More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_3229 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_3229  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 408 aa  847    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.712082  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1496  extracellular solute-binding protein family 1  38.46 
 
 		 401 aa  259  4e-68  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7093  extracellular solute-binding protein family 1  38.81 
 
 		 432 aa  245  8e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.069875  normal  0.148592 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4278  extracellular solute-binding protein family 1  37.08 
 
 		 389 aa  226  5.0000000000000005e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0915  extracellular solute-binding protein family 1  33.58 
 
 		 407 aa  223  6e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1882  Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  34.23 
 
 		 413 aa  219  6e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1010  extracellular solute-binding protein family 1  34.47 
 
 		 419 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.227353 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0022  extracellular solute-binding protein  35.05 
 
 		 417 aa  210  4e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.68503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3137  extracellular solute-binding protein  33.61 
 
 		 393 aa  209  7e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.713269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2605  extracellular solute-binding protein  31.97 
 
 		 396 aa  202  9.999999999999999e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.111757  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2566  twin-arginine translocation pathway signal  31.97 
 
 		 396 aa  201  9.999999999999999e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2611  extracellular solute-binding protein  31.97 
 
 		 396 aa  201  9.999999999999999e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.768707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3388  extracellular solute-binding protein  32.64 
 
 		 393 aa  197  3e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645484 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1283  twin-arginine translocation pathway signal  33.9 
 
 		 420 aa  187  3e-46  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00667141  normal  0.645291 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3395  extracellular solute-binding protein family 1  31.02 
 
 		 416 aa  181  2e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0281  putative polyamine-binding lipoprotein  31.11 
 
 		 412 aa  164  4.0000000000000004e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.565719  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  28.39 
 
 		 363 aa  130  3e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3673  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  31.63 
 
 		 348 aa  125  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  29.34 
 
 		 360 aa  124  3e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0310  extracellular solute-binding protein  28.76 
 
 		 364 aa  124  4e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  28.1 
 
 		 360 aa  120  6e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1643  extracellular solute-binding protein  29.97 
 
 		 357 aa  119  7e-26  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1108  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  31.45 
 
 		 357 aa  117  3e-25  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0163  extracellular solute-binding protein  29.2 
 
 		 365 aa  116  7.999999999999999e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0892  extracellular solute-binding protein family 1  27.65 
 
 		 350 aa  116  8.999999999999998e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.388428  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1289  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  26.08 
 
 		 357 aa  116  8.999999999999998e-25  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000830378  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0633  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  28.27 
 
 		 363 aa  115  1.0000000000000001e-24  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.176739  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1551  extracellular solute-binding protein  28.7 
 
 		 363 aa  115  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161993  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1927  extracellular solute-binding protein family 1  28.52 
 
 		 341 aa  114  4.0000000000000004e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.96322  hitchhiker  0.000000194914 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0894  extracellular solute-binding protein  26.74 
 
 		 370 aa  113  6e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  29.15 
 
 		 357 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  30.43 
 
 		 357 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2816  extracellular solute-binding protein  27.12 
 
 		 354 aa  112  2.0000000000000002e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.293576  normal  0.888288 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1493  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  27.95 
 
 		 355 aa  112  2.0000000000000002e-23  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0784207  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1957  extracellular solute-binding protein family 1  29.05 
 
 		 358 aa  111  3e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5897  extracellular solute-binding protein family 1  29.86 
 
 		 383 aa  110  3e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2990  extracellular solute-binding protein  27.17 
 
 		 371 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.840275  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  27.59 
 
 		 374 aa  110  4.0000000000000004e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2867  extracellular solute-binding protein  29.62 
 
 		 345 aa  109  9.000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2404  extracellular solute-binding protein family 1  29.84 
 
 		 342 aa  109  1e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1556  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  28.92 
 
 		 367 aa  108  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3928  extracellular solute-binding protein  29.67 
 
 		 367 aa  108  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2905  extracellular solute-binding protein  26.11 
 
 		 371 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1584  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  27.91 
 
 		 347 aa  108  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00366918  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1193  extracellular solute-binding protein  27.4 
 
 		 355 aa  107  3e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00611018  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3043  extracellular solute-binding protein  26.11 
 
 		 371 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6345  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  27.79 
 
