More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_1927 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011663  Sbal223_1896  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  65.51 
 
 
505 aa  660    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.167738 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2455  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  66.33 
 
 
505 aa  668    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2609  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  65.02 
 
 
474 aa  649    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2568  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  65.71 
 
 
505 aa  664    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.378579  normal  0.101279 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1927  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  100 
 
 
488 aa  1015    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2448  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  65.71 
 
 
505 aa  663    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1986  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  67.29 
 
 
478 aa  687    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0149307 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2644  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  68.39 
 
 
478 aa  696    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0597695 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1583  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  65.57 
 
 
486 aa  658    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.855297  normal  0.597939 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1665  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  64.1 
 
 
509 aa  646    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1740  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  64.37 
 
 
510 aa  650    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2236  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  63.73 
 
 
484 aa  649    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2210  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  66.67 
 
 
505 aa  664    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1770  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  64.37 
 
 
510 aa  649    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.475142  normal  0.596617 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2046  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  60.35 
 
 
505 aa  622  1e-177  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.362171  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2039  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  58.51 
 
 
467 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.137623  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003425  ribosomal RNA small subunit methyltransferase F  53.72 
 
 
478 aa  516  1.0000000000000001e-145  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.837447  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02352  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  52.47 
 
 
501 aa  508  1e-143  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1110  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  54.05 
 
 
503 aa  506  9.999999999999999e-143  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.153136  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1538  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  52.61 
 
 
473 aa  503  1e-141  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.317347  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01806  predicted methyltransferase  52.07 
 
 
479 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.88495  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2064  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  52.07 
 
 
481 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.2344  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2568  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  52.07 
 
 
479 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.401694  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1926  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  51.86 
 
 
481 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.79578  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1797  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  51.86 
 
 
481 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.396046  normal  0.0585336 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01794  hypothetical protein  52.07 
 
 
479 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1807  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  51.65 
 
 
481 aa  489  1e-137  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0366277  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1352  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  52.07 
 
 
481 aa  490  1e-137  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.312061  normal  0.0948873 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2103  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  51.86 
 
 
481 aa  491  1e-137  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0235271  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1989  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  51.65 
 
 
513 aa  485  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00458134 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1993  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  51.86 
 
 
513 aa  487  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.956035 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2051  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  51.65 
 
 
513 aa  485  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.390449  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1281  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  51.65 
 
 
479 aa  486  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0638049  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1465  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  51.65 
 
 
479 aa  484  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.331125  normal  0.160256 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2405  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  50.72 
 
 
480 aa  480  1e-134  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1848  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  51.13 
 
 
484 aa  474  1e-132  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2136  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  51.55 
 
 
484 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2113  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  51.88 
 
 
503 aa  466  9.999999999999999e-131  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000343432 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1840  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  50.94 
 
 
482 aa  463  1e-129  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2079  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  49.9 
 
 
481 aa  462  1e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2224  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  49.48 
 
 
481 aa  456  1e-127  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.508935 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1591  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  30.99 
 
 
454 aa  194  3e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.558771  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0979  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  30.74 
 
 
460 aa  181  2e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1104  tRNA and rRNA cytosine-C5-methylase  31.18 
 
 
458 aa  179  1e-43  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2172  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  29.68 
 
 
471 aa  177  4e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000128077  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3160  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  30.79 
 
 
456 aa  176  7e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1936  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  27.81 
 
 
481 aa  175  9.999999999999999e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00306451  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1228  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  36.17 
 
 
339 aa  171  3e-41  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2580  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  29.6 
 
 
454 aa  170  5e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1219  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  39.52 
 
 
455 aa  170  6e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0993  NOL1/NOP2/sun family protein  29.98 
 
 
436 aa  168  2e-40  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000219997  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1328  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  36.58 
 
 
457 aa  168  2e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.13819  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0007  ribosomal RNA methyltransferase NOP2  34.62 
 
 
336 aa  167  4e-40  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.138281 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1306  RNA methylase NOL1/NOP2/sun family  31.13 
 
