More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1454 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1454  protein translocase subunit secF  100 
 
 		 321 aa  641    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.982054  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1713  SecF protein  52.2 
 
 		 327 aa  331  8e-90  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.24873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2072  protein translocase subunit secF  47.96 
 
 		 325 aa  281  1e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3037  protein-export membrane protein SecF  46.31 
 
 		 316 aa  271  1e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2856  protein-export membrane protein SecF  42.2 
 
 		 318 aa  257  2e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.114618 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1002  protein-export membrane protein SecF  43.05 
 
 		 319 aa  257  2e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2775  preprotein translocase subunit SecF  44.37 
 
 		 334 aa  251  1e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.33037 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3171  preprotein translocase subunit SecF  43.08 
 
 		 372 aa  246  3e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.203608  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4310  protein-export membrane protein SecF  39.68 
 
 		 357 aa  244  9.999999999999999e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6059  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.83 
 
 		 839 aa  242  7e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2776  preprotein translocase subunit SecF  41.88 
 
 		 369 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.686561  normal  0.719321 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2731  preprotein translocase subunit SecF  42.22 
 
 		 367 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.447806  normal  0.258523 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  42.72 
 
 		 853 aa  237  2e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.94 
 
 		 856 aa  237  2e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39.63 
 
 		 849 aa  236  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1415  preprotein translocase subunit SecF  39.68 
 
 		 330 aa  235  7e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.661465  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1324  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.78 
 
 		 845 aa  233  2.0000000000000002e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0375911  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2189  protein-export membrane protein SecF  37.74 
 
 		 316 aa  232  5e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.279609  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0997  preprotein translocase subunit SecF  40.73 
 
 		 322 aa  232  5e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1898  protein translocase subunit secF  39.53 
 
 		 314 aa  232  5e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.186497  normal  0.970453 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.99 
 
 		 848 aa  232  6e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.48 
 
 		 856 aa  232  7.000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0457  preprotein translocase subunit SecF  43.52 
 
 		 324 aa  231  1e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0172615  normal  0.0827508 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1284  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.78 
 
 		 844 aa  230  3e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1085  preprotein translocase subunit SecF  39.56 
 
 		 328 aa  229  4e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.161965 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1860  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39.66 
 
 		 844 aa  228  1e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2065  preprotein translocase subunit SecF  41.67 
 
 		 313 aa  227  2e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2492  protein-export membrane protein SecF  38.21 
 
 		 316 aa  226  4e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.27994  normal  0.326076 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4405  preprotein translocase subunit SecF  42.19 
 
 		 335 aa  225  6e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0338927  normal  0.256135 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1231  protein-export membrane protein SecF  39.09 
 
 		 313 aa  225  9e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0282245  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4746  protein-export membrane protein SecF  38.78 
 
 		 314 aa  224  1e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0265427 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4227  protein-export membrane protein SecF  37.82 
 
 		 314 aa  224  2e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01348  protein-export membrane protein SecF  38.01 
 
 		 313 aa  223  2e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.256718  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4597  protein-export membrane protein SecF  38.14 
 
 		 314 aa  224  2e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.486566  normal  0.106389 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2349  preprotein translocase subunit SecF  40.45 
 
 		 312 aa  223  4e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0445  preprotein translocase subunit SecF  41.86 
 
 		 324 aa  222  6e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.222875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1799  preprotein translocase subunit SecF  41.86 
 
 		 324 aa  222  7e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2056  protein-export membrane protein SecF  39.67 
 
 		 337 aa  222  7e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.880378  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1714  protein-export membrane protein SecF  38.91 
 
 		 316 aa  222  8e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.611616  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1123  preprotein translocase subunit SecF  38.63 
 
 		 315 aa  221  1.9999999999999999e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2185  protein-export membrane protein SecF  38.8 
 
 		 312 aa  219  3e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004364  protein-export membrane protein SecF  36.31 
 
 		 315 aa  220  3e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0679828  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01049  preprotein translocase subunit SecF  36.62 
 
 		 315 aa  219  3.9999999999999997e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1768  preprotein translocase subunit SecF  40.71 
 
 		 352 aa  219  3.9999999999999997e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0148605  normal  0.0118701 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1238  preprotein translocase subunit SecF  38.36 
 
 		 304 aa  218  1e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.132934  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1289  preprotein translocase subunit SecF  37.62 
 
 		 304 aa  218  1e-55  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000106623  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1858  preprotein translocase subunit SecF  42.3 
 
 		 320 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.150957  normal  0.772867 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0878  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.27 
 
 		 834 aa  216  4e-55  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.335263  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2277  protein-export membrane protein SecF  38.7 
 
 		 313 aa  216  4e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0181  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.93 
 
 		 844 aa  216  4e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1800  preprotein translocase subunit SecF  43.32 
 
