More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1684 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1684  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  100 
 
 		 257 aa  533  1e-150  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0187578  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1950  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  91.05 
 
 		 257 aa  489  1e-137  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000043929  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2294  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  69.14 
 
 		 259 aa  366  1e-100  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2394  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  69.14 
 
 		 256 aa  363  1e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1555  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  65.08 
 
 		 254 aa  345  4e-94  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2738  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  65.08 
 
 		 254 aa  345  4e-94  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.41469  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2653  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  65.08 
 
 		 254 aa  345  4e-94  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1631  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  64.29 
 
 		 280 aa  343  2e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.411017  hitchhiker  0.00201461 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0936  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  57.09 
 
 		 252 aa  304  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0900  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  56.69 
 
 		 252 aa  301  6.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0997  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  56.69 
 
 		 252 aa  300  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.847712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1016  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  56.69 
 
 		 252 aa  300  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.135969  normal  0.413483 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2505  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  54.72 
 
 		 252 aa  300  2e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0911  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  54.72 
 
 		 252 aa  299  3e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0867  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  54.72 
 
 		 252 aa  299  3e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00807  DNA-binding transcriptional repressor  54.72 
 
 		 252 aa  299  4e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2802  transcriptional regulator, DeoR family  54.72 
 
 		 252 aa  299  4e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.262018  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2802  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  54.72 
 
 		 252 aa  299  4e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.966076 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00824  hypothetical protein  54.72 
 
 		 252 aa  299  4e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0901  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  54.72 
 
 		 252 aa  299  4e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.356535  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0968  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  56.3 
 
 		 252 aa  298  4e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0993  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  54.72 
 
 		 252 aa  299  4e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.743994  normal  0.246087 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1331  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  55.12 
 
 		 252 aa  296  2e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.134887 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0747  deoxyribose operon repressor  46.5 
 
 		 243 aa  243  1.9999999999999999e-63  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000421917  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4490  regulatory protein, DeoR  43.87 
 
 		 254 aa  229  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1542  DeoR family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 256 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.287434  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6287  DeoR family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 256 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.353232 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6947  DeoR family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 256 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6903  DeoR family transcriptional regulator  42.75 
 
 		 256 aa  221  8e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.450292 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2304  DeoR family transcriptional regulator  42.75 
 
 		 259 aa  204  8e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4020  deoxyribose operon repressor  42.02 
 
 		 261 aa  201  7e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4004  deoxyribose operon repressor  42.02 
 
 		 261 aa  201  8e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4075  deoxyribose operon repressor  42.02 
 
 		 261 aa  201  9e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4125  deoxyribose operon repressor  42.02 
 
 		 261 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4183  deoxyribose operon repressor  42.02 
 
 		 261 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2279  transcriptional regulator, DeoR family  40.85 
 
 		 240 aa  192  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.106736 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7829  DeoR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 264 aa  176  3e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.246046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4630  DeoR family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 251 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.223622 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4660  DeoR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 240 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.197228  normal  0.859763 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2844  DeoR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 235 aa  160  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.460481  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1406  DeoR family transcriptional regulator  40.95 
 
 		 241 aa  159  6e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.1589 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5189  transcriptional regulator, DeoR family  40.52 
 
 		 241 aa  158  8e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1267  DeoR family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 241 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.792859  normal  0.0802156 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0832  DeoR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 261 aa  149  5e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.707572  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3464  DeoR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 254 aa  143  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3731  DeoR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 254 aa  143  3e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3356  hypothetical protein  31.88 
 
 		 266 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.23684 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0035  transcriptional regulator, DeoR family  30.23 
 
 		 264 aa  123  4e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000906536  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0146  transcriptional regulator, DeoR family  31.91 
 
 		 250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000230525  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2797  regulatory protein DeoR  28.29 
 
 		 254 aa  107  2e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0940  putative DEOR-type transcriptional regulator  28 
 
 		 275 aa  104  1e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000268196  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1854  regulatory protein, DeoR  28.34 
 
