More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU2749 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU2749  NOL1/NOP2/sun family protein  100 
 
 
319 aa  641    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0700  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  50.32 
 
 
321 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2695  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  45.13 
 
 
325 aa  266  4e-70  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1122  NOL1NOP2sun family protein  33.9 
 
 
287 aa  184  2.0000000000000003e-45  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0392617  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0664  NOL1/NOP2/sun family protein  34.15 
 
 
279 aa  181  1e-44  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.995091  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0944  NOL1/NOP2/sun family protein  33 
 
 
297 aa  180  2.9999999999999997e-44  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0739  NOL1/NOP2/sun family protein  34.15 
 
 
279 aa  178  1e-43  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.275857  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2580  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  38.34 
 
 
454 aa  176  4e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1591  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  35.81 
 
 
454 aa  167  2e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.558771  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0007  ribosomal RNA methyltransferase NOP2  35.99 
 
 
336 aa  164  2.0000000000000002e-39  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.138281 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1306  RNA methylase NOL1/NOP2/sun family  37.22 
 
 
457 aa  160  2e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.085217 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1538  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  33.65 
 
 
473 aa  160  4e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.317347  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1328  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  37.74 
 
 
457 aa  159  7e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.13819  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0526  tRNA (cytosine-5-)-methyltransferase  35.47 
 
 
499 aa  159  7e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0341  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  34.63 
 
 
302 aa  157  2e-37  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0282  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  35.14 
 
 
302 aa  157  3e-37  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_2054  predicted protein  34.12 
 
 
485 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0900  sun protein  37.89 
 
 
457 aa  153  2.9999999999999998e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2113  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  33.65 
 
 
503 aa  153  5e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000343432 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02352  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  32.69 
 
 
501 aa  151  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0666  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  33.9 
 
 
302 aa  150  3e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.728996  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2033  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  33.45 
 
 
302 aa  150  3e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003425  ribosomal RNA small subunit methyltransferase F  32.05 
 
 
478 aa  149  7e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.837447  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1848  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  36.76 
 
 
484 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2079  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  33.54 
 
 
481 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1485  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  33.45 
 
 
314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_25394  predicted protein  35.35 
 
 
528 aa  147  3e-34  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1936  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  33.11 
 
 
481 aa  146  5e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00306451  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2064  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.91 
 
 
481 aa  146  5e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.2344  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01806  predicted methyltransferase  34.91 
 
 
479 aa  146  6e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.88495  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2103  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.91 
 
 
481 aa  145  6e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0235271  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01794  hypothetical protein  34.91 
 
 
479 aa  146  6e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2039  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  35.92 
 
 
467 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.137623  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1807  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  34.59 
 
 
481 aa  145  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0366277  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1797  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  33.65 
 
 
481 aa  144  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.396046  normal  0.0585336 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1926  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  33.65 
 
 
481 aa  144  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.79578  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1352  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.91 
 
 
481 aa  144  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.312061  normal  0.0948873 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2830  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  31.74 
 
 
305 aa  144  2e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.82296  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2568  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.91 
 
 
479 aa  143  4e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.401694  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1110  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  32.39 
 
 
503 aa  143  4e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.153136  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1228  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  32.86 
 
 
339 aa  143  5e-33  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1583  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  37.34 
 
 
486 aa  142  5e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.855297  normal  0.597939 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2405  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  39.04 
 
 
480 aa  141  1.9999999999999998e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1267  Fmu (Sun) domain protein  37.59 
 
 
460 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0620  Fmu (Sun) domain-containing protein  34.16 
 
 
474 aa  141  1.9999999999999998e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00109548 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2236  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  35.97 
 
 
484 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2136  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  30.79 
 
 
484 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1770  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.88 
 
 
510 aa  139  6e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.475142  normal  0.596617 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1840  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  32.39 
 
 
482 aa  139  7e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1281  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  32.7 
 
 
479 aa  139  8.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0638049  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0066  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase:Nop2p  34.64 
 
