More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1858 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1858  preprotein translocase subunit SecF  100 
 
 		 320 aa  636    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.150957  normal  0.772867 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1085  preprotein translocase subunit SecF  73.48 
 
 		 328 aa  485  1e-136  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.161965 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1799  preprotein translocase subunit SecF  68.54 
 
 		 324 aa  432  1e-120  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0457  preprotein translocase subunit SecF  68.22 
 
 		 324 aa  432  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0172615  normal  0.0827508 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0445  preprotein translocase subunit SecF  68.22 
 
 		 324 aa  429  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.222875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0997  preprotein translocase subunit SecF  63.98 
 
 		 322 aa  410  1e-113  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1415  preprotein translocase subunit SecF  61.64 
 
 		 330 aa  400  9.999999999999999e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.661465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3037  protein-export membrane protein SecF  47.52 
 
 		 316 aa  265  5.999999999999999e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1898  protein translocase subunit secF  44.05 
 
 		 314 aa  265  8.999999999999999e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.186497  normal  0.970453 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2856  protein-export membrane protein SecF  43.04 
 
 		 318 aa  252  6e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.114618 
 
 
-
 
NC_004310  BR1324  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  43.48 
 
 		 845 aa  251  8.000000000000001e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0375911  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1284  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  42.76 
 
 		 844 aa  247  2e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2775  preprotein translocase subunit SecF  43.41 
 
 		 334 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.33037 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6059  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.16 
 
 		 839 aa  241  1e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4310  protein-export membrane protein SecF  43.14 
 
 		 357 aa  240  2e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1713  SecF protein  44.98 
 
 		 327 aa  240  2e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.24873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1860  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.81 
 
 		 844 aa  238  1e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4405  preprotein translocase subunit SecF  44.16 
 
 		 335 aa  237  2e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0338927  normal  0.256135 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1694  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  43 
 
 		 846 aa  236  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1002  protein-export membrane protein SecF  40.38 
 
 		 319 aa  236  3e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0181  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.36 
 
 		 844 aa  236  4e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1768  preprotein translocase subunit SecF  42.95 
 
 		 352 aa  235  8e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0148605  normal  0.0118701 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3171  preprotein translocase subunit SecF  43.75 
 
 		 372 aa  235  9e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.203608  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  45.36 
 
 		 856 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2776  preprotein translocase subunit SecF  42.25 
 
 		 369 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.686561  normal  0.719321 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2189  protein-export membrane protein SecF  42.24 
 
 		 316 aa  232  6e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.279609  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2731  preprotein translocase subunit SecF  42.9 
 
 		 367 aa  231  1e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.447806  normal  0.258523 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39.32 
 
 		 849 aa  229  5e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4227  protein-export membrane protein SecF  40.59 
 
 		 314 aa  228  7e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4597  protein-export membrane protein SecF  40.26 
 
 		 314 aa  227  2e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.486566  normal  0.106389 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39.32 
 
 		 848 aa  227  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  44.3 
 
 		 856 aa  226  4e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0878  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.79 
 
 		 834 aa  226  5.0000000000000005e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.335263  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4746  protein-export membrane protein SecF  40.26 
 
 		 314 aa  225  7e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0265427 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2492  protein-export membrane protein SecF  40.92 
 
 		 316 aa  225  8e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.27994  normal  0.326076 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3110  preprotein translocase subunit SecF  40.06 
 
 		 315 aa  224  1e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1800  preprotein translocase subunit SecF  42.77 
 
 		 340 aa  223  3e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0690803  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1219  preprotein translocase subunit SecF  42.77 
 
 		 314 aa  223  3e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.417925 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01049  preprotein translocase subunit SecF  38.75 
 
 		 315 aa  223  4e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2784  preprotein translocase subunit SecF  43.01 
 
 		 315 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0481367  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1573  preprotein translocase subunit SecF  43.01 
 
 		 315 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00583403  hitchhiker  0.000000100837 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2879  preprotein translocase subunit SecF  43.01 
 
 		 315 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0152003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2804  preprotein translocase subunit SecF  43.01 
 
 		 315 aa  219  5e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00594045  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3211  protein translocase subunit secF  44.37 
 
 		 311 aa  219  5e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2432  preprotein translocase subunit SecF  40.78 
 
 		 316 aa  219  6e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.92 
 
 		 853 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1496  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.04 
 
 		 846 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.823548 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3107  protein-export membrane protein SecF  41.06 
 
 		 316 aa  218  1e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.616457  normal  0.192516 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2072  protein translocase subunit secF  44.44 
 
 		 325 aa  217  2e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2065  preprotein translocase subunit SecF  42.77 
 
 		 313 aa  216  2.9999999999999998e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004364  protein-export membrane protein SecF  37.62 
 
