143  9.999999999999999e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1817  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.96 
 
 		 363 aa  143  9.999999999999999e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000448698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0396  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  29.83 
 
 		 365 aa  142  3e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2281  FAD dependent oxidoreductase  27.41 
 
 		 385 aa  142  3e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.405661  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>