More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1426 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5112  FAD dependent oxidoreductase  42.89 
 
 		 806 aa  657    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0323529 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1481  FAD dependent oxidoreductase  45.42 
 
 		 801 aa  709    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2488  FAD dependent oxidoreductase  77.13 
 
 		 806 aa  1280    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.255163  normal  0.0203493 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2805  FAD dependent oxidoreductase  43.26 
 
 		 802 aa  650    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.898682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1426  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 		 805 aa  1669    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0785769 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2063  FAD dependent oxidoreductase  44.53 
 
 		 806 aa  679    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0939  FAD dependent oxidoreductase  42.93 
 
 		 797 aa  637    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1485  FAD dependent oxidoreductase  75.84 
 
 		 804 aa  1243    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.542815  normal  0.236172 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2727  dimethylglycine dehydrogenase  37.89 
 
 		 879 aa  530  1e-149  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2198  FAD dependent oxidoreductase  35.63 
 
 		 815 aa  521  1e-146  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.138151  normal  0.0335767 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3310  FAD dependent oxidoreductase  35.46 
 
 		 816 aa  518  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.198346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0919  FAD dependent oxidoreductase  36.34 
 
 		 837 aa  483  1e-135  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4350  FAD dependent oxidoreductase  34.02 
 
 		 816 aa  476  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000248836 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0486  FAD dependent oxidoreductase  37.26 
 
 		 835 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0493808  normal  0.0384194 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4916  FAD dependent oxidoreductase  34.23 
 
 		 815 aa  463  1e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4021  FAD dependent oxidoreductase  33.01 
 
 		 816 aa  458  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2967  bifunctional enzyme involved in glycine degradation  35.33 
 
 		 831 aa  456  1e-127  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.782343 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3249  FAD dependent oxidoreductase  35.41 
 
 		 831 aa  451  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0784832  normal  0.220016 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3566  dimethylglycine dehydrogenase  35.29 
 
 		 831 aa  449  1e-125  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3311  FAD dependent oxidoreductase  34.6 
 
 		 817 aa  445  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2197  FAD dependent oxidoreductase  33.74 
 
 		 815 aa  444  1e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.031847 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3155  hypothetical protein  34.93 
 
 		 831 aa  442  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4871  FAD dependent oxidoreductase  34.31 
 
 		 825 aa  434  1e-120  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.862382  normal  0.731807 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1596  FAD dependent oxidoreductase  33.7 
 
 		 821 aa  436  1e-120  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.26338 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2849  FAD dependent oxidoreductase  33.13 
 
 		 812 aa  432  1e-119  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0394509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1940  FAD dependent oxidoreductase  34.93 
 
 		 830 aa  431  1e-119  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239261  normal  0.0111129 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3866  FAD dependent oxidoreductase  32.34 
 
 		 843 aa  427  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0434  FAD dependent oxidoreductase  32.03 
 
 		 819 aa  422  1e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2290  FAD dependent oxidoreductase  32.08 
 
 		 823 aa  420  1e-116  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.407986 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4985  FAD dependent oxidoreductase  32.73 
 
 		 831 aa  412  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0450258 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1666  dehydrogenase  32.22 
 
 		 831 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0839495 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3161  FAD dependent oxidoreductase  32.18 
 
 		 827 aa  393  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0642  FAD dependent oxidoreductase  32.04 
 
 		 815 aa  392  1e-108  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3838  FAD dependent oxidoreductase  31.82 
 
 		 827 aa  395  1e-108  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.761233  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0798  glycine cleavage system T protein  31.85 
 
 		 822 aa  391  1e-107  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2591  FAD dependent oxidoreductase  32.19 
 
 		 826 aa  377  1e-103  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1254  FAD dependent oxidoreductase  30.19 
 
 		 799 aa  373  1e-102  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0777915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0762  FAD dependent oxidoreductase  32.89 
 
 		 812 aa  362  1e-98  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.108015  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_56477  glycine decarboxylase t-protein  27.94 
 
 		 854 aa  327  7e-88  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.645348  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2879  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.97 
 
 		 821 aa  315  9.999999999999999e-85  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18850  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  29.52 
 
 		 819 aa  314  3.9999999999999997e-84  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.303857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3463  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.39 
 
 		 830 aa  309  1.0000000000000001e-82  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3718  FAD dependent oxidoreductase  27.34 
 
 		 835 aa  300  7e-80  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4706  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.11 
 
 		 850 aa  296  9e-79  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.449188  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3469  FAD dependent oxidoreductase  27.3 
 
 		 835 aa  296  1e-78  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2459  FAD dependent oxidoreductase  28.78 
 
 		 830 aa  295  3e-78  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.438367  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2504  FAD dependent oxidoreductase  28.78 
 
