More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1425 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012912  Dd1591_2223  extracellular solute-binding protein family 5  72.43 
 
 		 502 aa  709    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1825  extracellular solute-binding protein family 5  95.79 
 
 		 502 aa  975    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.778707  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2741  extracellular solute-binding protein  69.25 
 
 		 502 aa  642    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000265912 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1425  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 		 503 aa  1023    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4744  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1044  extracellular solute-binding protein family 5  65.45 
 
 		 496 aa  607  9.999999999999999e-173  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0364384  normal  0.362635 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4927  extracellular solute-binding protein family 5  63.6 
 
 		 495 aa  579  1e-164  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0283576  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0722  radical SAM domain-containing protein  26.57 
 
 		 522 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.597639 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  28.29 
 
 		 512 aa  145  1e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1284  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  26.2 
 
 		 545 aa  143  8e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000669385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2017  extracellular solute-binding protein  29.56 
 
 		 523 aa  138  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0245155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3678  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.68 
 
 		 525 aa  139  2e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0885273 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0645  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  25.9 
 
 		 524 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.2 
 
 		 520 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1341  extracellular solute-binding protein  29.65 
 
 		 500 aa  130  7.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  26.67 
 
 		 505 aa  129  9.000000000000001e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0015  extracellular solute-binding protein family 5  27.54 
 
 		 516 aa  128  3e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0145  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.66 
 
 		 521 aa  127  7e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0723  hypothetical protein  26.32 
 
 		 527 aa  124  4e-27  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.703564  normal  0.46015 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3706  extracellular solute-binding protein family 5  27.44 
 
 		 533 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0015  extracellular solute-binding protein family 5  26.74 
 
 		 516 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.406265  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0218  extracellular solute-binding protein  26.73 
 
 		 537 aa  119  9e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.219975  normal  0.837771 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3383  extracellular solute-binding protein family 5  26.98 
 
 		 533 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2405  extracellular solute-binding protein family 5  26.67 
 
 		 518 aa  119  1.9999999999999998e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  28.3 
 
 		 527 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 		 528 aa  117  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2619  extracellular solute-binding protein family 5  26.41 
 
 		 512 aa  118  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.181451  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0817  extracellular solute-binding protein  27.29 
 
 		 549 aa  118  3e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22663  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  28.44 
 
 		 535 aa  118  3e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1837  extracellular solute-binding protein family 5  26.04 
 
 		 532 aa  117  5e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.350378  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2532  extracellular solute-binding protein  26.37 
 
 		 535 aa  117  6e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384928 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  24.27 
 
 		 516 aa  116  8.999999999999998e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  28.12 
 
 		 510 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2161  extracellular solute-binding protein family 5  26.04 
 
 		 532 aa  116  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.283164 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5037  extracellular solute-binding protein  26.48 
 
 		 534 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4089  normal  0.963466 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0450  extracellular solute-binding protein family 5  23.06 
 
 		 519 aa  114  3e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.15126 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4474  extracellular solute-binding protein  26.19 
 
 		 538 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.225694 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  27.36 
 
 		 511 aa  114  5e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2870  periplasmic dipeptide transport protein  26.1 
 
 		 509 aa  114  6e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00619899  normal  0.837363 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3158  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 535 aa  113  7.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  25.33 
 
 		 528 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0453  4-phytase  25.75 
 
 		 526 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000132073  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  25.84 
 
 		 514 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5344  extracellular solute-binding protein family 5  27.06 
 
 		 506 aa  111  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.297716  normal  0.516905 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5416  extracellular solute-binding protein  26.06 
 
 		 534 aa  111  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.604179 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2006  transport binding transmembrane protein  25.27 
 
 		 528 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0028  extracellular solute-binding protein family 5  29.5 
 
 		 520 aa  110  6e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0183012 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  25.44 
 
 		 526 aa  110  7.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04510  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  25.46 
 
 		 551 aa  110  8.000000000000001e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.23612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  25.22 
 
 		 522 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5411  extracellular solute-binding protein family 5  26.27 
 
 		 506 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.253312  decreased coverage  0.00154474 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51940  extracellular solute-binding protein  27.6 
 
