More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_1589 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011761  AFE_1914  DNA polymerase III, delta prime subunit  100 
 
 		 333 aa  663    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1589  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 333 aa  663    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0776499 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1995  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.77 
 
 		 335 aa  138  2e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  32.57 
 
 		 321 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.69 
 
 		 331 aa  130  4.0000000000000003e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  33.99 
 
 		 319 aa  129  5.0000000000000004e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  33.33 
 
 		 319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1659  DNA polymerase III subunit delta'  31.87 
 
 		 337 aa  125  1e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0356982  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.34 
 
 		 337 aa  125  1e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1601  DNA polymerase III subunit delta'  39.9 
 
 		 324 aa  124  3e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.482029  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1785  DNA polymerase III subunit delta'  34.27 
 
 		 336 aa  119  7.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193634  normal  0.229083 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  42.42 
 
 		 323 aa  119  7.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2116  DNA-directed DNA polymerase  37.63 
 
 		 300 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.113627  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  38.2 
 
 		 321 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.04 
 
 		 320 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  42.5 
 
 		 304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  33.44 
 
 		 328 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.76 
 
 		 328 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003002  DNA polymerase III delta prime subunit  33.94 
 
 		 320 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1391  DNA-directed DNA polymerase  30.36 
 
 		 374 aa  110  3e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000825197 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1465  DNA polymerase III subunit delta'  34.69 
 
 		 336 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.186588  normal  0.0136368 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2246  putative DNA polymerase III, delta' subunit  40.96 
 
 		 323 aa  110  4.0000000000000004e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.214803  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.47 
 
 		 339 aa  108  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1424  DNA polymerase III subunit delta'  34.18 
 
 		 336 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1801  DNA polymerase III subunit delta'  33.33 
 
 		 342 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.500907  normal  0.955081 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1829  DNA polymerase III subunit delta'  33.33 
 
 		 342 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.15 
 
 		 331 aa  108  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  32.91 
 
 		 328 aa  105  9e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  32.87 
 
 		 328 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  31.21 
 
 		 328 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0027  DNA polymerase III subunit delta'  28.27 
 
 		 337 aa  105  1e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  33.1 
 
 		 328 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  34.39 
 
 		 328 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02329  DNA polymerase III subunit delta  36.18 
 
 		 295 aa  104  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1382  DNA polymerase III subunit delta'  33.03 
 
 		 342 aa  103  5e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  31.91 
 
 		 328 aa  103  6e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02902  DNA polymerase III subunit delta'  33.03 
 
 		 320 aa  102  9e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  34.2 
 
 		 330 aa  102  9e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.72 
 
 		 324 aa  101  2e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2571  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.58 
 
 		 318 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.196352  normal  0.086607 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  32.85 
 
 		 328 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1940  DNA polymerase III subunit delta'  32.13 
 
 		 344 aa  100  5e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.990114  normal  0.368252 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1065  DNA-directed DNA polymerase  30.06 
 
 		 372 aa  100  5e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.910858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.42 
 
 		 318 aa  99.8  6e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.135157  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1580  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.75 
 
 		 304 aa  99.8  6e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.989268  normal  0.574364 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1252  DNA-directed DNA polymerase  40 
 
 		 324 aa  99.8  6e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.83429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1574  DNA-directed DNA polymerase  37.11 
 
 		 343 aa  99  9e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1893  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.58 
 
 		 318 aa  99.4  9e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0485573 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2612  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.49 
 
 		 318 aa  99  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2458  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.58 
 
 		 318 aa  98.6  1e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.022565  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.14 
 
 		 332 aa  98.2  2e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.33 
 
 		 334 aa  98.2  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6187  DNA polymerase III subunit delta'  35.93 
 
 		 342 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.557746  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1892  DNA polymerase III subunit delta'  35.93 
 
 		 342 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700458  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1915  DNA polymerase III subunit delta'  35.93 
 
 		 342 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0504294 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.39 
 