 
457 aa  167  5.9999999999999996e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.085217 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08073  nucleolar RNA methyltransferase (Nop2), putative (AFU_orthologue; AFUA_5G01760)  33.33 
 
 
788 aa  159  7e-38  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.322316  normal  0.90309 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0692  tRNA and rRNA cytosine-C5-methylase  27.7 
 
 
470 aa  158  2e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.010029  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3218  Fmu (Sun) domain-containing protein  30.34 
 
 
470 aa  157  3e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2695  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  33.04 
 
 
325 aa  156  9e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_25394  predicted protein  33.76 
 
 
528 aa  154  2e-36  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1005  rRNA methyltransferase, putative  29.46 
 
 
436 aa  154  2.9999999999999998e-36  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.00439767  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0666  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  32.51 
 
 
302 aa  153  5.9999999999999996e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.728996  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0341  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  34.73 
 
 
302 aa  153  7e-36  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB02220  nucleolus protein, putative  34.37 
 
 
695 aa  152  1e-35  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0735574  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2033  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  30.03 
 
 
302 aa  152  1e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009048  PICST_91345  nucleolar RNA methyltransferase  35.28 
 
 
625 aa  151  2e-35  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.179856 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_2054  predicted protein  32.68 
 
 
485 aa  152  2e-35  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1865  tRNA and rRNA cytosine-C5-methylase  27.72 
 
 
468 aa  151  3e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.92386  decreased coverage  0.000437678 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2792  Fmu (Sun) domain-containing protein  28.16 
 
 
488 aa  151  3e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000540709  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0282  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  30.69 
 
 
302 aa  147  3e-34  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1267  Fmu (Sun) domain protein  26.7 
 
 
460 aa  147  6e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5890  Fmu (Sun) domain protein  28.21 
 
 
453 aa  145  1e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.133324  hitchhiker  0.00389453 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0664  Fmu (Sun) domain protein  34.66 
 
 
430 aa  145  2e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3242  sun protein  30.82 
 
 
452 aa  145  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0117569  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6488  Fmu (Sun) domain protein  26.32 
 
 
464 aa  144  4e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.799417 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2064  Fmu (Sun) domain protein  29.23 
 
 
479 aa  143  6e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0571  sun protein  30.07 
 
 
455 aa  141  3e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0809795  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3594  sun protein  32.65 
 
 
448 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1954  sun protein  30.24 
 
 
444 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3528  sun protein  31.85 
 
 
448 aa  139  8.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1752  sun protein  30.03 
 
 
444 aa  139  2e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.731166  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2311  sun protein  29.93 
 
 
452 aa  138  2e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.362668  hitchhiker  0.000826968 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1108  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  32.35 
 
 
301 aa  139  2e-31  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000188231  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1707  sun protein  30.17 
 
 
453 aa  138  3.0000000000000003e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0900  sun protein  31.53 
 
 
457 aa  137  4e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1485  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  31.03 
 
 
314 aa  136  8e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1532  sun protein  29.19 
 
 
449 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0700  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  29.67 
 
 
321 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0066  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase:Nop2p  32.4 
 
 
446 aa  134  3e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0193  sun protein  32.32 
 
 
448 aa  133  6e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000593735  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2830  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  30.42 
 
 
305 aa  133  6.999999999999999e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.82296  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1064  sun protein  31.4 
 
 
447 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3907  sun protein  30.77 
 
 
444 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3913  sun protein  30.77 
 
 
444 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0159883  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0056  Fmu (Sun) domain-containing protein  25.63 
 
 
485 aa  130  6e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3964  sun protein  31.72 
 
 
444 aa  130  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3624  sun protein  30.77 
 
 
444 aa  129  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0232202  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0432  NOL1/NOP2/sun family protein  26.67 
 
 
468 aa  129  1.0000000000000001e-28  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.218549 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3716  sun protein  30.42 
 
 
444 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0992207  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3606  sun protein  30.42 
 
 
444 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4003  sun protein  30.42 
 
 
444 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>