More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3534 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3534  transcriptional regulator, DeoR family  100 
 
 		 257 aa  522  1e-147  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3701  transcriptional regulator, DeoR family  94.16 
 
 		 269 aa  498  1e-140  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.898271  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0650  transcriptional regulator, DeoR family  89.49 
 
 		 276 aa  479  1e-134  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0693  transcriptional regulator, DeoR family  88.33 
 
 		 269 aa  476  1e-133  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.511847  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0183  DeoR-family transcriptional regulator  71.83 
 
 		 255 aa  381  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.341023  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0196  DeoR-family transcriptional regulator  71.83 
 
 		 255 aa  380  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.841984  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0180  DeoR family transcriptional regulator  71.83 
 
 		 255 aa  380  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.214924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0179  DeoR family transcriptional regulator  71.83 
 
 		 255 aa  380  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0188  DeoR family transcriptional regulator  71.83 
 
 		 255 aa  380  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.333156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0922  DeoR family transcriptional regulator  62.25 
 
 		 251 aa  331  8e-90  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.519346  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3115  DeoR family transcriptional regulator  56.61 
 
 		 252 aa  291  1e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.189997  hitchhiker  0.000781627 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3139  transcriptional regulator, DeoR family  37.76 
 
 		 255 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3032  DeoR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 255 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02585  predicted DNA-binding transcriptional regulator  37.76 
 
 		 265 aa  165  8e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02550  hypothetical protein  37.76 
 
 		 265 aa  165  8e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2873  DeoR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0977  DeoR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.96922  normal  0.682272 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0953  transcriptional regulator, DeoR family  37.76 
 
 		 255 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0011  sugar metabolism transcriptional regulator  37.1 
 
 		 252 aa  158  1e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0146  DeoR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 263 aa  155  5.0000000000000005e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0131  DeoR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 263 aa  155  5.0000000000000005e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3108  DeoR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 254 aa  155  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3124  DeoR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 254 aa  155  9e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0605743 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3069  transcriptional regulator, DeoR family  37.99 
 
 		 254 aa  155  9e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1493  DeoR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 254 aa  154  9e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3228  DeoR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 254 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2255  DeoR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 256 aa  154  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3040  transcriptional regulator, DeoR family  37.99 
 
 		 254 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2128  DeoR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 256 aa  154  1e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0175603 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2145  DeoR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 256 aa  154  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1460  DeoR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 270 aa  154  2e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.585922  normal  0.541781 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2824  DeoR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 270 aa  154  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2746  DeoR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 269 aa  154  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.437292  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0103  HTH-type transcriptional regulator, DeoR-family  38.17 
 
 		 251 aa  152  4e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0113  transcriptional regulator, DeoR family  39.75 
 
 		 253 aa  151  1e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0146  transcriptional regulator, DeoR family  36.09 
 
 		 250 aa  149  3e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000230525  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0119  transcriptional regulator, DeoR family  37.82 
 
 		 252 aa  146  3e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0478  DeoR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 254 aa  144  1e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2548  DeoR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 252 aa  144  1e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00992878 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0907  DeoR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 274 aa  143  2e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4814  regulatory protein, DeoR  35.24 
 
 		 274 aa  143  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0890  transcriptional regulator, DeoR family  34.71 
 
 		 260 aa  142  4e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.390832  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0362  transcriptional regulator, DeoR family  34.8 
 
 		 260 aa  142  4e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04749  transcriptional regulator  39.81 
 
 		 221 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0575  DeoR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 274 aa  139  6e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000140104  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2392  transcriptional regulator, DeoR family  32.53 
 
 		 253 aa  136  3.0000000000000003e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5367  transcriptional regulator, DeoR family  33.47 
 
 		 264 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.35499 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0608  GntR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 254 aa  133  3e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2335  transcriptional regulator, DeoR family  35.93 
 
 		 268 aa  133  3e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0880169  normal  0.102966 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0778  transcriptional regulator, DeoR family  36.69 
 
 		 256 aa  132  6e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.532407  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4756  transcriptional regulator, DeoR family  33.47 
 
 		 264 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.275318  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3818  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  35.27 
 
 		 258 aa  130  2.0000000000000002e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.892973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3377  transcriptional regulator, DeoR family  33.06 
 