 		 372 aa  107  5e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0375  extracellular solute-binding protein family 1  26.89 
 
 		 365 aa  106  8e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00751674  decreased coverage  0.000421612 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1501  extracellular solute-binding protein  27.61 
 
 		 371 aa  106  8e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1221  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 359 aa  106  8e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1612  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  28.68 
 
 		 367 aa  106  9e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.875795  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01121  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.59 
 
 		 348 aa  105  1e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2524  extracellular solute-binding protein family 1  27.59 
 
 		 348 aa  105  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00059946  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0689  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.82 
 
 		 357 aa  105  1e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2003  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.59 
 
 		 348 aa  105  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.59191 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2480  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.59 
 
 		 348 aa  105  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199988  normal  0.415461 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2225  extracellular solute-binding protein family 1  27.81 
 
 		 371 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1243  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.59 
 
 		 348 aa  105  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0566185  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01129  hypothetical protein  27.59 
 
 		 348 aa  105  1e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  26.9 
 
 		 348 aa  105  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02285  hypothetical protein  27.49 
 
 		 345 aa  105  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1846  extracellular solute-binding protein family 1  29.82 
 
 		 342 aa  105  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0748296  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1287  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  26.59 
 
 		 355 aa  104  2e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.180605  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1246  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.59 
 
 		 348 aa  104  3e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.178471  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2202  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.59 
 
 		 348 aa  104  3e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  28.88 
 
 		 366 aa  103  4e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1162  extracellular solute-binding protein  27.7 
 
 		 357 aa  103  4e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.227001  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1184  extracellular solute-binding protein  27.7 
 
 		 357 aa  103  4e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000549625  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1299  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.1 
 
 		 348 aa  103  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2146  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.1 
 
 		 348 aa  103  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00543395 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1322  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.1 
 
 		 348 aa  103  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0110419 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1962  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.1 
 
 		 348 aa  103  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3929  family 1 extracellular solute-binding protein  25.45 
 
 		 363 aa  103  6e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.156398  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1064  extracellular solute-binding protein  27.01 
 
 		 374 aa  103  7e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000691325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1501  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.59 
 
 		 348 aa  103  7e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00187951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2583  extracellular solute-binding protein family 1  25.2 
 
 		 349 aa  103  7e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000231381  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  25.97 
 
 		 350 aa  103  7e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0910  extracellular solute-binding protein  27.99 
 
 		 360 aa  102  8e-21  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2302  extracellular solute-binding protein  25.78 
 
 		 360 aa  102  9e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1018  extracellular solute-binding protein  25.44 
 
 		 369 aa  102  9e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2996  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 		 371 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.625226  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3031  extracellular solute-binding protein  27.69 
 
 		 366 aa  102  1e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000047309  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2382  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 		 371 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.721841  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1337  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.22 
 
 		 348 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0644011 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1145  hypothetical protein  27.03 
 
 		 340 aa  101  2e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1241  extracellular solute-binding protein  26.13 
 
 		 371 aa  101  2e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.447743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3516  putrescine ABC transporter, periplasmic binding protein  25.48 
 
 		 368 aa  102  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0677178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0844  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  27.53 
 
 		 356 aa  101  2e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1226  extracellular solute-binding protein family 1  27.93 
 
 		 359 aa  100  3e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000135939  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1140  hypothetical protein  27.03 
 
 		 340 aa  101  3e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5404  extracellular solute-binding protein  25.75 
 
 		 375 aa  101  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000245963 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2105  extracellular solute-binding protein  25.91 
 
 		 371 aa  101  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.681994 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5362  extracellular solute-binding protein family 1  27.55 
 
 		 366 aa  101  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.142467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6065  extracellular solute-binding protein  28.07 
 
 		 373 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3015  extracellular solute-binding protein  29.73 
 
 		 371 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.946307  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1859  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.33 
 
 		 347 aa  100  4e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.112661  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003485  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  26.28 
 
 		 345 aa  100  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00749522  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2144  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.54 
 
 		 347 aa  100  5e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2082  extracellular solute-binding protein  27.46 
 
 		 370 aa  100  5e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.472813  normal  0.985512 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1903  polyamine ABC transporter system, substrate-binding protein  29.71 
 
 		 376 aa  100  5e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0765034  normal  0.376204 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>