More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2644 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_1927  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  68.39 
 
 
488 aa  696    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2609  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  65.53 
 
 
474 aa  640    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2210  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  66.04 
 
 
505 aa  652    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1583  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  68.63 
 
 
486 aa  686    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.855297  normal  0.597939 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1986  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  77.52 
 
 
478 aa  794    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0149307 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2644  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  100 
 
 
478 aa  992    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0597695 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2455  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  65.41 
 
 
505 aa  653    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1665  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  66.25 
 
 
509 aa  655    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1740  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  66.53 
 
 
510 aa  657    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2236  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  64.73 
 
 
484 aa  661    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2448  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  64.99 
 
 
505 aa  653    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1770  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  66.53 
 
 
510 aa  659    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.475142  normal  0.596617 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2568  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  65.2 
 
 
505 aa  654    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.378579  normal  0.101279 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1896  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  64.99 
 
 
505 aa  652    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.167738 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2046  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  60.99 
 
 
505 aa  632  1e-180  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.362171  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2039  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  57.54 
 
 
467 aa  565  1e-160  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.137623  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003425  ribosomal RNA small subunit methyltransferase F  54.27 
 
 
478 aa  512  1e-144  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.837447  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02352  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  52.42 
 
 
501 aa  504  1e-141  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1110  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  52.43 
 
 
503 aa  500  1e-140  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.153136  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01806  predicted methyltransferase  52.77 
 
 
479 aa  497  1e-139  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.88495  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1848  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  52.92 
 
 
484 aa  495  1e-139  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2103  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  52.75 
 
 
481 aa  496  1e-139  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0235271  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01794  hypothetical protein  52.77 
 
 
479 aa  497  1e-139  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2568  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  52.3 
 
 
479 aa  497  1e-139  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.401694  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2064  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  52.77 
 
 
481 aa  497  1e-139  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.2344  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1807  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  52.33 
 
 
481 aa  492  9.999999999999999e-139  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0366277  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1926  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  52.29 
 
 
481 aa  494  9.999999999999999e-139  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.79578  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1797  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  52.29 
 
 
481 aa  494  9.999999999999999e-139  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.396046  normal  0.0585336 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2405  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  52.58 
 
 
480 aa  492  9.999999999999999e-139  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1352  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  52.55 
 
 
481 aa  492  9.999999999999999e-139  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.312061  normal  0.0948873 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1840  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  54.6 
 
 
482 aa  491  1e-137  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1281  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  53.08 
 
 
479 aa  488  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0638049  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2051  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  52.87 
 
 
513 aa  487  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.390449  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1989  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  53.08 
 
 
513 aa  487  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00458134 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2136  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  52.71 
 
 
484 aa  487  1e-136  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1993  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  53.08 
 
 
513 aa  488  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.956035 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1465  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  52.87 
 
 
479 aa  486  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.331125  normal  0.160256 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1538  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  53.33 
 
 
473 aa  481  1e-135  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.317347  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2079  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  52.54 
 
 
481 aa  480  1e-134  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2224  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  51.58 
 
 
481 aa  478  1e-133  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.508935 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2113  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  52.53 
 
 
503 aa  469  1.0000000000000001e-131  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000343432 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1591  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  31.79 
 
 
454 aa  212  1e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.558771  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3160  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  31.22 
 
 
456 aa  194  2e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0979  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  30.29 
 
 
460 aa  191  2.9999999999999997e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2580  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  32.19 
 
 
454 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1936  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  28.18 
 
 
481 aa  185  2.0000000000000003e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00306451  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1104  tRNA and rRNA cytosine-C5-methylase  30.55 
 
 
458 aa  184  4.0000000000000006e-45  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1328  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  33.85 
 
 
457 aa  179  1e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.13819  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1865  tRNA and rRNA cytosine-C5-methylase  30.11 
 
 
468 aa  178  2e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.92386  decreased coverage  0.000437678 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1306  RNA methylase NOL1/NOP2/sun family  33.53 
 
 
457 aa  177  3e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.085217 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0993  NOL1/NOP2/sun family protein  31.76 
 
 
436 aa  177  5e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000219997  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2172  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  30.23 
 
 
471 aa  174  2.9999999999999996e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000128077  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1228  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  36.36 
 