 		 257 aa  130  3e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1714  transcriptional regulator, DeoR family  37.61 
 
 		 256 aa  129  7.000000000000001e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0085463  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0997  transcriptional regulator, DeoR family  35.1 
 
 		 267 aa  127  1.0000000000000001e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.566799 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1701  DeoR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 264 aa  125  5e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.596529  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2177  transcriptional regulator, DeoR family  34.93 
 
 		 253 aa  125  6e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0975605  hitchhiker  0.00125188 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0659  DeoR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 288 aa  125  9e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0255217  normal  0.62024 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0408  transcriptional regulator, DeoR family  29.92 
 
 		 257 aa  124  1e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.237553  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2385  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  31.52 
 
 		 269 aa  124  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3057  regulatory protein, DeoR  33.06 
 
 		 278 aa  123  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.111728  normal  0.668147 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3571  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  31.13 
 
 		 269 aa  122  6e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.557659 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0750  DeoR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 259 aa  122  8e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.6006 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3191  transcriptional regulator, DeoR family  32.64 
 
 		 252 aa  121  9e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.932095  n/a   
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D07  lactose transport regulator  32.79 
 
 		 255 aa  121  9.999999999999999e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2390  transcriptional regulator, DeoR family  35.04 
 
 		 258 aa  120  1.9999999999999998e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.248992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7307  transcriptional regulator, DeoR family  32.13 
 
 		 266 aa  120  3e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0722  DeoR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 253 aa  119  3.9999999999999996e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0738  regulatory protein DeoR  34.87 
 
 		 253 aa  119  3.9999999999999996e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02996  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.65 
 
 		 269 aa  119  6e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0574  transcriptional regulator, DeoR family  30.65 
 
 		 269 aa  119  6e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02947  hypothetical protein  30.65 
 
 		 269 aa  119  6e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3321  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  30.65 
 
 		 269 aa  119  6e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4445  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  30.65 
 
 		 269 aa  119  6e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0569  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  30.65 
 
 		 269 aa  119  6e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0011  DeoR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 258 aa  117  9.999999999999999e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000425621  unclonable  0.00000000668451 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4225  transcriptional regulator, DeoR family  32.1 
 
 		 253 aa  118  9.999999999999999e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.320526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0642  DeoR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 256 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000291189  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3428  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  30.27 
 
 		 269 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3611  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  30.27 
 
 		 269 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1031  lactose transport regulator  33.48 
 
 		 233 aa  117  1.9999999999999998e-25  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.227139  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1535  transcriptional regulator, DeoR family  31.2 
 
 		 253 aa  116  3e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.556819  hitchhiker  0.00734434 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1187  DeoR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 257 aa  116  3.9999999999999997e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1510  transcriptional regulator, DeoR family  34.18 
 
 		 250 aa  115  5e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000196548  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2660  transcriptional regulator, DeoR family  33.92 
 
 		 254 aa  115  6e-25  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.360297  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1079  DeoR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 251 aa  115  6.9999999999999995e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0082  DeoR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 255 aa  115  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0376166  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0091  DeoR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 255 aa  115  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.316718  normal  0.0391482 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0072  DeoR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 255 aa  115  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.314417  normal  0.278782 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1348  lactose phosphotransferase system repressor  32.5 
 
 		 247 aa  115  7.999999999999999e-25  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22300  transcriptional regulator of sugar metabolism  31.17 
 
 		 253 aa  115  8.999999999999998e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0712  transcriptional regulator, DeoR family  33.48 
 
 		 258 aa  114  1.0000000000000001e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0063  transcriptional regulator, DeoR family  31 
 
 		 253 aa  114  1.0000000000000001e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.366513  normal  0.178311 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5087  transcriptional regulator, DeoR family  32.61 
 
 		 254 aa  114  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0184  transcriptional regulator, DeoR family  31.82 
 
 		 256 aa  114  2.0000000000000002e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3507  regulatory protein DeoR  30.45 
 
 		 254 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1144  DeoR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 277 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.524884  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0566  DeoR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 248 aa  113  3e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0096  DeoR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 259 aa  113  3e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.12978 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0729  transcriptional regulator, DeoR family  33.86 
 
 		 256 aa  113  3e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000103564 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>