More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_1904 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009616  Tmel_1904  protein-export membrane protein SecF  100 
 
 		 302 aa  591  1e-168  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1341  protein-export membrane protein SecF  58.67 
 
 		 298 aa  357  9.999999999999999e-98  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0066  protein-export membrane protein SecF  56.95 
 
 		 293 aa  327  1.0000000000000001e-88  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0066  protein-export membrane protein SecF  57.62 
 
 		 293 aa  316  4e-85  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1115  protein-export membrane protein SecF  50.5 
 
 		 302 aa  290  2e-77  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12250  protein-export membrane protein SecF  36.54 
 
 		 286 aa  197  2.0000000000000003e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000312155  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1891  preprotein translocase subunit SecF  37.22 
 
 		 307 aa  189  5e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000401903  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1289  preprotein translocase subunit SecF  37.09 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000106623  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1238  preprotein translocase subunit SecF  37.09 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.132934  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2065  preprotein translocase subunit SecF  36.45 
 
 		 313 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1424  preprotein translocase subunit SecF  36.05 
 
 		 280 aa  182  5.0000000000000004e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000449698  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08751  putative protein-export transmembrane SecDF protein  36.22 
 
 		 1001 aa  181  1e-44  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.392094  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0626  protein-export membrane protein SecF  35.67 
 
 		 310 aa  180  2e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000549124  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0014  preprotein translocase subunit SecF  35.2 
 
 		 311 aa  180  2e-44  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00246116  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0866  preprotein translocase subunit SecF  37.09 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.222243  normal  0.607881 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3211  protein translocase subunit secF  36.95 
 
 		 311 aa  179  4e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0836  preprotein translocase subunit SecF  36.42 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.885534 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0879  preprotein translocase subunit SecF  36.09 
 
 		 302 aa  178  9e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0954141 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1231  preprotein translocase subunit SecF  35.1 
 
 		 303 aa  178  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.611016  normal  0.761235 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0008  preprotein translocase subunit SecF  34.84 
 
 		 311 aa  178  1e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.748405  normal  0.104556 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1416  protein-export membrane protein SecF  35.1 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2056  protein-export membrane protein SecF  34.44 
 
 		 337 aa  175  6e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.880378  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3596  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.07 
 
 		 996 aa  175  7e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.318172 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1714  protein-export membrane protein SecF  34.44 
 
 		 316 aa  175  7e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.611616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2737  protein-export membrane protein SecF  35.4 
 
 		 308 aa  175  8e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.468895  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2072  protein translocase subunit secF  36.75 
 
 		 325 aa  174  1.9999999999999998e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1770  protein-export membrane protein SecF  35.35 
 
 		 307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0012  preprotein translocase subunit SecF  36.36 
 
 		 308 aa  173  3.9999999999999995e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000296376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0997  preprotein translocase subunit SecF  34.75 
 
 		 322 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1713  SecF protein  33.98 
 
 		 327 aa  172  5e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.24873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0027  preprotein translocase subunit SecF  31.68 
 
 		 310 aa  172  5.999999999999999e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1936  protein-export membrane protein SecD  35.48 
 
 		 759 aa  172  5.999999999999999e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.609116  hitchhiker  0.000000107208 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1330  SecF protein  35.81 
 
 		 338 aa  171  1e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0105179  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0147  protein translocase subunit secF  30.89 
 
 		 404 aa  171  1e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000009249  hitchhiker  0.00252765 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4342  preprotein translocase subunit SecF  36.42 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.557524  hitchhiker  0.0000000544827 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2644  protein-export membrane protein SecF  34.87 
 
 		 304 aa  170  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0946476  hitchhiker  0.00035144 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1898  protein translocase subunit secF  34.01 
 
 		 314 aa  170  2e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.186497  normal  0.970453 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0034  preprotein translocase subunit SecF  36.6 
 
 		 311 aa  169  5e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2349  preprotein translocase subunit SecF  36.82 
 
 		 312 aa  169  6e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1302  protein-export membrane protein SecF  36.52 
 
 		 315 aa  169  6e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1085  preprotein translocase subunit SecF  36.33 
 
 		 328 aa  169  7e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.161965 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.42 
 
 		 856 aa  168  9e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1216  protein-export membrane protein SecF  37.95 
 
 		 291 aa  167  1e-40  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0233184  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1981  preprotein translocase subunit SecF  33.45 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1976  preprotein translocase subunit SecF  33.45 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0013  preprotein translocase subunit SecF  35.74 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245212 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1690  preprotein translocase subunit SecF  34.01 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.113213  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1231  protein-export membrane protein SecF  35.76 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0282245  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2196  preprotein translocase subunit SecF  34.56 
 
 		 289 aa  167  2e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1064  preprotein translocase subunit SecF  34.78 
 