 
339 aa  174  3.9999999999999995e-42  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1005  rRNA methyltransferase, putative  30.47 
 
 
436 aa  171  2e-41  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.00439767  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08073  nucleolar RNA methyltransferase (Nop2), putative (AFU_orthologue; AFUA_5G01760)  34.38 
 
 
788 aa  170  6e-41  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.322316  normal  0.90309 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0341  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  36.82 
 
 
302 aa  169  1e-40  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_25394  predicted protein  35.35 
 
 
528 aa  168  2e-40  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1219  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  28.54 
 
 
455 aa  167  2.9999999999999998e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0007  ribosomal RNA methyltransferase NOP2  35.05 
 
 
336 aa  167  4e-40  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.138281 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0692  tRNA and rRNA cytosine-C5-methylase  28.39 
 
 
470 aa  167  5e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.010029  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2064  Fmu (Sun) domain protein  29.47 
 
 
479 aa  166  5.9999999999999996e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB02220  nucleolus protein, putative  35.74 
 
 
695 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0735574  n/a   
 
 
-
 
NC_009048  PICST_91345  nucleolar RNA methyltransferase  33.33 
 
 
625 aa  164  2.0000000000000002e-39  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.179856 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2695  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  32.8 
 
 
325 aa  163  6e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0666  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  33.56 
 
 
302 aa  162  2e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.728996  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1267  Fmu (Sun) domain protein  28.41 
 
 
460 aa  160  5e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_2054  predicted protein  31.61 
 
 
485 aa  160  5e-38  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6488  Fmu (Sun) domain protein  26.82 
 
 
464 aa  160  6e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.799417 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1108  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  36.61 
 
 
301 aa  158  2e-37  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000188231  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0282  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  34.48 
 
 
302 aa  158  2e-37  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2033  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  31.19 
 
 
302 aa  157  4e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0901  Fmu (Sun) domain-containing protein  28.84 
 
 
455 aa  154  2e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5890  Fmu (Sun) domain protein  27.54 
 
 
453 aa  154  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.133324  hitchhiker  0.00389453 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0664  Fmu (Sun) domain protein  35.29 
 
 
430 aa  155  2e-36  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2792  Fmu (Sun) domain-containing protein  28.74 
 
 
488 aa  152  1e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000540709  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1485  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  34.6 
 
 
314 aa  150  3e-35  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3218  Fmu (Sun) domain-containing protein  33.57 
 
 
470 aa  150  4e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2830  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  32.56 
 
 
305 aa  147  3e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.82296  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3528  sun protein  32.14 
 
 
448 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3688  sun protein  31.88 
 
 
444 aa  146  9e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.66831  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3594  sun protein  31.79 
 
 
448 aa  145  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1752  sun protein  31.65 
 
 
444 aa  145  2e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.731166  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1707  sun protein  32.5 
 
 
453 aa  143  7e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1954  sun protein  31.41 
 
 
444 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3242  sun protein  32.6 
 
 
452 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0117569  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0571  sun protein  32.48 
 
 
455 aa  140  3.9999999999999997e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0809795  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0056  Fmu (Sun) domain-containing protein  25.75 
 
 
485 aa  140  6e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3913  sun protein  31.88 
 
 
444 aa  139  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0159883  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3109  Fmu (Sun) domain protein  34.26 
 
 
414 aa  139  1e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3907  sun protein  31.52 
 
 
444 aa  139  1e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3716  sun protein  31.88 
 
 
444 aa  139  1e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0992207  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3606  sun protein  31.88 
 
 
444 aa  139  1e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3879  sun protein  31.88 
 
 
444 aa  139  1e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.26957e-17 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4003  sun protein  31.88 
 
 
444 aa  139  1e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3964  sun protein  31.52 
 
 
444 aa  139  1e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3624  sun protein  31.52 
 
 
444 aa  138  2e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0232202  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1541  RNA methylase  34.93 
 
 
275 aa  137  4e-31  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.719796  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0700  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  30.41 
 
 
321 aa  137  5e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0900  sun protein  33.09 
 
 
457 aa  137  6.0000000000000005e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3612  sun protein  33.7 
 
 
464 aa  136  9e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>