More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2693 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2693  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 228 aa  471  1e-132  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2647  GntR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 231 aa  185  7e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.895609  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4862  transcriptional regulator, GntR family  36.41 
 
 		 236 aa  132  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.556045  normal  0.353938 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3670  transcriptional regulator, GntR family  35.19 
 
 		 236 aa  129  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2595  GntR domain protein  31.82 
 
 		 227 aa  95.1  8e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.709124  normal  0.171909 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  27.78 
 
 		 231 aa  90.1  3e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 229 aa  87.4  2e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  31.82 
 
 		 237 aa  85.9  4e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  31.82 
 
 		 239 aa  85.5  6e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  31.12 
 
 		 233 aa  83.6  0.000000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 232 aa  83.6  0.000000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 230 aa  80.9  0.00000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 235 aa  80.5  0.00000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 211 aa  78.6  0.00000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 260 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0498  GntR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 231 aa  77  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 235 aa  76.6  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 229 aa  76.6  0.0000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  23.67 
 
 		 248 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6303  GntR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 221 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  22.5 
 
 		 223 aa  73.9  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  24.23 
 
 		 219 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 251 aa  73.6  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1522  transcriptional regulator, GntR family  28.76 
 
 		 218 aa  73.2  0.000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0498481 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 225 aa  72.8  0.000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 234 aa  72.8  0.000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4322  transcriptional regulator, GntR family  30.65 
 
 		 246 aa  72.8  0.000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  27.78 
 
 		 226 aa  72.4  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4343  GntR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 218 aa  72.4  0.000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 226 aa  72.4  0.000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3711  GntR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 228 aa  71.2  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.572132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  28.74 
 
 		 223 aa  71.2  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 230 aa  71.2  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3095  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 222 aa  70.9  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000525729  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1271  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 234 aa  70.9  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 222 aa  70.5  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5168  transcriptional regulator, GntR family  27.55 
 
 		 234 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 226 aa  70.1  0.00000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3219  GntR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 257 aa  69.3  0.00000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0764465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  29.19 
 
 		 228 aa  68.9  0.00000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1007  GntR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 234 aa  68.9  0.00000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.511541  hitchhiker  0.00101659 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 211 aa  68.6  0.00000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1710  transcription regulator AsnC  25.63 
 
 		 217 aa  68.6  0.00000000009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  27.54 
 
 		 225 aa  68.2  0.0000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 243 aa  68.2  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  26.67 
 
 		 248 aa  67.8  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 230 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0293  GntR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 230 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.972725  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1964  transcriptional regulator, GntR family  27.27 
 
 		 229 aa  67.8  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.461761  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  22.61 
 
 		 215 aa  67.8  0.0000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  25.25 
 
 		 232 aa  68.2  0.0000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 223 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0483  transcriptional regulator, GntR family  28.06 
 
 		 227 aa  68.2  0.0000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  26.15 
 
 		 226 aa  67.4  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0150  transcriptional regulator, GntR family  25.73 
 
 		 209 aa  67.4  0.0000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.80263  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2160  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 211 aa  67  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0507248  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 257 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4995  GntR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 254 aa  67  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.349641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  28.87 
 
 		 216 aa  66.6  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 213 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1569  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 230 aa  66.6  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  26.26 
 
 		 229 aa  66.6  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 214 aa  66.6  0.0000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 255 aa  66.6  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 213 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  26.5 
 
 		 238 aa  66.6  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 242 aa  66.2  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 235 aa  66.2  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1551  transcriptional regulator, GntR family protein  26.94 
 
 		 224 aa  66.2  0.0000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000349617  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 229 aa  65.9  0.0000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 255 aa  65.5  0.0000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3183  Transcriptional regulators-like protein  43.59 
 
 		 242 aa  65.5  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.138815  normal  0.149663 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  25.89 
 
 		 229 aa  65.5  0.0000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 223 aa  65.5  0.0000000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0876  GntR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 220 aa  65.5  0.0000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.398436  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 240 aa  65.5  0.0000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3106  transcriptional regulator, GntR family  32.24 
 
 		 215 aa  65.5  0.0000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  26.13 
 
 		 257 aa  65.5  0.0000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 255 aa  65.5  0.0000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3159  GntR family transcriptional regulator  22.77 
 
 		 223 aa  65.5  0.0000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 238 aa  65.1  0.0000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  23.24 
 
 		 221 aa  65.1  0.0000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2862  GntR domain protein  31.01 
 
 		 229 aa  65.1  0.0000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4056  GntR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 244 aa  65.1  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153402  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 223 aa  64.3  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  26.04 
 
 		 227 aa  64.7  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  27.23 
 
 		 226 aa  64.3  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 255 aa  64.3  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  27.84 
 
 		 216 aa  64.3  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2641  GntR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 219 aa  64.3  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1104  transcriptional regulator, GntR family  26.47 
 
 		 232 aa  64.7  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 219 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 219 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1385  GntR domain-containing protein  26.7 
 
 		 223 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00179807 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 255 aa  64.3  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1660  transcriptional regulator, GntR family  26.7 
 
 		 223 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 262 aa  63.5  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3918  regulatory protein GntR HTH  29.35 
 
 		 235 aa  63.9  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.306871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2015  GntR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 239 aa  63.9  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7256  transcriptional regulator, GntR family  26.21 
 
 		 218 aa  63.9  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0660662  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>