 		 335 aa  97.4  3e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1662  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.49 
 
 		 318 aa  97.4  3e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1737  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.49 
 
 		 318 aa  97.1  4e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.595933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1767  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.49 
 
 		 318 aa  97.1  4e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  normal  0.672365 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  35.32 
 
 		 327 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5192  DNA polymerase III subunit delta'  35.33 
 
 		 342 aa  96.3  6e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.225605 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1583  DNA polymerase III subunit delta'  30.69 
 
 		 323 aa  96.3  6e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0104741  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1640  DNA polymerase III subunit delta'  30.69 
 
 		 330 aa  95.1  1e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.36 
 
 		 326 aa  95.1  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2213  DNA polymerase III, delta prime subunit  40 
 
 		 318 aa  95.5  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1313  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.69 
 
 		 366 aa  94.7  2e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.93 
 
 		 327 aa  94.4  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1435  DNA polymerase III subunit delta'  31.87 
 
 		 337 aa  94  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3389  DNA-directed DNA polymerase  35.45 
 
 		 349 aa  93.2  5e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.927863  normal  0.0484045 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.59 
 
 		 323 aa  92.4  8e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1095  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.35 
 
 		 342 aa  92.8  8e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.296498  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0515  DNA-directed DNA polymerase  26.28 
 
 		 320 aa  92  1e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0983279  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0878  DNA polymerase III subunit delta'  34.29 
 
 		 318 aa  92  1e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2266  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.86 
 
 		 312 aa  92.4  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.727593  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0884  DNA-directed DNA polymerase  29.8 
 
 		 373 aa  92.4  1e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.772568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0965  DNA-directed DNA polymerase  29.35 
 
 		 377 aa  91.7  1e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.824295  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1574  DNA polymerase III subunit delta'  31.31 
 
 		 287 aa  91.7  2e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0093  DNA polymerase III subunit delta'  27.44 
 
 		 326 aa  91.7  2e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1879  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.73 
 
 		 360 aa  91.3  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0526572 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0527  DNA polymerase III subunit delta'  34.16 
 
 		 291 aa  91.3  2e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0043  DNA-directed DNA polymerase  44.34 
 
 		 284 aa  90.5  3e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000856784 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1924  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.3 
 
 		 305 aa  90.5  3e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1386  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.7 
 
 		 368 aa  90.1  4e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.128473  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.91 
 
 		 335 aa  90.5  4e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1912  DNA polymerase III subunit delta'  47 
 
 		 335 aa  90.1  5e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000735581  hitchhiker  0.00000697955 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0030  DNA polymerase III subunit delta'  27.27 
 
 		 327 aa  89.7  6e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.454552  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0028  DNA polymerase III subunit delta'  27.27 
 
 		 327 aa  89.7  6e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0374  DNA replication ATPase  37.29 
 
 		 285 aa  89.7  7e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.885704  hitchhiker  0.00000094265 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.03 
 
 		 358 aa  89  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1593  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.46 
 
 		 336 aa  89  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273592  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.46 
 
 		 351 aa  88.2  2e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2647  DNA-directed DNA polymerase  42.61 
 
 		 304 aa  88.2  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.11798 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0036  DNA polymerase III subunit delta'  26.86 
 
 		 327 aa  87.8  2e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1584  DNA polymerase III subunit delta'  42.37 
 
 		 340 aa  88.2  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000282591  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1692  DNA polymerase III subunit delta'  42.37 
 
 		 340 aa  88.2  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0197649  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0026  DNA polymerase III subunit delta'  27.01 
 
 		 327 aa  88.2  2e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1718  DNA-directed DNA polymerase  35.78 
 
 		 331 aa  87.8  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1679 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1859  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.24 
 
 		 357 aa  87.4  3e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.276921 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2303  DNA polymerase III, delta prime subunit  42.42 
 
 		 331 aa  87.4  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1351  hypothetical protein  34.19 
 
 		 301 aa  87.4  3e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>