 		 830 aa  295  3e-78  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.1116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2496  FAD dependent oxidoreductase  28.36 
 
 		 830 aa  294  4e-78  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3855  dimethylglycine dehydrogenase precursor  27.77 
 
 		 808 aa  288  4e-76  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.235355  decreased coverage  0.00899155 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1822  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.94 
 
 		 838 aa  284  4.0000000000000003e-75  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0328882 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3080  FAD dependent oxidoreductase  28.09 
 
 		 816 aa  283  1e-74  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.202627 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4740  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.2 
 
 		 857 aa  279  2e-73  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.38185  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19690  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  28 
 
 		 840 aa  253  1e-65  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0416659  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08654  N,N-dimethylglycine oxidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G06470)  24.58 
 
 		 948 aa  229  2e-58  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.12835  normal  0.470294 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1864  FAD dependent oxidoreductase  25.28 
 
 		 853 aa  185  3e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.731866  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2430  FAD dependent oxidoreductase  24.71 
 
 		 853 aa  179  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04340  glycine/D-amino acid oxidase, deaminating  30.62 
 
 		 386 aa  172  2e-41  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.704442 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5914  FAD dependent oxidoreductase  24.57 
 
 		 853 aa  170  8e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.194637  normal  0.628554 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6885  FAD dependent oxidoreductase  24.66 
 
 		 853 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.820475 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2751  aminomethyltransferase  27.25 
 
 		 365 aa  164  9e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2361  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.18 
 
 		 364 aa  159  2e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.365627  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4082  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.44 
 
 		 366 aa  152  2e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3981  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.18 
 
 		 366 aa  152  3e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4305  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.18 
 
 		 366 aa  151  4e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4358  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.18 
 
 		 366 aa  151  4e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.51819  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1938  FAD dependent oxidoreductase  29.38 
 
 		 388 aa  151  6e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1073  FAD dependent oxidoreductase  29.67 
 
 		 385 aa  150  6e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2461  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  28.48 
 
 		 380 aa  150  7e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3120  FAD dependent oxidoreductase  28.84 
 
 		 385 aa  149  2.0000000000000003e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3808  FAD dependent oxidoreductase  29.65 
 
 		 385 aa  149  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.876353 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2915  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.65 
 
 		 366 aa  149  3e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.75153  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4039  glycine cleavage system T protein  27.79 
 
 		 365 aa  149  3e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000142158  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4247  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.91 
 
 		 366 aa  148  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4131  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.91 
 
 		 366 aa  148  4.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3971  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.91 
 
 		 366 aa  148  4.0000000000000006e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0901  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.91 
 
 		 366 aa  148  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.281219  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4449  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.91 
 
 		 366 aa  148  4.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.268637  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1945  aminomethyltransferase  27.71 
 
 		 366 aa  148  5e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000285507 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1496  glycine cleavage system T protein  27.16 
 
 		 371 aa  145  2e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0232  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  29 
 
 		 368 aa  144  6e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0595  FAD dependent oxidoreductase  27.49 
 
 		 390 aa  144  6e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.140462  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0767  glycine cleavage system T protein  27.64 
 
 		 442 aa  143  9.999999999999999e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0720  glycine cleavage system T protein  25.07 
 
 		 364 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0470  aminomethyltransferase  27.64 
 
 		 440 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000173433  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2281  FAD dependent oxidoreductase  28.42 
 
 		 385 aa  142  1.9999999999999998e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.405661  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0214  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.65 
 
 		 364 aa  142  3e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23440  glycine cleavage system T protein  24.6 
 
 		 357 aa  142  3.9999999999999997e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000137386  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4339  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.91 
 
 		 366 aa  141  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.485786  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1730  FAD dependent oxidoreductase  30.89 
 
 		 382 aa  141  3.9999999999999997e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1751  FAD dependent oxidoreductase  26.14 
 
 		 382 aa  141  4.999999999999999e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.18751 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4550  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  24.6 
 
 		 360 aa  139  2e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.669623 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13330  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.75 
 
 		 370 aa  139  2e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2562  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.73 
 
 		 360 aa  138  4e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0968  FAD dependent oxidoreductase  28.84 
 
 		 383 aa  138  5e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0185207  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0406  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.81 
 
 		 359 aa  137  9.999999999999999e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.885714  normal  0.283909 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11173  aminomethyltransferase  24.62 
 
 		 360 aa  135  3.9999999999999996e-30  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.324081  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1756  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.32 
 
 		 362 aa  132  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.971274  normal  0.141351 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3964  FAD dependent oxidoreductase  25.33 
 
 		 378 aa  130  7.000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2285  glycine cleavage system T protein  27.37 
 
 		 370 aa  130  8.000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010894 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0274  FAD dependent oxidoreductase  26.2 
 
 		 381 aa  130  1.0000000000000001e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>