More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0504 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0504  preprotein translocase subunit SecF  100 
 
 		 313 aa  622  1e-177  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.300197  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2616  preprotein translocase subunit SecF  64.53 
 
 		 302 aa  395  1e-109  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0855  preprotein translocase subunit SecF  65.2 
 
 		 302 aa  391  1e-108  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2432  preprotein translocase subunit SecF  64.6 
 
 		 301 aa  388  1e-107  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.604218  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1785  preprotein translocase subunit SecF  63.92 
 
 		 301 aa  387  1e-106  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00817769 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1719  preprotein translocase subunit SecF  65.03 
 
 		 302 aa  378  1e-104  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1797  preprotein translocase subunit SecF  60.61 
 
 		 307 aa  380  1e-104  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2008  preprotein translocase subunit SecF  62.63 
 
 		 313 aa  352  4e-96  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1891  preprotein translocase subunit SecF  39.73 
 
 		 307 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000401903  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3464  protein-export membrane protein SecD  39.38 
 
 		 849 aa  204  1e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.068989  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12250  protein-export membrane protein SecF  39.29 
 
 		 286 aa  201  9.999999999999999e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000312155  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2056  protein-export membrane protein SecF  40.2 
 
 		 337 aa  200  3e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.880378  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1714  protein-export membrane protein SecF  40.2 
 
 		 316 aa  199  3.9999999999999996e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.611616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1002  protein-export membrane protein SecF  38.31 
 
 		 319 aa  191  1e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0562  protein-export membrane protein SecF  38.75 
 
 		 321 aa  190  2.9999999999999997e-47  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0682  protein-export membrane protein SecF  32.74 
 
 		 357 aa  187  1e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0072  preprotein translocase subunit SecF  37.37 
 
 		 323 aa  187  2e-46  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1289  preprotein translocase subunit SecF  38.08 
 
 		 304 aa  187  3e-46  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000106623  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1238  preprotein translocase subunit SecF  38.08 
 
 		 304 aa  187  3e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.132934  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2065  preprotein translocase subunit SecF  36.39 
 
 		 313 aa  186  6e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3211  protein translocase subunit secF  37.38 
 
 		 311 aa  185  8e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2349  preprotein translocase subunit SecF  38.36 
 
 		 312 aa  185  1.0000000000000001e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4310  protein-export membrane protein SecF  36.64 
 
 		 357 aa  183  3e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1770  protein-export membrane protein SecF  35.03 
 
 		 307 aa  183  4.0000000000000006e-45  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0708  preprotein translocase subunit SecF  35.52 
 
 		 323 aa  182  6e-45  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1330  SecF protein  35.95 
 
 		 338 aa  182  8.000000000000001e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0105179  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1342  preprotein translocase subunit SecF  33.63 
 
 		 362 aa  181  2e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0507667  normal  0.548062 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0008  preprotein translocase subunit SecF  38.51 
 
 		 311 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.748405  normal  0.104556 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2856  protein-export membrane protein SecF  37.29 
 
 		 318 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.114618 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2644  protein-export membrane protein SecF  35.64 
 
 		 304 aa  178  9e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0946476  hitchhiker  0.00035144 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1424  preprotein translocase subunit SecF  35.84 
 
 		 280 aa  178  9e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000449698  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0027  preprotein translocase subunit SecF  38.05 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1620  protein-export membrane protein SecF  35.25 
 
 		 323 aa  176  3e-43  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0997  preprotein translocase subunit SecF  36 
 
 		 322 aa  176  3e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3037  protein-export membrane protein SecF  37.33 
 
 		 316 aa  176  3e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1324  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.91 
 
 		 845 aa  176  4e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0375911  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2836  protein translocase subunit secF  33.68 
 
 		 302 aa  175  8e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0113  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.05 
 
 		 991 aa  174  9.999999999999999e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.758548 
 
 
-
 
NC_004310  BR0891  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39.36 
 
 		 785 aa  174  1.9999999999999998e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.983907  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0887  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39.36 
 
 		 785 aa  174  1.9999999999999998e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1904  protein-export membrane protein SecF  36.33 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1115  protein-export membrane protein SecF  38.61 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3110  preprotein translocase subunit SecF  37.14 
 
 		 315 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0012  preprotein translocase subunit SecF  39.19 
 
 		 308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000296376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1231  protein-export membrane protein SecF  34.54 
 
 		 313 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0282245  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1284  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.76 
 
 		 844 aa  174  2.9999999999999996e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0878  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.79 
 
 		 834 aa  172  5.999999999999999e-42  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.335263  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1860  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.91 
 
 		 844 aa  172  6.999999999999999e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1219  preprotein translocase subunit SecF  36.75 
 
