More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PICST_46658 on replicon NC_009045
Organism: Scheffersomyces stipitis CBS 6054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009045  PICST_46658  geranylgeranyl diphosphate synthase  100 
 
 
347 aa  707    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.606185 
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_47271  predicted protein  40.64 
 
 
330 aa  195  1e-48  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00090  farnesyltranstransferase, putative  36 
 
 
322 aa  189  7e-47  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00654  Geranylgeranyl diphosphate synthase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q874I1]  36.66 
 
 
396 aa  188  1e-46  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.371753 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01592  conserved hypothetical protein  37.58 
 
 
397 aa  182  5.0000000000000004e-45  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0108792  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08143  geranylgeranyl pyrophosphate synthetase AtmG, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G02400)  42.23 
 
 
355 aa  172  7.999999999999999e-42  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.250061  normal  0.283251 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06810  ThiJ/PfpI family protein (AFU_orthologue; AFUA_3G01210)  32.5 
 
 
933 aa  134  3e-30  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.977304  normal  0.681153 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02407  conserved hypothetical protein  29.07 
 
 
675 aa  117  3e-25  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.54872 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0319  octaprenyl-diphosphate synthase  30.47 
 
 
347 aa  105  2e-21  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00046336  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1537  polyprenyl synthetase family protein  32.82 
 
 
350 aa  99.8  6e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3242  Polyprenyl synthetase  30.33 
 
 
354 aa  97.4  3e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.650754  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1042  polyprenyl synthetase  27.66 
 
 
317 aa  90.5  4e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.623686 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1186  polyprenyl synthetase  27.66 
 
 
320 aa  90.1  5e-17  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02611  geranylgeranyl diphosphate synthase, putative (JCVI)  33.86 
 
 
645 aa  89.7  6e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.221  normal  0.0772164 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1060  polyprenyl synthetase  26.36 
 
 
317 aa  88.2  2e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1635  dimethylallyltranstransferase  27.23 
 
 
317 aa  86.7  5e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.750047  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2135  geranyltranstransferase  27.73 
 
 
327 aa  85.9  9e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0551821  decreased coverage  0.00000978796 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0312  polyprenyl synthetase  29 
 
 
326 aa  84.7  0.000000000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.440979 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0904  polyprenyl synthetase  28.09 
 
 
317 aa  84.3  0.000000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.28863  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1042  Dimethylallyltranstransferase  25.63 
 
 
332 aa  84  0.000000000000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1618  polyprenyl synthetase  30.23 
 
 
329 aa  84  0.000000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.399283 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5159  octaprenyl-diphosphate synthase  26.14 
 
 
322 aa  82  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0320135  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0577  Polyprenyl synthetase  30.25 
 
 
349 aa  81.3  0.00000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.25249  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0211  Polyprenyl synthetase  24.34 
 
 
334 aa  80.5  0.00000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.301992 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0011  Polyprenyl synthetase  31.14 
 
 
336 aa  80.5  0.00000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2399  farnesyltranstransferase  26.52 
 
 
322 aa  80.5  0.00000000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0453989  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2351  polyprenyl synthetase  31.6 
 
 
386 aa  79  0.0000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.777136 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2956  Polyprenyl synthetase  27.56 
 
 
308 aa  78.6  0.0000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.660662  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2312  polyprenyl synthetase  31.6 
 
 
386 aa  78.2  0.0000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2359  polyprenyl synthetase  31.6 
 
 
386 aa  78.2  0.0000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.852076  normal  0.554984 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0016  Polyprenyl synthetase  29.69 
 
 
332 aa  78.2  0.0000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.24479 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3743  polyprenyl synthetase  24.8 
 
 
322 aa  76.3  0.0000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2027  trans-hexaprenyltranstransferase  27.23 
 
 
331 aa  75.5  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0352  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  31.02 
 
 
338 aa  75.5  0.000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00291218 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4923  Polyprenyl synthetase  26.84 
 
 
768 aa  74.7  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0645809  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1465  Polyprenyl synthetase  30.14 
 
 
345 aa  74.7  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21410  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  24.78 
 
 
324 aa  74.3  0.000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.242583  hitchhiker  0.0000164953 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1972  trans-hexaprenyltranstransferase  26.61 
 
 
304 aa  73.9  0.000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03940  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  29.03 
 
 
354 aa  73.9  0.000000000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.530934 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3415  Polyprenyl synthetase  24.8 
 
 
322 aa  73.6  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00212563  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0533  polyprenyl synthetase  31.13 
 
 
338 aa  73.2  0.000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.506738 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0244  octaprenyl-diphosphate synthase  26.24 
 
 
326 aa  73.2  0.000000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000222684  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1102  Trans-hexaprenyltranstransferase  23.26 
 
 
338 aa  73.2  0.000000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2818  Polyprenyl synthetase  26.73 
 
 
337 aa  72.4  0.00000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2899  octaprenyl-diphosphate synthase  26.12 
 
 
322 aa  72  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02016  polyprenyl synthetase  27.54 
 
 
332 aa  72.4  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1465  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  28.06 
 
 
319 aa  72  0.00000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.00436047  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2517  Polyprenyl synthetase  26.12 
 
 
322 aa  72  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3477  Trans-hexaprenyltranstransferase  24.41 
 
