More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mvan_3388 on replicon NC_008726
Organism: Mycobacterium vanbaalenii PYR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009338  Mflv_3137  extracellular solute-binding protein  88.58 
 
 
393 aa  702    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.713269  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3388  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
393 aa  802    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.645484 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2605  extracellular solute-binding protein  78.88 
 
 
396 aa  599  1e-170  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.111757  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2611  extracellular solute-binding protein  78.63 
 
 
396 aa  597  1e-170  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.768707  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2566  twin-arginine translocation pathway signal  78.63 
 
 
396 aa  597  1e-170  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0915  extracellular solute-binding protein family 1  39.27 
 
 
407 aa  284  2.0000000000000002e-75  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4278  extracellular solute-binding protein family 1  39.74 
 
 
389 aa  283  3.0000000000000004e-75  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1496  extracellular solute-binding protein family 1  34.37 
 
 
401 aa  219  5e-56  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3229  extracellular solute-binding protein  32.3 
 
 
408 aa  211  2e-53  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.712082  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0281  putative polyamine-binding lipoprotein  33.5 
 
 
412 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.565719  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3395  extracellular solute-binding protein family 1  33.62 
 
 
416 aa  196  5.000000000000001e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7093  extracellular solute-binding protein family 1  33.12 
 
 
432 aa  192  1e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.069875  normal  0.148592 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0022  extracellular solute-binding protein  31.68 
 
 
417 aa  191  2e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.68503  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1010  extracellular solute-binding protein family 1  33.9 
 
 
419 aa  191  2.9999999999999997e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.227353 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1882  Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  31.99 
 
 
413 aa  188  2e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1283  twin-arginine translocation pathway signal  28.12 
 
 
420 aa  155  1e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00667141  normal  0.645291 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1221  extracellular solute-binding protein family 1  29.09 
 
 
359 aa  151  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2816  extracellular solute-binding protein  27.61 
 
 
354 aa  150  3e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.293576  normal  0.888288 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1551  extracellular solute-binding protein  29.08 
 
 
363 aa  150  5e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161993  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3951  extracellular solute-binding protein  28.81 
 
 
366 aa  147  4.0000000000000006e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0469175  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0747  extracellular solute-binding protein  28.87 
 
 
354 aa  145  1e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.389252  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1643  extracellular solute-binding protein  28.12 
 
 
357 aa  142  9.999999999999999e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1117  extracellular solute-binding protein  28.49 
 
 
368 aa  138  2e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.661593  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1160  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  26.15 
 
 
361 aa  137  3.0000000000000003e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000302553  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2583  extracellular solute-binding protein family 1  26.79 
 
 
349 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000231381  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  30.34 
 
 
357 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0892  extracellular solute-binding protein family 1  23.99 
 
 
350 aa  133  6e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.388428  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5897  extracellular solute-binding protein family 1  29.64 
 
 
383 aa  131  2.0000000000000002e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0132  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  27.1 
 
 
343 aa  131  3e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  29.11 
 
 
357 aa  129  6e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1064  extracellular solute-binding protein  29.2 
 
 
374 aa  129  1.0000000000000001e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000691325  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1927  extracellular solute-binding protein family 1  27.16 
 
 
341 aa  127  4.0000000000000003e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.96322  hitchhiker  0.000000194914 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2837  extracellular solute-binding protein  29.28 
 
 
396 aa  126  6e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000153831  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1226  extracellular solute-binding protein family 1  25.98 
 
 
359 aa  126  6e-28  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000135939  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1645  extracellular solute-binding protein  29.28 
 
 
396 aa  126  7e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.222493  normal  0.608221 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1064  extracellular solute-binding protein  28.81 
 
 
373 aa  125  9e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1888  extracellular solute-binding protein family 1  26.13 
 
 
357 aa  124  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1289  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  25.27 
 
 
357 aa  124  2e-27  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000830378  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0910  extracellular solute-binding protein  29.64 
 
