More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_2824 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_2824  DeoR family transcriptional regulator  100 
 
 		 270 aa  560  1e-158  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1460  DeoR family transcriptional regulator  100 
 
 		 270 aa  560  1e-158  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.585922  normal  0.541781 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2746  DeoR family transcriptional regulator  100 
 
 		 269 aa  558  1e-158  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.437292  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0907  DeoR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 274 aa  226  2e-58  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0778  transcriptional regulator, DeoR family  43.8 
 
 		 256 aa  218  1e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.532407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2548  DeoR family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 252 aa  218  1e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00992878 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1493  DeoR family transcriptional regulator  44.84 
 
 		 254 aa  216  2.9999999999999998e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0011  sugar metabolism transcriptional regulator  45.49 
 
 		 252 aa  215  5.9999999999999996e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0146  DeoR family transcriptional regulator  44.14 
 
 		 263 aa  215  7e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0131  DeoR family transcriptional regulator  44.14 
 
 		 263 aa  215  7e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3124  DeoR family transcriptional regulator  43.19 
 
 		 254 aa  213  3.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0605743 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3040  transcriptional regulator, DeoR family  43.19 
 
 		 254 aa  212  3.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3139  transcriptional regulator, DeoR family  42.64 
 
 		 255 aa  211  7e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3032  DeoR family transcriptional regulator  42.64 
 
 		 255 aa  211  7e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2873  DeoR family transcriptional regulator  42.64 
 
 		 255 aa  211  7.999999999999999e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0977  DeoR family transcriptional regulator  42.64 
 
 		 255 aa  211  7.999999999999999e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.96922  normal  0.682272 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3069  transcriptional regulator, DeoR family  42.8 
 
 		 254 aa  211  9e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3228  DeoR family transcriptional regulator  42.8 
 
 		 254 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02585  predicted DNA-binding transcriptional regulator  42.25 
 
 		 265 aa  210  2e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0953  transcriptional regulator, DeoR family  42.64 
 
 		 255 aa  210  2e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02550  hypothetical protein  42.25 
 
 		 265 aa  210  2e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0103  HTH-type transcriptional regulator, DeoR-family  41.27 
 
 		 251 aa  209  3e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3108  DeoR family transcriptional regulator  42.8 
 
 		 254 aa  209  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2335  transcriptional regulator, DeoR family  40.74 
 
 		 268 aa  204  1e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0880169  normal  0.102966 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4814  regulatory protein, DeoR  40.55 
 
 		 274 aa  202  4e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04749  transcriptional regulator  46.12 
 
 		 221 aa  202  7e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0362  transcriptional regulator, DeoR family  41.34 
 
 		 260 aa  201  8e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0113  transcriptional regulator, DeoR family  38.89 
 
 		 253 aa  192  5e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2255  DeoR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 256 aa  190  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2128  DeoR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 256 aa  190  2e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0175603 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2145  DeoR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 256 aa  190  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0119  transcriptional regulator, DeoR family  38.89 
 
 		 252 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0693  transcriptional regulator, DeoR family  34.78 
 
 		 269 aa  166  4e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.511847  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0650  transcriptional regulator, DeoR family  35.43 
 
 		 276 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3115  DeoR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 252 aa  164  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.189997  hitchhiker  0.000781627 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3732  transcriptional regulator, DeoR family  38.1 
 
 		 283 aa  160  2e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0922  DeoR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 251 aa  160  2e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.519346  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3534  transcriptional regulator, DeoR family  35.32 
 
 		 257 aa  160  2e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3701  transcriptional regulator, DeoR family  35.32 
 
 		 269 aa  159  5e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.898271  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0183  DeoR-family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 255 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.341023  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0196  DeoR-family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 255 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.841984  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0179  DeoR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 255 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0188  DeoR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 255 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.333156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0180  DeoR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 255 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.214924  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3053  transcriptional regulator, DeoR family  35.16 
 
 		 257 aa  145  5e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.538096  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3377  transcriptional regulator, DeoR family  36.44 
 
