More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2129 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_2129  transcriptional regulator, DeoR family  100 
 
 
255 aa  504  9.999999999999999e-143  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0932716  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2797  regulatory protein DeoR  83.92 
 
 
254 aa  426  1e-118  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3644  transcriptional regulator, DeoR family  47.62 
 
 
263 aa  211  1e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3530  transcriptional regulator, DeoR family  46.03 
 
 
263 aa  202  6e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.127721  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0146  transcriptional regulator, DeoR family  40.93 
 
 
250 aa  166  2e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000230525  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1701  DeoR family transcriptional regulator  40.08 
 
 
264 aa  164  2.0000000000000002e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.596529  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1716  transcriptional regulator, DeoR family  41.34 
 
 
252 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.467325  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0011  DeoR family transcriptional regulator  38.43 
 
 
258 aa  163  3e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000425621  unclonable  0.00000000668451 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3818  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  39.2 
 
 
258 aa  162  5.0000000000000005e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.892973  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3908  DeoR family transcriptional regulator  38.43 
 
 
267 aa  161  9e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00814425  normal  0.0123745 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0997  transcriptional regulator, DeoR family  36.96 
 
 
267 aa  160  2e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.566799 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0943  transcriptional repressor AgaR  36.36 
 
 
258 aa  159  5e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0995  DeoR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
258 aa  159  5e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.775359  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3377  DeoR-family regulatory protein  36.36 
 
 
258 aa  159  5e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.365901 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2392  transcriptional regulator, DeoR family  37.55 
 
 
253 aa  157  1e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3705  transcriptional regulator, DeoR family  36.25 
 
 
258 aa  157  1e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2577  DeoR family transcriptional regulator  35.86 
 
 
256 aa  155  4e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3849  DeoR family transcriptional regulator  36.25 
 
 
257 aa  154  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.697136 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0408  transcriptional regulator, DeoR family  35.69 
 
 
257 aa  154  1e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.237553  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2030  DeoR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
258 aa  154  2e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0642  DeoR family transcriptional regulator  36.78 
 
 
256 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000291189  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2807  DeoR family transcriptional regulator  35.8 
 
 
260 aa  152  5e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.807975  normal  0.355136 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0698  DeoR family transcriptional regulator  35.32 
 
 
266 aa  152  7e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000315133  hitchhiker  0.0000015046 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0842  transcriptional regulator, DeoR family  37.55 
 
 
254 aa  151  8.999999999999999e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000306507  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0131  DeoR family transcriptional regulator  38.85 
 
 
253 aa  150  1e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3377  transcriptional regulator, DeoR family  34.82 
 
 
257 aa  150  2e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2390  transcriptional regulator, DeoR family  36.86 
 
 
258 aa  149  5e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.248992  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0659  DeoR family transcriptional regulator  33.85 
 
 
288 aa  149  6e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0255217  normal  0.62024 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0890  transcriptional regulator, DeoR family  33.46 
 
 
260 aa  148  6e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.390832  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0575  DeoR family transcriptional regulator  40.08 
 
 
274 aa  148  8e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000140104  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1079  DeoR family transcriptional regulator  40.43 
 
 
251 aa  146  4.0000000000000006e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0712  transcriptional regulator, DeoR family  34.11 
 
 
258 aa  145  5e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0082  DeoR family transcriptional regulator  33.98 
 
 
255 aa  145  6e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0376166  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0091  DeoR family transcriptional regulator  33.98 
 
 
255 aa  145  6e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.316718  normal  0.0391482 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0072  DeoR family transcriptional regulator  33.98 
 
 
255 aa  145  6e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.314417  normal  0.278782 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3170  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  38.19 
 
 
257 aa  144  1e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2991  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  38.19 
 
 
257 aa  144  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02557  DNA-bindng transcriptional repressor  38.19 
 
 
257 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.632125  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0982  transcriptional regulator, DeoR family  38.19 
 
 
257 aa  144  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.015396  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02522  hypothetical protein  38.19 
 
 
257 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.810713  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2843  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  38.19 
 
 
257 aa  144  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1005  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  38.19 
 
 
257 aa  144  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0173868  hitchhiker  0.000000410448 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0478  DeoR family transcriptional regulator  32.56 
 
 
254 aa  142  6e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2177  transcriptional regulator, DeoR family  33.85 
 
 
253 aa  142  7e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0975605  hitchhiker  0.00125188 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0608  GntR family transcriptional regulator  31.66 
 
 
254 aa  140  9.999999999999999e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2830  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  37.8 
 
 
257 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000942539 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  37.8 
 
 
257 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5273  transcriptional regulator, DeoR family  36.22 
 
