More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2967 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2967  bifunctional enzyme involved in glycine degradation  100 
 
 		 831 aa  1709    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.782343 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3566  dimethylglycine dehydrogenase  79.54 
 
 		 831 aa  1346    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2727  dimethylglycine dehydrogenase  48.28 
 
 		 879 aa  757    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0919  FAD dependent oxidoreductase  80.31 
 
 		 837 aa  1400    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0486  FAD dependent oxidoreductase  76.17 
 
 		 835 aa  1318    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0493808  normal  0.0384194 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3155  hypothetical protein  79.42 
 
 		 831 aa  1346    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1940  FAD dependent oxidoreductase  80.34 
 
 		 830 aa  1335    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239261  normal  0.0111129 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3249  FAD dependent oxidoreductase  79.78 
 
 		 831 aa  1355    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0784832  normal  0.220016 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3310  FAD dependent oxidoreductase  37.81 
 
 		 816 aa  527  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.198346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2198  FAD dependent oxidoreductase  36.98 
 
 		 815 aa  511  1e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.138151  normal  0.0335767 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4350  FAD dependent oxidoreductase  37.53 
 
 		 816 aa  499  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000248836 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4021  FAD dependent oxidoreductase  38.24 
 
 		 816 aa  496  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2063  FAD dependent oxidoreductase  36.4 
 
 		 806 aa  495  9.999999999999999e-139  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5112  FAD dependent oxidoreductase  35.33 
 
 		 806 aa  471  1.0000000000000001e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0323529 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1426  FAD dependent oxidoreductase  35.36 
 
 		 805 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0785769 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1596  FAD dependent oxidoreductase  35.63 
 
 		 821 aa  467  9.999999999999999e-131  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.26338 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2805  FAD dependent oxidoreductase  36.6 
 
 		 802 aa  466  1e-129  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.898682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2488  FAD dependent oxidoreductase  35.45 
 
 		 806 aa  457  1e-127  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.255163  normal  0.0203493 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2290  FAD dependent oxidoreductase  34.59 
 
 		 823 aa  438  1e-121  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.407986 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1485  FAD dependent oxidoreductase  35.65 
 
 		 804 aa  429  1e-119  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.542815  normal  0.236172 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1666  dehydrogenase  34.46 
 
 		 831 aa  429  1e-118  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0839495 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4985  FAD dependent oxidoreductase  34.61 
 
 		 831 aa  427  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0450258 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3161  FAD dependent oxidoreductase  33.29 
 
 		 827 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2591  FAD dependent oxidoreductase  35.07 
 
 		 826 aa  402  9.999999999999999e-111  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3866  FAD dependent oxidoreductase  33.33 
 
 		 843 aa  398  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4916  FAD dependent oxidoreductase  33.18 
 
 		 815 aa  399  1e-109  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4871  FAD dependent oxidoreductase  33.29 
 
 		 825 aa  398  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.862382  normal  0.731807 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2197  FAD dependent oxidoreductase  32.7 
 
 		 815 aa  394  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.031847 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0642  FAD dependent oxidoreductase  33.04 
 
 		 815 aa  390  1e-107  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0798  glycine cleavage system T protein  33.45 
 
 		 822 aa  392  1e-107  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3311  FAD dependent oxidoreductase  32.86 
 
 		 817 aa  388  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0434  FAD dependent oxidoreductase  31.67 
 
 		 819 aa  374  1e-102  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2849  FAD dependent oxidoreductase  31.88 
 
 		 812 aa  372  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0394509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1481  FAD dependent oxidoreductase  31.19 
 
 		 801 aa  358  2.9999999999999997e-97  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3838  FAD dependent oxidoreductase  32.78 
 
 		 827 aa  354  5e-96  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.761233  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0939  FAD dependent oxidoreductase  32.31 
 
 		 797 aa  348  2e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0762  FAD dependent oxidoreductase  31.75 
 
 		 812 aa  343  8e-93  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.108015  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1254  FAD dependent oxidoreductase  28.37 
 
 		 799 aa  327  7e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0777915  normal  1 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_56477  glycine decarboxylase t-protein  29.81 
 
 		 854 aa  316  9.999999999999999e-85  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.645348  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18850  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  29.78 
 
 		 819 aa  305  2.0000000000000002e-81  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.303857  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4706  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.44 
 
 		 850 aa  303  8.000000000000001e-81  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.449188  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3463  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.39 
 
 		 830 aa  295  3e-78  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3080  FAD dependent oxidoreductase  30.19 
 
 		 816 aa  294  4e-78  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.202627 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3855  dimethylglycine dehydrogenase precursor  29.76 
 
 		 808 aa  290  6e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.235355  decreased coverage  0.00899155 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4740  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.24 
 
