More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0145 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009456  VC0395_0145  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  100 
 
 
521 aa  1060    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2017  extracellular solute-binding protein  44.9 
 
 
523 aa  477  1e-133  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0245155  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51940  extracellular solute-binding protein  48.03 
 
 
510 aa  466  9.999999999999999e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000130332  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3809  extracellular solute-binding protein family 5  41.79 
 
 
521 aa  383  1e-105  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2069  extracellular solute-binding protein family 5  41.8 
 
 
518 aa  380  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2388  extracellular solute-binding protein  40.25 
 
 
522 aa  374  1e-102  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1341  extracellular solute-binding protein  39.79 
 
 
500 aa  365  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  29.79 
 
 
516 aa  243  6e-63  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  31.28 
 
 
512 aa  234  4.0000000000000004e-60  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0450  extracellular solute-binding protein family 5  28.46 
 
 
519 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.15126 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0645  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  28.6 
 
 
524 aa  194  4e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1284  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  28.45 
 
 
545 aa  193  8e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000669385  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2405  extracellular solute-binding protein family 5  26.72 
 
 
518 aa  185  2.0000000000000003e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0218  extracellular solute-binding protein  27.59 
 
 
537 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.219975  normal  0.837771 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0365  extracellular solute-binding protein family 5  26.72 
 
 
517 aa  160  8e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0337  extracellular solute-binding protein family 5  25.92 
 
 
521 aa  157  5.0000000000000005e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.05 
 
 
520 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3678  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.93 
 
 
525 aa  149  9e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0885273 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0722  radical SAM domain-containing protein  26.21 
 
 
522 aa  149  9e-35  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.597639 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0723  hypothetical protein  25.9 
 
 
527 aa  147  5e-34  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.703564  normal  0.46015 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1044  extracellular solute-binding protein family 5  28.66 
 
 
496 aa  143  6e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0364384  normal  0.362635 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  24.22 
 
 
524 aa  142  9.999999999999999e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2223  extracellular solute-binding protein family 5  30.64 
 
 
502 aa  137  6.0000000000000005e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0360  extracellular solute-binding protein family 5  25.11 
 
 
506 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0227  extracellular solute-binding protein  25.27 
 
 
470 aa  135  1.9999999999999998e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0221  extracellular solute-binding protein  25.27 
 
 
470 aa  135  1.9999999999999998e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1825  extracellular solute-binding protein family 5  29.09 
 
 
502 aa  134  5e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.778707  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1425  extracellular solute-binding protein family 5  28.88 
 
 
503 aa  134  5e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4744  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0240  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  26.16 
 
 
524 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3958  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  26.16 
 
 
524 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2542  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
521 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0150221  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3675  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  26.16 
 
 
524 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0239  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  26.16 
 
 
524 aa  132  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0790  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  26.59 
 
 
554 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245293  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3760  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  25.95 
 
 
524 aa  132  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4816  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  26.16 
 
 
524 aa  132  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0391  extracellular solute-binding protein  25.44 
 
 
522 aa  131  3e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03325  nickel transporter subunit  26.16 
 
 
524 aa  131  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2814  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  24.4 
 
 
521 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1277  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03278  hypothetical protein  26.16 
 
 
524 aa  131  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3175  extracellular solute-binding protein family 5  26.47 
 
 
554 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000918408 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3845  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  25.95 
 
 
524 aa  130  8.000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2595  putative extracellular solute-binding protein  26.69 
 
 
507 aa  129  2.0000000000000002e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00975919 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  24.62 
 
 
521 aa  128  3e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1994  ABC transporter, substrate-binding protein  25.87 
 
 
491 aa  127  4.0000000000000003e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  24.18 
 
 
521 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  24.18 
 
 
521 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  24.18 
 
 
521 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  24.18 
 
 
521 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0351  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  24.36 
 
 
532 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0558  extracellular solute-binding protein  25.66 
 