 
253 aa  139  3e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.408646  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5444  transcriptional regulator, DeoR family  34.25 
 
 
248 aa  139  3.9999999999999997e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3146  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  38.04 
 
 
257 aa  139  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.435865  normal  0.0282064 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3039  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  38.04 
 
 
257 aa  139  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00817735 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2988  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  38.04 
 
 
257 aa  139  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.192742  normal  0.0479774 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3023  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  38.04 
 
 
257 aa  139  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.471381  hitchhiker  0.00000157031 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1193  GlpR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
260 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14330  transcriptional regulator, DeoR family  32.57 
 
 
282 aa  138  1e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  37.65 
 
 
257 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3507  regulatory protein DeoR  33.2 
 
 
254 aa  136  4e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2660  transcriptional regulator, DeoR family  33.91 
 
 
254 aa  135  8e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.360297  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3457  DeoR family transcriptional regulator  36.12 
 
 
265 aa  134  9.999999999999999e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0252866 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0750  DeoR family transcriptional regulator  33.98 
 
 
259 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.6006 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4225  transcriptional regulator, DeoR family  37.14 
 
 
253 aa  132  3.9999999999999996e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.320526  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1854  regulatory protein, DeoR  32.34 
 
 
252 aa  132  6.999999999999999e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.0000517285  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3053  transcriptional regulator, DeoR family  33.33 
 
 
257 aa  132  6.999999999999999e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.538096  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02996  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.58 
 
 
269 aa  131  7.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4445  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  34.58 
 
 
269 aa  131  7.999999999999999e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0574  transcriptional regulator, DeoR family  34.58 
 
 
269 aa  131  7.999999999999999e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3321  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  34.58 
 
 
269 aa  131  7.999999999999999e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0569  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  34.58 
 
 
269 aa  131  7.999999999999999e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3428  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  34.58 
 
 
269 aa  131  7.999999999999999e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02947  hypothetical protein  34.58 
 
 
269 aa  131  7.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3611  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  34.58 
 
 
269 aa  131  9e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3571  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  33.46 
 
 
269 aa  130  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.557659 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2107  transcriptional regulator, DeoR family  33.21 
 
 
263 aa  130  2.0000000000000002e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.408646  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3309  transcriptional regulator, DeoR family  36.21 
 
 
260 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.006875  hitchhiker  0.00121126 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2724  DeoR family transcriptional regulator  36.56 
 
 
260 aa  130  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2850  transcriptional regulator, DeoR family  33.47 
 
 
262 aa  130  2.0000000000000002e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.115087  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7075  DeoR family transcriptional regulator  33.88 
 
 
253 aa  130  3e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0063  transcriptional regulator, DeoR family  35.02 
 
 
253 aa  129  3e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.366513  normal  0.178311 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4905  transcriptional regulator, DeoR family  31.4 
 
 
289 aa  129  3e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.23552  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1144  DeoR family transcriptional regulator  36.78 
 
 
277 aa  130  3e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.524884  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2500  transcriptional regulator, DeoR family  35.43 
 
 
253 aa  129  4.0000000000000003e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.134213  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0096  DeoR family transcriptional regulator  33.2 
 
 
259 aa  129  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.12978 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5344  transcriptional regulator, DeoR family  31.25 
 
 
290 aa  129  5.0000000000000004e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1187  DeoR family transcriptional regulator  31.75 
 
 
257 aa  128  7.000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0568  regulatory protein DeoR  34.58 
 
 
254 aa  128  7.000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.250668  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0618  transcriptional regulator, DeoR family  31.66 
 
 
266 aa  128  8.000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3128  transcriptional regulator, DeoR family  31.1 
 
 
255 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1872  transcriptional regulator, DeoR family  34.25 
 
 
252 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0191084  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2563  transcriptional regulator, DeoR family  32.48 
 
 
254 aa  127  2.0000000000000002e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.488958  normal  0.0207401 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1880  transcriptional regulator, DeoR family  32.41 
 
 
254 aa  127  2.0000000000000002e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7307  transcriptional regulator, DeoR family  32.17 
 
 
266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4851  DeoR family transcriptional regulator  37.34 
 
 
253 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00849976 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2385  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  33.61 
 
 
269 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1728  lactose transport regulator  36.36 
 
 
252 aa  127  2.0000000000000002e-28  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1862  DeoR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
252 aa  126  3e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.553225  hitchhiker  0.0000200167 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1994  DeoR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
252 aa  126  3e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3971  transcriptional regulator, DeoR family  33.59 
 
 
262 aa  126  3e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.229273  normal  0.573727 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01739  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.25 
 
 
252 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1854  DeoR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
252 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0330559  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01727  hypothetical protein  34.25 
 
 
252 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>