 		 257 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0890  transcriptional regulator, DeoR family  32.35 
 
 		 260 aa  131  1.0000000000000001e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.390832  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0408  transcriptional regulator, DeoR family  31.35 
 
 		 257 aa  129  6e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.237553  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3571  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  30.43 
 
 		 269 aa  128  8.000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.557659 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3611  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  29.8 
 
 		 269 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2536  DeoR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 261 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2603  DeoR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 261 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02996  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.8 
 
 		 269 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0574  transcriptional regulator, DeoR family  29.8 
 
 		 269 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3321  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  29.8 
 
 		 269 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0569  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  29.8 
 
 		 269 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4445  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  29.8 
 
 		 269 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3428  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  29.8 
 
 		 269 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02947  hypothetical protein  29.8 
 
 		 269 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0146  transcriptional regulator, DeoR family  32.05 
 
 		 250 aa  125  5e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000230525  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2702  DeoR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 261 aa  125  6e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0575  DeoR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 274 aa  124  2e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000140104  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2660  transcriptional regulator, DeoR family  31.62 
 
 		 254 aa  124  2e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.360297  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5444  transcriptional regulator, DeoR family  33.73 
 
 		 248 aa  123  3e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3908  DeoR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 267 aa  123  3e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00814425  normal  0.0123745 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2385  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  29.41 
 
 		 269 aa  122  6e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0011  DeoR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 258 aa  122  9e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000425621  unclonable  0.00000000668451 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1079  DeoR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 251 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3128  transcriptional regulator, DeoR family  28.02 
 
 		 255 aa  120  3e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1193  GlpR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 260 aa  120  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2797  regulatory protein DeoR  32.49 
 
 		 254 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0642  DeoR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 256 aa  119  6e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000291189  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0096  DeoR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 259 aa  117  9.999999999999999e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.12978 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0750  DeoR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 259 aa  117  9.999999999999999e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.6006 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0568  regulatory protein DeoR  26.69 
 
 		 254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.250668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0478  DeoR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0082  DeoR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0376166  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1187  DeoR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1714  transcriptional regulator, DeoR family  33.76 
 
 		 256 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0085463  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0091  DeoR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.316718  normal  0.0391482 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3818  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  29.55 
 
 		 258 aa  117  1.9999999999999998e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.892973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0072  DeoR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.314417  normal  0.278782 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0590  transcriptional regulator, DeoR family  33.19 
 
 		 247 aa  116  3.9999999999999997e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1535  transcriptional regulator, DeoR family  31.06 
 
 		 253 aa  116  3.9999999999999997e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.556819  hitchhiker  0.00734434 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0698  DeoR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 266 aa  115  8.999999999999998e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000315133  hitchhiker  0.0000015046 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3705  transcriptional regulator, DeoR family  28.93 
 
 		 258 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3507  regulatory protein DeoR  27.82 
 
 		 254 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2129  transcriptional regulator, DeoR family  30.95 
 
 		 255 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0932716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3457  DeoR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 265 aa  114  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0252866 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2724  DeoR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 260 aa  113  3e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2761  transcriptional regulator, DeoR family  31.65 
 
 		 257 aa  112  5e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0063  transcriptional regulator, DeoR family  30.99 
 
 		 253 aa  112  5e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.366513  normal  0.178311 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3382  DeoR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 263 aa  112  6e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2392  transcriptional regulator, DeoR family  29.41 
 
 		 253 aa  112  6e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3182  DeoR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 255 aa  112  7.000000000000001e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.457235  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3326  transcriptional regulator, DeoR family  29.29 
 
 		 257 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.0000140435  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0705  transcriptional regulator, DeoR family  30.16 
 
 		 255 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1140  galactitol utilization operon repressor  29.5 
 
 		 263 aa  111  2.0000000000000002e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.556636  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2979  transcriptional regulator, DeoR family  29.29 
 
 		 257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.50447  normal  0.977185 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0995  DeoR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 258 aa  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.775359  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>