 		 252 aa  102  6e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.0000517285  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2129  transcriptional regulator, DeoR family  28.17 
 
 		 255 aa  101  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0932716  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2807  DeoR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 260 aa  100  2e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.807975  normal  0.355136 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0478  DeoR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 254 aa  94.7  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7844  transcriptional regulator, DeoR family  26.19 
 
 		 255 aa  93.6  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0958205  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5369  transcriptional regulator, DeoR family  27.78 
 
 		 268 aa  94.4  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.268088 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0608  GntR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 254 aa  92.4  6e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1449  DeoR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 271 aa  92.4  7e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1187  DeoR family transcriptional regulator  25 
 
 		 257 aa  92  9e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1167  transcriptional regulator, DeoR family  28.57 
 
 		 256 aa  91.3  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2802  DeoR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 262 aa  91.7  1e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.364979  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3446  DeoR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 252 aa  90.1  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3701  transcriptional regulator, DeoR family  30.08 
 
 		 269 aa  90.5  3e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.898271  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0312  DeoR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 264 aa  90.1  3e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.812153  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0712  transcriptional regulator, DeoR family  26.4 
 
 		 258 aa  89  6e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3053  transcriptional regulator, DeoR family  27.87 
 
 		 257 aa  88.6  1e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.538096  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2850  transcriptional regulator, DeoR family  30.8 
 
 		 262 aa  87.4  2e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.115087  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0079  putative transcriptional regulator IolR  25.5 
 
 		 256 aa  87.8  2e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0568  regulatory protein DeoR  27.93 
 
 		 254 aa  87  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.250668  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0408  transcriptional regulator, DeoR family  25.3 
 
 		 257 aa  87.4  2e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.237553  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3773  DeoR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 268 aa  87.8  2e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.933723  normal  0.169904 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3705  transcriptional regulator, DeoR family  28.45 
 
 		 258 aa  86.7  3e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3833  transcriptional regulator, DeoR family  29.73 
 
 		 258 aa  86.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0995  DeoR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 258 aa  85.9  6e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.775359  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0656  DeoR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 284 aa  85.9  6e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.936277  normal  0.637392 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3377  DeoR-family regulatory protein  28.33 
 
 		 258 aa  85.9  6e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.365901 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0943  transcriptional repressor AgaR  28.33 
 
 		 258 aa  85.9  6e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3507  regulatory protein DeoR  25.6 
 
 		 254 aa  85.5  8e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0131  DeoR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 253 aa  85.1  9e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5399  DeoR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 242 aa  85.1  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.054992  normal  0.41602 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0183  DeoR-family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 255 aa  84.3  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.341023  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3861  regulatory protein DeoR  24.4 
 
 		 249 aa  84.7  0.000000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4635  DeoR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 266 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17940  glycerol-3-phosphate regulon repressor  26.42 
 
 		 251 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3534  transcriptional regulator, DeoR family  28.93 
 
 		 257 aa  84.7  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1560  glycerol-3-phosphate regulon repressor  26.42 
 
 		 251 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5164  DeoR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 252 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.133552 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4889  transcriptional regulator, DeoR family  28.63 
 
 		 264 aa  84.7  0.000000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.585335  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4993  DeoR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 252 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640953  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3092  DeoR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 252 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.872302  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5275  DeoR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 252 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3687  regulatory protein, DeoR  25.79 
 
 		 259 aa  84  0.000000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.300297  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3571  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  26.4 
 
 		 269 aa  84  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.557659 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2626  DeoR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 273 aa  83.6  0.000000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0375  DeoR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 252 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.432501  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0650  transcriptional regulator, DeoR family  29.24 
 
 		 276 aa  82.4  0.000000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0893  transcriptional regulator, DeoR family  26.52 
 
 		 261 aa  82.4  0.000000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.151374  normal  0.226851 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0180  DeoR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 255 aa  81.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.214924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0179  DeoR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 255 aa  81.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>