 
446 aa  139  8.999999999999999e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3160  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  32.06 
 
 
456 aa  138  1e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1989  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  33.23 
 
 
513 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00458134 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2051  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  33.23 
 
 
513 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.390449  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1665  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  35.38 
 
 
509 aa  138  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1465  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  33.23 
 
 
479 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.331125  normal  0.160256 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1993  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  33.23 
 
 
513 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.956035 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2455  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.34 
 
 
505 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0979  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  29.77 
 
 
460 aa  136  4e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2448  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.34 
 
 
505 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0901  Fmu (Sun) domain-containing protein  32.14 
 
 
455 aa  135  6.0000000000000005e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2568  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.34 
 
 
505 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.378579  normal  0.101279 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1896  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.34 
 
 
505 aa  135  8e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.167738 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2609  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.11 
 
 
474 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1740  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.5 
 
 
510 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1104  tRNA and rRNA cytosine-C5-methylase  35.74 
 
 
458 aa  134  1.9999999999999998e-30  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2210  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.72 
 
 
505 aa  134  3e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1712  sun protein  28.78 
 
 
442 aa  133  5e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.212482  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1994  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  29.14 
 
 
442 aa  132  6e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1219  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  30.1 
 
 
455 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3242  sun protein  35.93 
 
 
452 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0117569  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1107  sun protein  37.28 
 
 
471 aa  129  6e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0692  tRNA and rRNA cytosine-C5-methylase  30.98 
 
 
470 aa  129  6e-29  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.010029  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0056  Fmu (Sun) domain-containing protein  33.56 
 
 
485 aa  128  1.0000000000000001e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0652  sun protein  28.77 
 
 
451 aa  126  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1986  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  29.71 
 
 
478 aa  125  7e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0149307 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3594  sun protein  35.24 
 
 
448 aa  125  8.000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3218  Fmu (Sun) domain-containing protein  34.43 
 
 
470 aa  125  9e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0672  sun protein  28.77 
 
 
451 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0363723  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1752  sun protein  28.42 
 
 
444 aa  124  2e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.731166  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3528  sun protein  34.8 
 
 
448 aa  124  2e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2172  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  30.45 
 
 
471 aa  124  2e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000128077  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1927  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  30.37 
 
 
488 aa  124  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4428  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  29.15 
 
 
449 aa  124  3e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0928  sun protein  31.91 
 
 
445 aa  123  4e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB02220  nucleolus protein, putative  30.54 
 
 
695 aa  123  5e-27  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0735574  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0243  tRNA/rRNA cytosine-C5-methylase  35.25 
 
 
454 aa  122  6e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3433  Fmu (Sun) domain-containing protein  36.24 
 
 
424 aa  122  7e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.593781 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0962  sun protein  30.31 
 
 
451 aa  122  8e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.316292  normal  0.597237 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0193  sun protein  35.09 
 
 
448 aa  122  8e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000593735  n/a   
 
 
-
 
NC_009048  PICST_91345  nucleolar RNA methyltransferase  30.58 
 
 
625 aa  122  9e-27  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.179856 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08073  nucleolar RNA methyltransferase (Nop2), putative (AFU_orthologue; AFUA_5G01760)  30.77 
 
 
788 aa  121  9.999999999999999e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.322316  normal  0.90309 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6488  Fmu (Sun) domain protein  31.19 
 
 
464 aa  122  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.799417 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2046  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  33.59 
 
 
505 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.362171  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2224  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  33.99 
 
 
481 aa  121  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.508935 
 
 
-
 
NC_002950  PG0432  NOL1/NOP2/sun family protein  32.28 
 
 
468 aa  120  3e-26  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.218549 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2644  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  32.93 
 
 
478 aa  120  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0597695 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09930  sun protein  30.8 
 
 
440 aa  119  4.9999999999999996e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1322  sun protein  30.87 
 
 
451 aa  119  7.999999999999999e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1108  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  31.73 
 
 
301 aa  118  9.999999999999999e-26  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000188231  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>