More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1415 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1415  preprotein translocase subunit SecF  100 
 
 		 330 aa  667    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.661465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0457  preprotein translocase subunit SecF  65.93 
 
 		 324 aa  409  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0172615  normal  0.0827508 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0445  preprotein translocase subunit SecF  64.04 
 
 		 324 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.222875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1799  preprotein translocase subunit SecF  64.04 
 
 		 324 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1085  preprotein translocase subunit SecF  62.46 
 
 		 328 aa  395  1e-109  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.161965 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1858  preprotein translocase subunit SecF  61.64 
 
 		 320 aa  391  1e-108  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.150957  normal  0.772867 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0997  preprotein translocase subunit SecF  56.39 
 
 		 322 aa  373  1e-102  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3037  protein-export membrane protein SecF  45.62 
 
 		 316 aa  268  8.999999999999999e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4310  protein-export membrane protein SecF  41.51 
 
 		 357 aa  248  1e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3171  preprotein translocase subunit SecF  41.74 
 
 		 372 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.203608  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2856  protein-export membrane protein SecF  39.56 
 
 		 318 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.114618 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1898  protein translocase subunit secF  40.13 
 
 		 314 aa  239  4e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.186497  normal  0.970453 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  43.05 
 
 		 856 aa  237  2e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1002  protein-export membrane protein SecF  39.44 
 
 		 319 aa  236  3e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1713  SecF protein  41.27 
 
 		 327 aa  236  4e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.24873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6059  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.92 
 
 		 839 aa  233  5e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2775  preprotein translocase subunit SecF  41.99 
 
 		 334 aa  232  8.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.33037 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4405  preprotein translocase subunit SecF  43.42 
 
 		 335 aa  231  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0338927  normal  0.256135 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2776  preprotein translocase subunit SecF  41.67 
 
 		 369 aa  231  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.686561  normal  0.719321 
 
 
-
 
NC_004310  BR1324  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.91 
 
 		 845 aa  229  5e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0375911  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1768  preprotein translocase subunit SecF  42.14 
 
 		 352 aa  229  5e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0148605  normal  0.0118701 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2731  preprotein translocase subunit SecF  41.05 
 
 		 367 aa  228  1e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.447806  normal  0.258523 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1284  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.59 
 
 		 844 aa  224  2e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1860  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.76 
 
 		 844 aa  223  3e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2492  protein-export membrane protein SecF  38.41 
 
 		 316 aa  223  4e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.27994  normal  0.326076 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0878  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.93 
 
 		 834 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.335263  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0181  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.9 
 
 		 844 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2189  protein-export membrane protein SecF  39.14 
 
 		 316 aa  218  8.999999999999998e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.279609  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4597  protein-export membrane protein SecF  35.56 
 
 		 314 aa  217  2e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.486566  normal  0.106389 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4227  protein-export membrane protein SecF  35.56 
 
 		 314 aa  217  2e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4746  protein-export membrane protein SecF  35.56 
 
 		 314 aa  216  5e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0265427 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2072  protein translocase subunit secF  41.25 
 
 		 325 aa  216  5.9999999999999996e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.43 
 
 		 848 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1800  preprotein translocase subunit SecF  42.05 
 
 		 340 aa  213  3.9999999999999995e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0690803  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2481  preprotein translocase subunit SecF  38.44 
 
 		 315 aa  211  9e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0456849  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.77 
 
 		 849 aa  211  9e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.89 
 
 		 856 aa  211  1e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.68 
 
 		 853 aa  210  2e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3107  protein-export membrane protein SecF  39.17 
 
 		 316 aa  211  2e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.616457  normal  0.192516 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3110  preprotein translocase subunit SecF  36.88 
 
 		 315 aa  209  4e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2065  preprotein translocase subunit SecF  41.51 
 
 		 313 aa  209  5e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2336  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.22 
 
 		 759 aa  209  5e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.217617  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2277  protein-export membrane protein SecF  36.76 
 
 		 313 aa  209  6e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1573  preprotein translocase subunit SecF  38.24 
 
 		 315 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00583403  hitchhiker  0.000000100837 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1694  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39.61 
 
 		 846 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2056  protein-export membrane protein SecF  37.62 
 
 		 337 aa  207  2e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.880378  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1714  protein-export membrane protein SecF  37.62 
 
 		 316 aa  207  3e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.611616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2784  preprotein translocase subunit SecF  38.24 
 
 		 315 aa  207  3e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0481367  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2804  preprotein translocase subunit SecF  38.24 
 
 		 315 aa  207  3e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00594045  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2879  preprotein translocase subunit SecF  38.24 
 
 		 315 aa  207  3e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0152003  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1219  preprotein translocase subunit SecF  41.45 
 
 		 314 aa  207  3e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.417925 
 
 
-
 
NC_004310  BR0891  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.28 
 
 		 785 aa  203  3e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.983907  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01348  protein-export membrane protein SecF  36.48 
 