 		 314 aa  172  6.999999999999999e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.417925 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0847  protein-export membrane protein SecF  33.91 
 
 		 359 aa  172  7.999999999999999e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0561071  normal  0.116765 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1928  preprotein translocase subunit SecF  32.74 
 
 		 367 aa  172  7.999999999999999e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0013  preprotein translocase subunit SecF  38.59 
 
 		 309 aa  172  9e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245212 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2336  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.4 
 
 		 759 aa  172  9e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.217617  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1454  protein-export membrane protein SecF  37.97 
 
 		 308 aa  172  1e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0298464  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1123  preprotein translocase subunit SecF  34.78 
 
 		 315 aa  171  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1981  preprotein translocase subunit SecF  35.13 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1976  preprotein translocase subunit SecF  35.13 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1819  preprotein translocase subunit SecF  31.55 
 
 		 356 aa  171  1e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000814771  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.8 
 
 		 853 aa  171  2e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1690  preprotein translocase subunit SecF  37.01 
 
 		 310 aa  171  2e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.113213  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2443  preprotein translocase subunit SecF  33.53 
 
 		 347 aa  171  2e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000105757  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004364  protein-export membrane protein SecF  35.17 
 
 		 315 aa  170  4e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0679828  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1670  preprotein translocase subunit SecF  38.18 
 
 		 292 aa  170  4e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00270917  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0092  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.07 
 
 		 995 aa  169  4e-41  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0631  preprotein translocase subunit SecF  37.83 
 
 		 323 aa  169  5e-41  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6254  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  33.33 
 
 		 1055 aa  169  6e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01049  preprotein translocase subunit SecF  34.72 
 
 		 315 aa  169  7e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0013  preprotein translocase subunit SecF  37.5 
 
 		 311 aa  169  8e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000001158  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1235  preprotein translocase subunit SecF  36.01 
 
 		 323 aa  168  9e-41  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.178131  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1110  preprotein translocase subunit SecF  36.01 
 
 		 323 aa  168  9e-41  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0866  preprotein translocase subunit SecF  34.41 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.222243  normal  0.607881 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0540  preprotein translocase subunit SecF  30.03 
 
 		 361 aa  168  1e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0258314 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01348  protein-export membrane protein SecF  33.9 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.256718  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0879  preprotein translocase subunit SecF  34.05 
 
 		 302 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0954141 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1239  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.02 
 
 		 762 aa  167  2.9999999999999998e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.194675  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1415  preprotein translocase subunit SecF  35.22 
 
 		 330 aa  167  2.9999999999999998e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.661465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0123  protein-export membrane protein SecF  33.93 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2185  protein-export membrane protein SecF  30.35 
 
 		 312 aa  166  5e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1124  preprotein translocase subunit SecF  34.15 
 
 		 291 aa  166  5.9999999999999996e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000552191  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1694  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.05 
 
 		 846 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0273  preprotein translocase subunit SecF  35.07 
 
 		 315 aa  166  6.9999999999999995e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0014  preprotein translocase subunit SecF  36.36 
 
 		 311 aa  165  9e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00246116  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3183  protein-export membrane protein SecD  35.69 
 
 		 989 aa  164  1.0000000000000001e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0406791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1574  preprotein translocase subunit SecF  36.86 
 
 		 323 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0511  preprotein translocase subunit SecF  32.85 
 
 		 311 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.956081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1799  preprotein translocase subunit SecF  36.3 
 
 		 324 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0445  preprotein translocase subunit SecF  36.3 
 
 		 324 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.222875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1355  preprotein translocase subunit SecF  35.44 
 
 		 293 aa  164  3e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0147  protein translocase subunit secF  39.62 
 
 		 404 aa  164  3e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000009249  hitchhiker  0.00252765 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2190  preprotein translocase subunit SecF  36.47 
 
 		 315 aa  163  3e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.447622  decreased coverage  0.00319916 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2432  preprotein translocase subunit SecF  34.97 
 
 		 316 aa  163  5.0000000000000005e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1762  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.92 
 
 		 981 aa  162  6e-39  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4643  preprotein translocase subunit SecF  32.86 
 
 		 317 aa  162  6e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.410756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1117  preprotein translocase subunit SecF  32.65 
 
 		 316 aa  162  7e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1231  preprotein translocase subunit SecF  32.5 
 
 		 303 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.611016  normal  0.761235 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2699  preprotein translocase subunit SecF  34.48 
 
 		 315 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.584759  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2481  preprotein translocase subunit SecF  35.97 
 
 		 315 aa  161  1e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0456849  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.33 
 
 		 856 aa  161  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1064  preprotein translocase subunit SecF  32.18 
 
 		 322 aa  161  1e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204402 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0626  protein-export membrane protein SecF  33.56 
 
 		 310 aa  161  1e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000549124  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>