 		 340 aa  215  8e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0690803  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1219  preprotein translocase subunit SecF  37.74 
 
 		 314 aa  214  1.9999999999999998e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.417925 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1064  preprotein translocase subunit SecF  37.66 
 
 		 322 aa  214  1.9999999999999998e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204402 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3110  preprotein translocase subunit SecF  36.81 
 
 		 315 aa  212  9e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1694  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39.66 
 
 		 846 aa  211  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2644  protein-export membrane protein SecF  37.17 
 
 		 304 aa  209  4e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0946476  hitchhiker  0.00035144 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0687  preprotein translocase subunit SecF  36.66 
 
 		 316 aa  208  9e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0235  preprotein translocase subunit SecF  36.66 
 
 		 316 aa  208  9e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0719  preprotein translocase subunit SecF  36.66 
 
 		 316 aa  208  9e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3807  preprotein translocase subunit SecF  36.33 
 
 		 316 aa  207  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3331  preprotein translocase subunit SecF  36.33 
 
 		 316 aa  207  1e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0935512  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0879  preprotein translocase subunit SecF  39.09 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0954141 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1275  preprotein translocase subunit SecF  36.33 
 
 		 316 aa  207  2e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0511  preprotein translocase subunit SecF  35.96 
 
 		 311 aa  207  2e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.956081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2667  preprotein translocase subunit SecF  36.98 
 
 		 316 aa  207  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.452274  normal  0.524558 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0866  preprotein translocase subunit SecF  39.41 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.222243  normal  0.607881 
 
 
-
 
NC_004310  BR0891  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.7 
 
 		 785 aa  207  3e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.983907  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0887  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.7 
 
 		 785 aa  207  3e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3374  preprotein translocase subunit SecF  36.33 
 
 		 316 aa  207  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0609  preprotein translocase subunit SecF  36.66 
 
 		 316 aa  207  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3365  preprotein translocase subunit SecF  36.33 
 
 		 316 aa  207  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0634  preprotein translocase subunit SecF  36.66 
 
 		 316 aa  206  4e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1473  preprotein translocase subunit SecF  36.33 
 
 		 315 aa  206  5e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.13163  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4086  preprotein translocase subunit SecF  38.64 
 
 		 321 aa  206  6e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0605459  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2426  preprotein translocase subunit SecF  38.38 
 
 		 310 aa  205  8e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0273  preprotein translocase subunit SecF  36.31 
 
 		 315 aa  205  8e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1509  preprotein translocase subunit SecF  35.58 
 
 		 324 aa  204  1e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.444089 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3281  preprotein translocase subunit SecF  36.73 
 
 		 314 aa  204  1e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0339451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3107  protein-export membrane protein SecF  36.39 
 
 		 316 aa  204  1e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.616457  normal  0.192516 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2699  preprotein translocase subunit SecF  37.88 
 
 		 315 aa  204  1e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.584759  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2336  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.3 
 
 		 759 aa  204  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.217617  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2716  preprotein translocase subunit SecF  36.52 
 
 		 322 aa  204  2e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.141872 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4643  preprotein translocase subunit SecF  36.48 
 
 		 317 aa  204  2e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.410756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4004  preprotein translocase subunit SecF  37.25 
 
 		 317 aa  204  2e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.833906 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00357  protein export protein SecF  36.58 
 
 		 323 aa  203  4e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.797763  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3200  protein-export membrane protein SecF  36.58 
 
 		 323 aa  203  4e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0111096  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0489  preprotein translocase subunit SecF  36.58 
 
 		 323 aa  203  4e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0479  preprotein translocase subunit SecF  36.58 
 
 		 323 aa  203  4e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0328  preprotein translocase subunit SecF  36.58 
 
 		 323 aa  203  4e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.264814  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0441  preprotein translocase subunit SecF  36.58 
 
 		 323 aa  203  4e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3354  preprotein translocase subunit SecF  36.91 
 
 		 317 aa  202  4e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0448  preprotein translocase subunit SecF  35.45 
 
 		 323 aa  203  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0467  preprotein translocase subunit SecF  35.45 
 
 		 323 aa  203  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0454  preprotein translocase subunit SecF  35.45 
 
 		 323 aa  203  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3224  preprotein translocase subunit SecF  36.58 
 
 		 323 aa  203  4e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000013674 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0447  preprotein translocase subunit SecF  35.45 
 
 		 323 aa  203  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0439  preprotein translocase subunit SecF  36.58 
 
 		 323 aa  203  4e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00361  hypothetical protein  36.58 
 
 		 323 aa  203  4e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.662274  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0508  preprotein translocase subunit SecF  35.45 
 
 		 323 aa  203  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0600  protein-export membrane protein SecF  34.25 
 
 		 306 aa  202  5e-51  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>