 		 315 aa  216  2.9999999999999998e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0679828  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0273  preprotein translocase subunit SecF  40.13 
 
 		 315 aa  216  2.9999999999999998e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2190  preprotein translocase subunit SecF  43.01 
 
 		 315 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.447622  decreased coverage  0.00319916 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2481  preprotein translocase subunit SecF  42.31 
 
 		 315 aa  215  9e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0456849  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2277  protein-export membrane protein SecF  40.53 
 
 		 313 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2056  protein-export membrane protein SecF  38.94 
 
 		 337 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.880378  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1714  protein-export membrane protein SecF  38.94 
 
 		 316 aa  213  1.9999999999999998e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.611616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2699  preprotein translocase subunit SecF  39.74 
 
 		 315 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.584759  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2336  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39.81 
 
 		 759 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.217617  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1231  protein-export membrane protein SecF  39.86 
 
 		 313 aa  211  2e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0282245  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1123  preprotein translocase subunit SecF  38.06 
 
 		 315 aa  209  4e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1404  preprotein translocase subunit SecF  38.41 
 
 		 315 aa  209  4e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0316508  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01348  protein-export membrane protein SecF  39.93 
 
 		 313 aa  209  7e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.256718  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2334  preprotein translocase subunit SecF  40.07 
 
 		 315 aa  208  8e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.307818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0095  preprotein translocase subunit SecF  40.56 
 
 		 293 aa  208  9e-53  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0891  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39.62 
 
 		 785 aa  208  1e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.983907  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0887  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39.62 
 
 		 785 aa  208  1e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1473  preprotein translocase subunit SecF  40.7 
 
 		 315 aa  207  2e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.13163  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1759  preprotein translocase subunit SecF  41.7 
 
 		 315 aa  205  9e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.020465  normal  0.0122623 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1450  preprotein translocase subunit SecF  41.61 
 
 		 315 aa  205  9e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.101016  normal  0.0107257 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2349  preprotein translocase subunit SecF  40.32 
 
 		 312 aa  204  2e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1064  preprotein translocase subunit SecF  37.95 
 
 		 322 aa  204  2e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204402 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2889  preprotein translocase subunit SecF  41.33 
 
 		 315 aa  203  3e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000629469 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1302  protein-export membrane protein SecF  43.61 
 
 		 315 aa  203  3e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0058  preprotein translocase subunit SecF  39.79 
 
 		 293 aa  203  3e-51  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1891  preprotein translocase subunit SecF  39.46 
 
 		 307 aa  203  3e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000401903  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1385  preprotein translocase subunit SecF  41.26 
 
 		 315 aa  203  3e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00983524  hitchhiker  0.000000302266 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1438  preprotein translocase subunit SecF  41.26 
 
 		 315 aa  203  3e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107161  hitchhiker  0.00000672809 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1330  SecF protein  42.19 
 
 		 338 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0105179  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1289  preprotein translocase subunit SecF  37.37 
 
 		 304 aa  199  3.9999999999999996e-50  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000106623  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1238  preprotein translocase subunit SecF  37.37 
 
 		 304 aa  199  5e-50  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.132934  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0475  preprotein translocase subunit SecF  39.65 
 
 		 323 aa  199  6e-50  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1695  preprotein translocase subunit SecF  42.86 
 
 		 320 aa  199  6e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0687  preprotein translocase subunit SecF  35.22 
 
 		 316 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0235  preprotein translocase subunit SecF  35.22 
 
 		 316 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0719  preprotein translocase subunit SecF  35.22 
 
 		 316 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3807  preprotein translocase subunit SecF  34.88 
 
 		 316 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1454  protein-export membrane protein SecF  40.82 
 
 		 308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0298464  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1454  protein translocase subunit secF  42.3 
 
 		 321 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.982054  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4004  preprotein translocase subunit SecF  34.94 
 
 		 317 aa  197  3e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.833906 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0511  preprotein translocase subunit SecF  36.96 
 
 		 311 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.956081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2667  preprotein translocase subunit SecF  35.22 
 
 		 316 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.452274  normal  0.524558 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4643  preprotein translocase subunit SecF  34.94 
 
 		 317 aa  195  7e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.410756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3354  preprotein translocase subunit SecF  34.94 
 
 		 317 aa  195  9e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1174  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.2 
 
 		 858 aa  195  9e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149804  normal  0.102864 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2960  preprotein translocase subunit SecF  34.38 
 
 		 323 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0837  preprotein translocase subunit SecF  35.05 
 
 		 316 aa  194  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0634  preprotein translocase subunit SecF  34.55 
 
 		 316 aa  195  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0609  preprotein translocase subunit SecF  34.55 
 
 		 316 aa  195  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2550  preprotein translocase subunit SecF  34.38 
 
 		 323 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.341971  normal  0.338499 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>