 
360 aa  124  3e-27  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.66 
 
 
360 aa  123  6e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  26.88 
 
 
374 aa  122  8e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  24.66 
 
 
360 aa  122  8e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0894  extracellular solute-binding protein  24.18 
 
 
370 aa  122  9.999999999999999e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0194  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  26.28 
 
 
359 aa  122  9.999999999999999e-27  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0344  extracellular solute-binding protein  29.57 
 
 
365 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.574749 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2406  extracellular solute-binding protein family 1  29.1 
 
 
342 aa  121  1.9999999999999998e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  25.31 
 
 
363 aa  120  3e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  29.24 
 
 
366 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1751  extracellular solute-binding protein  27.91 
 
 
364 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6328  extracellular solute-binding protein  27.91 
 
 
364 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.545502  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1767  extracellular solute-binding protein  27.91 
 
 
364 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910155  normal  0.511303 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1672  extracellular solute-binding protein  27.62 
 
 
364 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0285778  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1108  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  27.66 
 
 
357 aa  118  1.9999999999999998e-25  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5050  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  27.91 
 
 
364 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.388938  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3673  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  28.46 
 
 
348 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1264  transcription factor jumonji, JmjC  29.06 
 
 
366 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1493  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  26.17 
 
 
355 aa  118  1.9999999999999998e-25  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0784207  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1341  extracellular solute-binding protein family 1  25.85 
 
 
369 aa  117  3.9999999999999997e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  24.66 
 
 
350 aa  117  5e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1287  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  26.09 
 
 
355 aa  116  6.9999999999999995e-25  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.180605  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1692  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.9 
 
 
369 aa  116  7.999999999999999e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  27.81 
 
 
366 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1948  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  29.85 
 
 
373 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1270  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  27.73 
 
 
367 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  27.81 
 
 
366 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1509  extracellular solute-binding protein  27.62 
 
 
364 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.168578 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1675  extracellular solute-binding protein  27.62 
 
 
364 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.271241  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0689  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  27.56 
 
 
357 aa  115  2.0000000000000002e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  27.81 
 
 
366 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1958  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  29.36 
 
 
369 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  30.18 
 
 
369 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6345  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  29.17 
 
 
372 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3043  extracellular solute-binding protein  30.06 
 
 
371 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2905  extracellular solute-binding protein  29.78 
 
 
371 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2300  extracellular solute-binding protein family 1  23.94 
 
 
400 aa  114  4.0000000000000004e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1035  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  26.4 
 
 
345 aa  114  4.0000000000000004e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000879227  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 
387 aa  113  5e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2918  extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 
387 aa  113  5e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000482793  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0634  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  30.34 
 
 
406 aa  113  6e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.820893  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0726  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  30.34 
 
 
409 aa  113  6e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3000  extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 
387 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00190221  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5241  extracellular solute-binding protein  30.25 
 
 
365 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1199  extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 
366 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000384833  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.32 
 
 
369 aa  112  9e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0633  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  25.53 
 
 
363 aa  112  9e-24  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.176739  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5088  extracellular solute-binding protein  29.63 
 
 
365 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.781791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5181  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  29.63 
 
 
365 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1846  extracellular solute-binding protein family 1  27.97 
 
 
342 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0748296  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2020  putrescine ABC transport system, binding exported protein  30.34 
 
 
373 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48760  Polyamine transporter periplasmic protein PotF  29.54 
 
 
371 aa  112  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2123  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  28.12 
 
 
364 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.44987  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2179  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  28.12 
 
 
364 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2310  putrescine-binding periplasmic protein precursor  28.12 
 
 
364 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2404  extracellular solute-binding protein family 1  27.96 
 
 
342 aa  111  2.0000000000000002e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2309  extracellular solute-binding protein family 1  26.36 
 
 
366 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103433  normal  0.0970832 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.59 
 
 
369 aa  111  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0561958 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2276  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  28.44 
 
 
364 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.327871  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3031  extracellular solute-binding protein  26.92 
 
 
366 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000047309  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  26.1 
 
 
345 aa  110  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1058  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  27.81 
 
 
484 aa  111  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.363669  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>