 		 857 aa  288  2e-76  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.38185  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2879  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.17 
 
 		 821 aa  283  1e-74  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1822  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.49 
 
 		 838 aa  280  8e-74  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0328882 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3469  FAD dependent oxidoreductase  28.03 
 
 		 835 aa  278  3e-73  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3718  FAD dependent oxidoreductase  27.3 
 
 		 835 aa  275  3e-72  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2459  FAD dependent oxidoreductase  28.74 
 
 		 830 aa  273  1e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.438367  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2504  FAD dependent oxidoreductase  28.74 
 
 		 830 aa  273  1e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.1116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2496  FAD dependent oxidoreductase  28.86 
 
 		 830 aa  268  2.9999999999999995e-70  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19690  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  28.72 
 
 		 840 aa  244  5e-63  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0416659  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08654  N,N-dimethylglycine oxidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G06470)  27.24 
 
 		 948 aa  231  3e-59  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.12835  normal  0.470294 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5914  FAD dependent oxidoreductase  25.88 
 
 		 853 aa  228  3e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.194637  normal  0.628554 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6885  FAD dependent oxidoreductase  25.37 
 
 		 853 aa  228  5.0000000000000005e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.820475 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1864  FAD dependent oxidoreductase  25.59 
 
 		 853 aa  224  6e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.731866  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2430  FAD dependent oxidoreductase  25.65 
 
 		 853 aa  224  6e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2496  aminomethyltransferase  26.79 
 
 		 977 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18830  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  29.09 
 
 		 925 aa  142  1.9999999999999998e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1598  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  28.65 
 
 		 1000 aa  142  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.898229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5050  sarcosine oxidase, alpha subunit family  28.38 
 
 		 1000 aa  141  6e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.268825 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4039  glycine cleavage system T protein  29.1 
 
 		 365 aa  140  7e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000142158  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3331  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  27.3 
 
 		 999 aa  139  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.967331 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4305  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  28.24 
 
 		 366 aa  137  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3981  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  28.24 
 
 		 366 aa  137  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4358  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  28.24 
 
 		 366 aa  137  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.51819  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4131  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.99 
 
 		 366 aa  135  3.9999999999999996e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3971  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.99 
 
 		 366 aa  135  3.9999999999999996e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4247  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.99 
 
 		 366 aa  135  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1696  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.03 
 
 		 963 aa  135  3.9999999999999996e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4449  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.99 
 
 		 366 aa  135  3.9999999999999996e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.268637  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0901  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.99 
 
 		 366 aa  134  5e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.281219  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4082  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.74 
 
 		 366 aa  134  7.999999999999999e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1912  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.03 
 
 		 441 aa  133  1.0000000000000001e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000389017  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4339  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.48 
 
 		 366 aa  133  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.485786  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2485  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  29.23 
 
 		 995 aa  132  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.269886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4828  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  27.27 
 
 		 1003 aa  131  5.0000000000000004e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.527733  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0998  sarcosine oxidase, alpha subunit  26.41 
 
 		 1002 aa  131  6e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0892  sarcosine oxidase, alpha subunit, truncation  26.15 
 
 		 889 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0488  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  26.74 
 
 		 1003 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2751  aminomethyltransferase  27.59 
 
 		 365 aa  130  9.000000000000001e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5130  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  26.74 
 
 		 1003 aa  130  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.564835  normal  0.907469 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1952  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  26.15 
 
 		 1002 aa  130  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0393  putative sarcosine oxidase alpha subunit  26.15 
 
 		 1002 aa  130  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1804  glycine cleavage system T protein  30.42 
 
 		 375 aa  130  1.0000000000000001e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.280258  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3218  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  26.74 
 
 		 1003 aa  130  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.6611  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1860  sarcosine oxidase, alpha subunit  26.15 
 
 		 1002 aa  130  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.769627  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5149  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  26.74 
 
 		 1003 aa  130  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.685714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1496  glycine cleavage system T protein  28.86 
 
 		 371 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5067  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  26.47 
 
 		 1003 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.844501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2824  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  28 
 
 		 369 aa  129  2.0000000000000002e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2915  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.84 
 
 		 366 aa  129  3e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.75153  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3506  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  26.2 
 
 		 1003 aa  129  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0454  aminomethyltransferase  29.64 
 
 		 961 aa  129  3e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.343433  normal  0.24512 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8586  sarcosine oxidase, alpha subunit family  28.5 
 
 		 999 aa  128  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.523076  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3993  sarcosine oxidase, alpha subunit family  29.09 
 
 		 995 aa  127  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3120  FAD dependent oxidoreductase  28.74 
 
 		 385 aa  126  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1073  FAD dependent oxidoreductase  29.88 
 
 		 385 aa  125  2e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4544  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  26.2 
 
 		 1003 aa  126  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>