More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A4183 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011205  SeD_A4183  deoxyribose operon repressor  100 
 
 
261 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4075  deoxyribose operon repressor  99.62 
 
 
261 aa  534  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4125  deoxyribose operon repressor  100 
 
 
261 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4004  deoxyribose operon repressor  99.62 
 
 
261 aa  534  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4020  deoxyribose operon repressor  99.23 
 
 
261 aa  532  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2738  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  43.31 
 
 
254 aa  215  5.9999999999999996e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.41469  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2653  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  43.31 
 
 
254 aa  215  5.9999999999999996e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1555  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  43.31 
 
 
254 aa  215  5.9999999999999996e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1684  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  42.02 
 
 
257 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0187578  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1950  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  41.57 
 
 
257 aa  199  3e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000043929  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2394  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  41.63 
 
 
256 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1631  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  42.21 
 
 
280 aa  195  5.000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.411017  hitchhiker  0.00201461 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2294  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  39 
 
 
259 aa  183  3e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6903  DeoR family transcriptional regulator  38.22 
 
 
256 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.450292 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0867  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  38.82 
 
 
252 aa  180  2e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00807  DNA-binding transcriptional repressor  38.82 
 
 
252 aa  179  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2802  transcriptional regulator, DeoR family  38.82 
 
 
252 aa  179  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.262018  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0936  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  42.19 
 
 
252 aa  179  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0901  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  38.82 
 
 
252 aa  179  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.356535  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1542  DeoR family transcriptional regulator  37.6 
 
 
256 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.287434  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2802  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  38.82 
 
 
252 aa  179  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.966076 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6287  DeoR family transcriptional regulator  37.6 
 
 
256 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.353232 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00824  hypothetical protein  38.82 
 
 
252 aa  179  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0993  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  38.82 
 
 
252 aa  179  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.743994  normal  0.246087 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2505  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  38.82 
 
 
252 aa  179  4e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6947  DeoR family transcriptional regulator  37.6 
 
 
256 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0911  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  38.43 
 
 
252 aa  178  7e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0900  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  41.77 
 
 
252 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1016  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  41.77 
 
 
252 aa  176  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.135969  normal  0.413483 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0997  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  41.77 
 
 
252 aa  176  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.847712  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0968  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  41.35 
 
 
252 aa  175  7e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1331  DNA-binding transcriptional repressor DeoR  38.43 
 
 
252 aa  174  1.9999999999999998e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.134887 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4490  regulatory protein, DeoR  35.29 
 
 
254 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0747  deoxyribose operon repressor  37.04 
 
 
243 aa  170  2e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000421917  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2304  DeoR family transcriptional regulator  35.8 
 
 
259 aa  143  3e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2279  transcriptional regulator, DeoR family  32.77 
 
 
240 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.106736 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4660  DeoR family transcriptional regulator  32.62 
 
 
240 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.197228  normal  0.859763 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7829  DeoR family transcriptional regulator  31.12 
 
 
264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.246046  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1267  DeoR family transcriptional regulator  32.9 
 
 
241 aa  116  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.792859  normal  0.0802156 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1406  DeoR family transcriptional regulator  32.9 
 
 
241 aa  115  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.1589 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5189  transcriptional regulator, DeoR family  32.47 
 
 
241 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0035  transcriptional regulator, DeoR family  26.34 
 
 
264 aa  110  3e-23  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000906536  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2844  DeoR family transcriptional regulator  29.74 
 
 
235 aa  102  4e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.460481  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3464  DeoR family transcriptional regulator  28.02 
 
 
254 aa  99.4  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3731  DeoR family transcriptional regulator  28.02 
 
 
254 aa  99.4  6e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0832  DeoR family transcriptional regulator  28.27 
 
 
261 aa  99.4  6e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.707572  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4630  DeoR family transcriptional regulator  28.81 
 
 
251 aa  97.4  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.223622 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3356  hypothetical protein  28.7 
 
 
266 aa  95.9  5e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.23684 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2807  DeoR family transcriptional regulator  27.95 
 
 
260 aa  87.8  2e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.807975  normal  0.355136 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2390  transcriptional regulator, DeoR family  27.2 
 
 
258 aa  85.1  0.000000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.248992  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3705  transcriptional regulator, DeoR family  28.24 
 
 
258 aa  84  0.000000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3574  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  30.89 
 
 
257 aa  80.5  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0882  transcriptional regulator, DeoR family  23.92 
 
 
277 aa  77  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.262564  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0705  transcriptional regulator, DeoR family  23.51 
 