 		 313 aa  203  3e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.256718  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0887  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.28 
 
 		 785 aa  203  3e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1473  preprotein translocase subunit SecF  38.14 
 
 		 315 aa  202  5e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.13163  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1064  preprotein translocase subunit SecF  37.74 
 
 		 322 aa  202  5e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204402 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2334  preprotein translocase subunit SecF  38.82 
 
 		 315 aa  202  7e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.307818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0475  preprotein translocase subunit SecF  34.97 
 
 		 323 aa  202  8e-51  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1231  protein-export membrane protein SecF  38.49 
 
 		 313 aa  202  8e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0282245  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1454  protein translocase subunit secF  39.68 
 
 		 321 aa  201  9.999999999999999e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.982054  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1123  preprotein translocase subunit SecF  37.38 
 
 		 315 aa  201  1.9999999999999998e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2349  preprotein translocase subunit SecF  39.06 
 
 		 312 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0511  preprotein translocase subunit SecF  37.54 
 
 		 311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.956081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3211  protein translocase subunit secF  41.18 
 
 		 311 aa  200  3.9999999999999996e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4086  preprotein translocase subunit SecF  37.06 
 
 		 321 aa  199  7e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0605459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01049  preprotein translocase subunit SecF  36.79 
 
 		 315 aa  198  9e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1385  preprotein translocase subunit SecF  37.81 
 
 		 315 aa  198  9e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00983524  hitchhiker  0.000000302266 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1438  preprotein translocase subunit SecF  37.81 
 
 		 315 aa  198  9e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107161  hitchhiker  0.00000672809 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004364  protein-export membrane protein SecF  36.79 
 
 		 315 aa  197  1.0000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0679828  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3381  preprotein translocase subunit SecF  37.18 
 
 		 322 aa  197  3e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0144101  normal  0.396634 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3261  preprotein translocase subunit SecF  37.18 
 
 		 322 aa  197  3e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.578435  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2699  preprotein translocase subunit SecF  35.99 
 
 		 315 aa  197  3e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.584759  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4643  preprotein translocase subunit SecF  34.93 
 
 		 317 aa  197  3e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.410756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3120  preprotein translocase subunit SecF  37.18 
 
 		 322 aa  197  3e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0405125  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1891  preprotein translocase subunit SecF  37.67 
 
 		 307 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000401903  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3884  preprotein translocase subunit SecF  37.67 
 
 		 317 aa  196  5.000000000000001e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0703005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1450  preprotein translocase subunit SecF  37.5 
 
 		 315 aa  196  6e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.101016  normal  0.0107257 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2190  preprotein translocase subunit SecF  38.14 
 
 		 315 aa  196  6e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.447622  decreased coverage  0.00319916 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1238  preprotein translocase subunit SecF  34.82 
 
 		 304 aa  194  1e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.132934  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4004  preprotein translocase subunit SecF  33.89 
 
 		 317 aa  195  1e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.833906 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5118  preprotein translocase subunit SecF  36.73 
 
 		 319 aa  194  2e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1289  preprotein translocase subunit SecF  34.82 
 
 		 304 aa  194  2e-48  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000106623  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1239  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.63 
 
 		 762 aa  194  2e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.194675  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00357  protein export protein SecF  35.46 
 
 		 323 aa  194  3e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.797763  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3200  protein-export membrane protein SecF  35.46 
 
 		 323 aa  194  3e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0111096  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0328  preprotein translocase subunit SecF  35.46 
 
 		 323 aa  194  3e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.264814  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0479  preprotein translocase subunit SecF  35.46 
 
 		 323 aa  194  3e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0441  preprotein translocase subunit SecF  35.46 
 
 		 323 aa  194  3e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3224  preprotein translocase subunit SecF  35.46 
 
 		 323 aa  194  3e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000013674 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0489  preprotein translocase subunit SecF  35.46 
 
 		 323 aa  194  3e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0439  preprotein translocase subunit SecF  35.46 
 
 		 323 aa  194  3e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00361  hypothetical protein  35.46 
 
 		 323 aa  194  3e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.662274  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1496  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.75 
 
 		 846 aa  193  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.823548 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3354  preprotein translocase subunit SecF  33.55 
 
 		 317 aa  192  5e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2080  preprotein translocase subunit SecF  35.06 
 
 		 310 aa  192  6e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.348624  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0600  protein-export membrane protein SecF  33.88 
 
 		 306 aa  192  6e-48  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0072  preprotein translocase subunit SecF  35.86 
 
 		 323 aa  192  9e-48  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0447  preprotein translocase subunit SecF  35.02 
 
 		 323 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0273  preprotein translocase subunit SecF  37.42 
 
 		 315 aa  191  2e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0508  preprotein translocase subunit SecF  35.02 
 
 		 323 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>