 		 510 aa  108  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000130332  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0360  extracellular solute-binding protein family 5  25.06 
 
 		 506 aa  106  8e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3809  extracellular solute-binding protein family 5  30.05 
 
 		 521 aa  106  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.36 
 
 		 510 aa  105  2e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0810  extracellular solute-binding protein  26.9 
 
 		 489 aa  105  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6297  extracellular solute-binding protein family 5  27.27 
 
 		 537 aa  105  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0790  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  27.7 
 
 		 554 aa  103  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245293  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5398  extracellular solute-binding protein family 5  30.08 
 
 		 506 aa  103  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0044  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.76 
 
 		 530 aa  103  6e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2388  extracellular solute-binding protein  27.14 
 
 		 522 aa  103  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  25.47 
 
 		 512 aa  102  1e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1091  extracellular solute-binding protein family 5  25.11 
 
 		 528 aa  102  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.264739  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2069  extracellular solute-binding protein family 5  27.54 
 
 		 518 aa  102  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3175  extracellular solute-binding protein family 5  26.04 
 
 		 554 aa  101  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000918408 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  27.29 
 
 		 534 aa  101  3e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1886  periplasmic dipeptide transport protein precursor  24.84 
 
 		 525 aa  101  4e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.91526 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1189  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 		 525 aa  101  4e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0440454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1847  extracellular solute-binding protein  27.39 
 
 		 526 aa  101  4e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.068039  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  26.17 
 
 		 502 aa  100  4e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1894  extracellular solute-binding protein  27.39 
 
 		 526 aa  101  4e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.567427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1828  extracellular solute-binding protein  27.39 
 
 		 526 aa  101  4e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1571  4-phytase  28.48 
 
 		 510 aa  99.4  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.624152  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3449  extracellular solute-binding protein family 5  27.47 
 
 		 515 aa  99.4  1e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.802426 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0182  ABC dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  26.82 
 
 		 542 aa  99.4  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2914  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 543 aa  99.8  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0391  extracellular solute-binding protein  27.09 
 
 		 522 aa  99.4  1e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0888  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  26.09 
 
 		 512 aa  99.4  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0558  extracellular solute-binding protein  25.4 
 
 		 561 aa  99  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.760139  hitchhiker  0.00152331 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3863  extracellular solute-binding protein family 5  27.4 
 
 		 523 aa  98.6  2e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00142419 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0161  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.88 
 
 		 529 aa  99  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3754  extracellular solute-binding protein family 5  26.67 
 
 		 542 aa  99  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.884226 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70200  putative binding protein component of ABC dipeptide transporter  26.5 
 
 		 526 aa  99  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6279  extracellular solute-binding protein family 5  31.45 
 
 		 512 aa  99  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.334528 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1950  extracellular solute-binding protein  34.07 
 
 		 506 aa  98.2  3e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.412794  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2595  putative extracellular solute-binding protein  28.22 
 
 		 507 aa  98.6  3e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00975919 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3985  extracellular solute-binding protein  26.23 
 
 		 499 aa  97.8  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0310  extracellular solute-binding protein family 5  26.74 
 
 		 509 aa  97.8  4e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0855  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  25.86 
 
 		 512 aa  97.4  5e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  25.75 
 
 		 532 aa  97.1  6e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0981  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  25.86 
 
 		 512 aa  96.7  8e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5706  extracellular solute-binding protein family 5  26.09 
 
 		 552 aa  96.7  8e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.47815 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2518  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  25.86 
 
 		 512 aa  96.7  8e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0901  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  25.86 
 
 		 512 aa  96.7  8e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3881  extracellular solute-binding protein  29.28 
 
 		 515 aa  97.1  8e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.441306  normal  0.0413131 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00797  predicted peptide transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  25.86 
 
 		 493 aa  95.9  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.719474  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7194  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  26.99 
 
 		 528 aa  96.3  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.169026  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  27.37 
 
 		 520 aa  95.9  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0936  extracellular solute-binding protein  24.84 
 
 		 526 aa  96.3  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2812  extracellular solute-binding protein family 5  25.8 
 
 		 512 aa  95.5  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.431185  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00814  hypothetical protein  25.8 
 
 		 512 aa  95.5  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.840204  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>