More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_1713 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_1713  SecF protein  100 
 
 
327 aa  652    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.24873  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2072  protein translocase subunit secF  61.42 
 
 
325 aa  375  1e-103  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1454  protein translocase subunit secF  52.2 
 
 
321 aa  301  7.000000000000001e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.982054  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3037  protein-export membrane protein SecF  47.49 
 
 
316 aa  271  8.000000000000001e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2731  preprotein translocase subunit SecF  43.63 
 
 
367 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.447806  normal  0.258523 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2775  preprotein translocase subunit SecF  45.79 
 
 
334 aa  253  3e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.33037 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2776  preprotein translocase subunit SecF  44.48 
 
 
369 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.686561  normal  0.719321 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  43.03 
 
 
856 aa  250  3e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0997  preprotein translocase subunit SecF  46.84 
 
 
322 aa  247  2e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3171  preprotein translocase subunit SecF  43.48 
 
 
372 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.203608  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4405  preprotein translocase subunit SecF  43.43 
 
 
335 aa  242  7.999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0338927  normal  0.256135 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1002  protein-export membrane protein SecF  41.55 
 
 
319 aa  239  5e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2856  protein-export membrane protein SecF  40.84 
 
 
318 aa  238  9e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.114618 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1898  protein translocase subunit secF  42.77 
 
 
314 aa  236  3e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.186497  normal  0.970453 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1415  preprotein translocase subunit SecF  41.27 
 
 
330 aa  236  4e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.661465  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1085  preprotein translocase subunit SecF  42.95 
 
 
328 aa  233  4.0000000000000004e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.161965 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1858  preprotein translocase subunit SecF  44.98 
 
 
320 aa  230  2e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.150957  normal  0.772867 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004364  protein-export membrane protein SecF  40.13 
 
 
315 aa  230  3e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0679828  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1123  preprotein translocase subunit SecF  39.75 
 
 
315 aa  229  5e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1768  preprotein translocase subunit SecF  43.77 
 
 
352 aa  229  5e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0148605  normal  0.0118701 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0457  preprotein translocase subunit SecF  43.23 
 
 
324 aa  229  5e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0172615  normal  0.0827508 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1800  preprotein translocase subunit SecF  44.15 
 
 
340 aa  229  6e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0690803  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2065  preprotein translocase subunit SecF  42.95 
 
 
313 aa  228  1e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01049  preprotein translocase subunit SecF  40.13 
 
 
315 aa  228  1e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1231  protein-export membrane protein SecF  36.83 
 
 
313 aa  225  8e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0282245  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0445  preprotein translocase subunit SecF  44.01 
 
 
324 aa  225  1e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.222875  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1799  preprotein translocase subunit SecF  44.01 
 
 
324 aa  225  1e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2056  protein-export membrane protein SecF  37.04 
 
 
337 aa  224  2e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.880378  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4310  protein-export membrane protein SecF  38.38 
 
 
357 aa  224  2e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1324  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40 
 
 
845 aa  224  2e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0375911  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.82 
 
 
849 aa  224  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1714  protein-export membrane protein SecF  37.04 
 
 
316 aa  224  2e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.611616  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.55 
 
 
848 aa  224  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39.93 
 
 
856 aa  223  4e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1284  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39.59 
 
 
844 aa  222  6e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1860  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.88 
 
 
844 aa  222  8e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6059  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  42.32 
 
 
839 aa  220  1.9999999999999999e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0273  preprotein translocase subunit SecF  40.76 
 
 
315 aa  219  3.9999999999999997e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01348  protein-export membrane protein SecF  38.41 
 
 
313 aa  219  3.9999999999999997e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.256718  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1694  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.01 
 
 
846 aa  219  7e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0836  preprotein translocase subunit SecF  39.67 
 
 
302 aa  216  4e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.885534 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1219  preprotein translocase subunit SecF  41.69 
 
 
314 aa  216  5e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.417925 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3110  preprotein translocase subunit SecF  38.99 
 
 
315 aa  215  7e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0879  preprotein translocase subunit SecF  40 
 
 
302 aa  215  8e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0954141 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0866  preprotein translocase subunit SecF  40.13 
 
 
302 aa  215  9e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.222243  normal  0.607881 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1302  protein-export membrane protein SecF  41.56 
 
 
315 aa  213  1.9999999999999998e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0181  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.4 
 
 
844 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2189  protein-export membrane protein SecF  35.11 
 
 
316 aa  212  5.999999999999999e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.279609  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2492  protein-export membrane protein SecF  37.58 
 
 
316 aa  212  9e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.27994  normal  0.326076 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1064  preprotein translocase subunit SecF  37.7 
 
 
322 aa  211  1e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00204402 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4227  protein-export membrane protein SecF  35.85 
 