 
255 aa  75.5  0.0000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2651  transcriptional regulator, DeoR family  24.8 
 
 
250 aa  74.7  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1510  transcriptional regulator, DeoR family  27.11 
 
 
250 aa  73.9  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000196548  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1446  L-fucose operon activator  28.16 
 
 
250 aa  74.3  0.000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000392431  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1796  putative regulatory protein  21.59 
 
 
265 aa  73.6  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3746  DeoR family transcriptional regulator  25.44 
 
 
250 aa  73.6  0.000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.193634  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3464  DeoR family transcriptional regulator  25.44 
 
 
250 aa  73.6  0.000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.060448  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3484  DeoR family transcriptional regulator  25.88 
 
 
250 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3728  transcriptional regulator, DeoR family  25.44 
 
 
250 aa  73.6  0.000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0938200000000001e-23 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0146  transcriptional regulator, DeoR family  26.67 
 
 
250 aa  72.8  0.000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000230525  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1484  transcriptional regulator, DeoR family  25.44 
 
 
250 aa  72.4  0.000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.502368  normal  0.0131376 
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D07  lactose transport regulator  25.31 
 
 
255 aa  72.4  0.000000000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3818  transcriptional regulator, DeoR family  25 
 
 
250 aa  72  0.000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00596962  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5310  transcriptional regulator, DeoR family  25.61 
 
 
253 aa  72  0.000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2823  putative glucitol operon repressor  25.3 
 
 
254 aa  72.4  0.000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3773  DeoR family transcriptional regulator  25.2 
 
 
268 aa  72  0.000000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.933723  normal  0.169904 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2752  transcriptional regulator, DeoR family  27.71 
 
 
258 aa  72  0.000000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  24.9 
 
 
257 aa  71.2  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0940  putative DEOR-type transcriptional regulator  26.44 
 
 
275 aa  72  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000268196  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3565  DeoR family transcriptional regulator  25 
 
 
250 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3478  DeoR family transcriptional regulator  25 
 
 
250 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0418325  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3848  DeoR family transcriptional regulator  25 
 
 
250 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.002362  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1543  putative regulatory protein  21.15 
 
 
265 aa  70.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4020  transcriptional regulator, DeoR family  21.18 
 
 
255 aa  70.5  0.00000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00000000472549  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2396  DeoR family transcriptional regulator  26.13 
 
 
249 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.71278  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1732  putative regulatory protein  21.21 
 
 
265 aa  70.5  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.381864  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0698  DeoR family transcriptional regulator  24.9 
 
 
266 aa  70.5  0.00000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000315133  hitchhiker  0.0000015046 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3128  transcriptional regulator, DeoR family  24.3 
 
 
255 aa  70.5  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1724  putative regulatory protein  21.21 
 
 
265 aa  70.5  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.8346  normal  0.195936 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0712  transcriptional regulator, DeoR family  25.69 
 
 
258 aa  70.1  0.00000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04165  predicted DNA-binding transcriptional regulator  21.37 
 
 
260 aa  69.7  0.00000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2660  transcriptional regulator, DeoR family  27.35 
 
 
254 aa  69.7  0.00000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.360297  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7844  transcriptional regulator, DeoR family  25.64 
 
 
255 aa  69.7  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0958205  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3700  transcriptional regulator, DeoR family  21.37 
 
 
260 aa  69.7  0.00000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1936  lactose phosphotransferase system repressor  23.21 
 
 
258 aa  69.7  0.00000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.673749  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04127  hypothetical protein  21.37 
 
 
260 aa  69.7  0.00000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1167  transcriptional regulator, DeoR family  25.59 
 
 
256 aa  69.7  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1735  putative regulatory protein  21.59 
 
 
265 aa  69.3  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3264  DeoR family transcriptional regulator  25.2 
 
 
269 aa  68.9  0.00000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3397  DeoR family transcriptional regulator  25.2 
 
 
269 aa  68.9  0.00000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2761  transcriptional regulator, DeoR family  25.48 
 
 
257 aa  68.9  0.00000000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3769  transcriptional regulator, DeoR family  24.56 
 
 
250 aa  68.9  0.00000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000230388  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3170  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  24.52 
 
 
257 aa  68.9  0.00000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2991  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  24.52 
 
 
257 aa  68.9  0.00000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1187  DeoR family transcriptional regulator  22.94 
 
 
257 aa  68.9  0.00000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02557  DNA-bindng transcriptional repressor  24.52 
 
 
257 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.632125  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2843  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  24.52 
 
 
257 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>