 		 322 aa  167  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204402 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01049  preprotein translocase subunit SecF  33.33 
 
 		 315 aa  167  2.9999999999999998e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1239  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.19 
 
 		 762 aa  167  2.9999999999999998e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.194675  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3183  protein-export membrane protein SecD  32.78 
 
 		 989 aa  166  2.9999999999999998e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0406791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0708  preprotein translocase subunit SecF  34.43 
 
 		 323 aa  166  4e-40  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1907  preprotein translocase subunit SecF  34.56 
 
 		 289 aa  166  4e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0418717  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3381  preprotein translocase subunit SecF  36.12 
 
 		 322 aa  166  5e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0144101  normal  0.396634 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3261  preprotein translocase subunit SecF  36.12 
 
 		 322 aa  166  5e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.578435  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3120  preprotein translocase subunit SecF  36.12 
 
 		 322 aa  166  5e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0405125  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4618  preprotein translocase subunit SecF  34.44 
 
 		 304 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.178717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0072  preprotein translocase subunit SecF  34.3 
 
 		 323 aa  166  5.9999999999999996e-40  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0504  preprotein translocase subunit SecF  36.33 
 
 		 313 aa  165  6.9999999999999995e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.300197  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0855  preprotein translocase subunit SecF  35.74 
 
 		 302 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3618  protein-export membrane protein SecD  34.68 
 
 		 735 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000114723  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1408  protein translocase subunit secF  34 
 
 		 317 aa  164  1.0000000000000001e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2432  preprotein translocase subunit SecF  36.24 
 
 		 316 aa  165  1.0000000000000001e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3037  protein-export membrane protein SecF  35.02 
 
 		 316 aa  165  1.0000000000000001e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1110  preprotein translocase subunit SecF  33.88 
 
 		 323 aa  164  2.0000000000000002e-39  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1123  preprotein translocase subunit SecF  34.01 
 
 		 315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1235  preprotein translocase subunit SecF  33.88 
 
 		 323 aa  164  2.0000000000000002e-39  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.178131  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0013  preprotein translocase subunit SecF  36.57 
 
 		 311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000001158  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004364  protein-export membrane protein SecF  33.89 
 
 		 315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0679828  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1719  preprotein translocase subunit SecF  44.33 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01348  protein-export membrane protein SecF  35.35 
 
 		 313 aa  163  3e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.256718  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0631  preprotein translocase subunit SecF  33.55 
 
 		 323 aa  163  4.0000000000000004e-39  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1324  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.12 
 
 		 845 aa  162  5.0000000000000005e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0375911  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1219  preprotein translocase subunit SecF  35.27 
 
 		 314 aa  162  5.0000000000000005e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.417925 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2256  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.9 
 
 		 991 aa  162  5.0000000000000005e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1620  protein-export membrane protein SecF  34.48 
 
 		 323 aa  162  6e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1284  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.23 
 
 		 844 aa  162  6e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2443  preprotein translocase subunit SecF  32.09 
 
 		 347 aa  162  7e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000105757  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0475  preprotein translocase subunit SecF  34.71 
 
 		 323 aa  162  7e-39  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2185  protein-export membrane protein SecF  31.4 
 
 		 312 aa  162  9e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1454  protein-export membrane protein SecF  36.79 
 
 		 308 aa  162  9e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0298464  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0891  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  33.68 
 
 		 785 aa  161  1e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.983907  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5169  protein-export membrane protein SecD  34.53 
 
 		 1029 aa  161  1e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.325981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1124  preprotein translocase subunit SecF  33.89 
 
 		 291 aa  161  1e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000552191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1324  protein-export membrane protein SecF  28.85 
 
 		 400 aa  161  1e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0920366  normal  0.32495 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0887  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  33.68 
 
 		 785 aa  161  1e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2616  preprotein translocase subunit SecF  36.42 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1271  preprotein translocase subunit SecF  32.2 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3281  preprotein translocase subunit SecF  32.56 
 
 		 314 aa  160  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0339451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1404  preprotein translocase subunit SecF  34.22 
 
 		 315 aa  160  2e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0316508  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14650  preprotein translocase subunit SecF  34.33 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1694  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.09 
 
 		 846 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0511  preprotein translocase subunit SecF  29.73 
 
 		 311 aa  160  3e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.956081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6254  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.91 
 
 		 1055 aa  160  3e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1293  preprotein translocase subunit SecF  34 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0273  preprotein translocase subunit SecF  35.12 
 
 		 315 aa  159  5e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1117  preprotein translocase subunit SecF  32.54 
 
 		 316 aa  159  5e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2699  preprotein translocase subunit SecF  35.67 
 
 		 315 aa  159  6e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.584759  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>