 
561 aa  127  5e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.760139  hitchhiker  0.00152331 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18790  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.37 
 
 
540 aa  127  6e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00232176  normal  0.206883 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1834  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  25.27 
 
 
523 aa  126  8.000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.250373  hitchhiker  0.0023879 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.25 
 
 
510 aa  126  8.000000000000001e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2372  peptide ABC transporter, peptide-binding protein  25.16 
 
 
532 aa  125  1e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2741  extracellular solute-binding protein  30.96 
 
 
502 aa  126  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000265912 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7613  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  24.14 
 
 
526 aa  125  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1032  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  25.5 
 
 
544 aa  124  4e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000591223  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  24.78 
 
 
505 aa  124  5e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  26.99 
 
 
519 aa  123  8e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  23.62 
 
 
532 aa  123  8e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0804  nickel ABC transporter, nickel-binding protein, putative  25.52 
 
 
526 aa  122  9.999999999999999e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0754  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  25.52 
 
 
526 aa  122  9.999999999999999e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04510  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  24.51 
 
 
551 aa  123  9.999999999999999e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.23612  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2648  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
524 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1321  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  22.57 
 
 
513 aa  121  3.9999999999999996e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000477414  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  23.12 
 
 
520 aa  121  3.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2920  extracellular solute-binding protein family 5  25 
 
 
515 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2033  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  23.9 
 
 
530 aa  119  9.999999999999999e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  26.01 
 
 
531 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0062  ABC nickel transporter, periplasmic ligand binding protein  26.78 
 
 
511 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0910  extracellular solute-binding protein  24.15 
 
 
555 aa  116  1.0000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.463169  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3479  extracellular solute-binding protein  26.1 
 
 
546 aa  115  3e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.116614  normal  0.0951056 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0370  extracellular solute-binding protein  27.16 
 
 
497 aa  114  3e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.735975  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0273  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  24.95 
 
 
525 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2494  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  24.86 
 
 
532 aa  114  5e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0259695  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2543  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  24.86 
 
 
532 aa  114  5e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0657942  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2078  extracellular solute-binding protein  25.29 
 
 
550 aa  114  6e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0155484  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1749  extracellular solute-binding protein family 5  24.72 
 
 
538 aa  114  6e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.483604  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0044  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.53 
 
 
530 aa  113  7.000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2402  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  25.16 
 
 
538 aa  113  8.000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01870  hypothetical protein  26.65 
 
 
539 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0473  nickel ABC transporter, solute-binding protein  23.74 
 
 
538 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6297  extracellular solute-binding protein family 5  26.43 
 
 
537 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346111  normal 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1771  extracellular solute-binding protein family 5  28.9 
 
 
547 aa  111  3e-23  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003816  peptide transport periplasmic protein SapA  26.56 
 
 
539 aa  111  3e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  25.05 
 
 
510 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2645  4-phytase  24.46 
 
 
532 aa  110  4.0000000000000004e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.292677  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4912  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  23.64 
 
 
535 aa  110  7.000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3863  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  23.64 
 
 
535 aa  110  8.000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4927  extracellular solute-binding protein family 5  28.29 
 
 
495 aa  110  8.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0283576  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03395  dipeptide transporter  23.64 
 
 
535 aa  109  1e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4037  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  23.64 
 
 
535 aa  109  1e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03346  hypothetical protein  23.64 
 
 
535 aa  109  1e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0184  extracellular solute-binding protein  23.33 
 
 
535 aa  109  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.507506 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0171  4-phytase  23.64 
 
 
535 aa  109  1e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  24.88 
 
 
508 aa  109  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2056  periplasmic dipeptide transport protein precursor  25.64 
 
 
532 aa  109  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.184376  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3744  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  23.64 
 
 
535 aa  109  1e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0689  extracellular solute-binding protein family 5  29.51 
 
 
544 aa  109  1e-22  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>