 
322 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00654823 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1844  Polyprenyl synthetase  29.67 
 
 
321 aa  71.6  0.00000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0193  farnesyltranstransferase  26.07 
 
 
334 aa  71.2  0.00000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000332441  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1235  Polyprenyl synthetase  29.64 
 
 
330 aa  70.9  0.00000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3032  trans-hexaprenyltranstransferase  23.95 
 
 
345 aa  70.9  0.00000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1983  octaprenyl diphosphate synthase  24.11 
 
 
322 aa  70.9  0.00000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.977315  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2277  Polyprenyl synthetase  24.51 
 
 
322 aa  70.5  0.00000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2681  trans-hexaprenyltranstransferase  26.64 
 
 
334 aa  70.1  0.00000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0863  trans-hexaprenyltranstransferase  24.36 
 
 
343 aa  70.5  0.00000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0603068  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1286  polyprenyl synthetase  29.77 
 
 
338 aa  69.3  0.00000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.916051  normal  0.252037 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1263  polyprenyl synthetase  28.37 
 
 
324 aa  69.7  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1446  isoprenyl synthetase  25.64 
 
 
331 aa  69.7  0.00000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0769  Polyprenyl synthetase  25.85 
 
 
327 aa  69.3  0.00000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0514  trans-hexaprenyltranstransferase  25.69 
 
 
337 aa  69.3  0.00000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5946  Trans-hexaprenyltranstransferase  28.37 
 
 
322 aa  68.9  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.112624  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4219  Trans-hexaprenyltranstransferase  25.79 
 
 
345 aa  68.9  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.830845  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0416  Polyprenyl synthetase  27 
 
 
332 aa  68.9  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0642376 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1526  Polyprenyl synthetase  25.84 
 
 
318 aa  68.6  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.52823  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0384  polyprenyl synthetase  24.89 
 
 
332 aa  68.9  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.671664  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  27.73 
 
 
322 aa  68.9  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0164  Trans-hexaprenyltranstransferase  24.34 
 
 
325 aa  68.6  0.0000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0195554  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0054  Polyprenyl synthetase  22.35 
 
 
358 aa  68.6  0.0000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00942137  normal  0.0473484 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0383  Polyprenyl synthetase  23.83 
 
 
337 aa  68.2  0.0000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.955565  normal  0.0650374 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1417  dimethylallyltranstransferase / geranyltranstransferase  25.36 
 
 
321 aa  68.2  0.0000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.0000231045  decreased coverage  0.000138058 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1814  farnesyltranstransferase  23.99 
 
 
322 aa  68.2  0.0000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5067  Trans-hexaprenyltranstransferase  27.4 
 
 
334 aa  68.2  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0949639  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0524  octaprenyl-diphosphate synthase  28.71 
 
 
331 aa  68.6  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0295  trans-hexaprenyltranstransferase  25.49 
 
 
331 aa  68.2  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1038  polyprenyl synthetase  23.91 
 
 
319 aa  67  0.0000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4544  Trans-hexaprenyltranstransferase  24.81 
 
 
352 aa  67.4  0.0000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2220  trans-hexaprenyltranstransferase  25.96 
 
 
322 aa  67.4  0.0000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000307661  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0413  Polyprenyl synthetase  29.21 
 
 
337 aa  67  0.0000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19620  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  31.19 
 
 
364 aa  67  0.0000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0263779 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0564  trans-hexaprenyltranstransferase  25.09 
 
 
318 aa  67  0.0000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3130  trans-hexaprenyltranstransferase  30.73 
 
 
367 aa  67  0.0000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0472  farnesyltranstransferase  27.2 
 
 
327 aa  67  0.0000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0424008  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2048  Polyprenyl synthetase  27.31 
 
 
348 aa  67  0.0000000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.225827  normal  0.179552 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2210  Polyprenyl synthetase  30.34 
 
 
348 aa  67  0.0000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.498459  normal  0.119869 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3427  Polyprenyl synthetase  25.19 
 
 
340 aa  66.2  0.0000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.640132 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1765  geranyltranstransferase  25.79 
 
 
330 aa  66.2  0.0000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.281488 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0281  trans-hexaprenyltranstransferase  26.24 
 
 
349 aa  66.2  0.0000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1248  Trans-hexaprenyltranstransferase  23.76 
 
 
323 aa  66.2  0.0000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0742  trans-hexaprenyltranstransferase  30.66 
 
 
333 aa  66.2  0.0000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.247757  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0552  polyprenyl synthetase  28.16 
 
 
338 aa  66.2  0.0000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0863635 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3361  Polyprenyl synthetase  26.72 
 
 
322 aa  66.2  0.0000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00532412  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0657  polyprenyl synthetase  30.66 
 
 
333 aa  66.2  0.0000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  25.86 
 
 
370 aa  65.9  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1016  Polyprenyl synthetase  27.31 
 
 
332 aa  65.9  0.0000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00162211  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  25.86 
 
 
370 aa  65.9  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3664  octaprenyl diphosphate synthase  25.86 
 
 
370 aa  65.9  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000479372  normal  0.0578061 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  25.86 
 
 
370 aa  65.9  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000567296  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0840  dimethylallyltranstransferase  25.78 
 
 
327 aa  65.9  0.0000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.440008 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>