 
314 aa  211  1e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4597  protein-export membrane protein SecF  37.04 
 
 
314 aa  211  2e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.486566  normal  0.106389 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2644  protein-export membrane protein SecF  37.95 
 
 
304 aa  209  4e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0946476  hitchhiker  0.00035144 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4746  protein-export membrane protein SecF  36.7 
 
 
314 aa  209  7e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0265427 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39.94 
 
 
853 aa  208  8e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0511  preprotein translocase subunit SecF  37.54 
 
 
311 aa  209  8e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.956081  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3517  preprotein translocase subunit SecF  38.98 
 
 
305 aa  207  2e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.943932  normal  0.571932 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0878  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.73 
 
 
834 aa  207  2e-52  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.335263  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1496  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39.43 
 
 
846 aa  206  4e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.823548 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1117  preprotein translocase subunit SecF  43.86 
 
 
316 aa  206  6e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2432  preprotein translocase subunit SecF  39.14 
 
 
316 aa  205  7e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1416  protein-export membrane protein SecF  38.31 
 
 
303 aa  204  1e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1981  preprotein translocase subunit SecF  38.18 
 
 
305 aa  204  2e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1976  preprotein translocase subunit SecF  38.18 
 
 
305 aa  204  2e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1231  preprotein translocase subunit SecF  38.31 
 
 
303 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.611016  normal  0.761235 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0475  preprotein translocase subunit SecF  37.07 
 
 
323 aa  204  2e-51  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2334  preprotein translocase subunit SecF  39.22 
 
 
315 aa  204  2e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.307818  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2336  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.35 
 
 
759 aa  203  4e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.217617  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2481  preprotein translocase subunit SecF  38.01 
 
 
315 aa  202  4e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0456849  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2699  preprotein translocase subunit SecF  38.06 
 
 
315 aa  202  7e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.584759  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4342  preprotein translocase subunit SecF  40.13 
 
 
302 aa  202  8e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.557524  hitchhiker  0.0000000544827 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2349  preprotein translocase subunit SecF  39.39 
 
 
312 aa  201  9.999999999999999e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4618  preprotein translocase subunit SecF  38.69 
 
 
304 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.178717  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1891  preprotein translocase subunit SecF  38.91 
 
 
307 aa  201  9.999999999999999e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000401903  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3107  protein-export membrane protein SecF  39.12 
 
 
316 aa  201  9.999999999999999e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.616457  normal  0.192516 
 
 
-
 
NC_004310  BR0891  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.75 
 
 
785 aa  200  1.9999999999999998e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.983907  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1238  preprotein translocase subunit SecF  39.37 
 
 
304 aa  201  1.9999999999999998e-50  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.132934  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2426  preprotein translocase subunit SecF  35.84 
 
 
310 aa  200  1.9999999999999998e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0887  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.75 
 
 
785 aa  200  1.9999999999999998e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1404  preprotein translocase subunit SecF  37.66 
 
 
315 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0316508  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2277  protein-export membrane protein SecF  36.88 
 
 
313 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1450  preprotein translocase subunit SecF  37.46 
 
 
315 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.101016  normal  0.0107257 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1289  preprotein translocase subunit SecF  38.57 
 
 
304 aa  201  1.9999999999999998e-50  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000106623  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3211  protein translocase subunit secF  40 
 
 
311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3281  preprotein translocase subunit SecF  35.42 
 
 
314 aa  199  3.9999999999999996e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0339451  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1385  preprotein translocase subunit SecF  37.46 
 
 
315 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00983524  hitchhiker  0.000000302266 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1438  preprotein translocase subunit SecF  37.46 
 
 
315 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107161  hitchhiker  0.00000672809 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1473  preprotein translocase subunit SecF  37.22 
 
 
315 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.13163  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1330  SecF protein  40.19 
 
 
338 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0105179  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2784  preprotein translocase subunit SecF  37.03 
 
 
315 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0481367  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2879  preprotein translocase subunit SecF  37.03 
 
 
315 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0152003  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1293  preprotein translocase subunit SecF  37.76 
 
 
306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2804  preprotein translocase subunit SecF  36.71 
 
 
315 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00594045  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1573  preprotein translocase subunit SecF  36.71 
 
 
315 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00583403  hitchhiker  0.000000100837 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2528  preprotein translocase subunit SecF  35.24 
 
 
316 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14650  preprotein translocase subunit SecF  37.41 
 
 
306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0072  preprotein translocase subunit SecF  34.52 
 
 
323 aa  196  3e-49  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0631  preprotein translocase subunit SecF  36.25 
 
 
323 aa  196  3e-49  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2836  protein translocase subunit secF  35.86 
 
 
302 aa  197  3e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0878  preprotein translocase subunit SecF  35.95 
 
 
323 aa  196  3e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>