More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2236 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_2609  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  67.22 
 
 
474 aa  665    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2568  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  66.39 
 
 
505 aa  667    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.378579  normal  0.101279 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1896  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  66.39 
 
 
505 aa  669    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.167738 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2455  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  66.6 
 
 
505 aa  664    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2644  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  64.73 
 
 
478 aa  661    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0597695 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1927  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  63.73 
 
 
488 aa  649    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2210  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  66.8 
 
 
505 aa  672    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2046  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  67.58 
 
 
505 aa  701    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.362171  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2448  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  66.19 
 
 
505 aa  664    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1665  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  66.46 
 
 
509 aa  661    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1740  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  66.32 
 
 
510 aa  662    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2236  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  100 
 
 
484 aa  1012    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1583  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  64.39 
 
 
486 aa  651    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.855297  normal  0.597939 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1770  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  66.53 
 
 
510 aa  664    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.475142  normal  0.596617 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1986  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  65.15 
 
 
478 aa  652    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0149307 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2039  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  57.29 
 
 
467 aa  566  1e-160  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.137623  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003425  ribosomal RNA small subunit methyltransferase F  56.18 
 
 
478 aa  547  1e-154  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.837447  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02352  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  54.09 
 
 
501 aa  536  1e-151  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1110  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  54.72 
 
 
503 aa  525  1e-148  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.153136  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1538  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  51.46 
 
 
473 aa  508  1e-143  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.317347  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1840  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  52.66 
 
 
482 aa  508  9.999999999999999e-143  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01806  predicted methyltransferase  52.32 
 
 
479 aa  499  1e-140  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.88495  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01794  hypothetical protein  52.32 
 
 
479 aa  499  1e-140  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2064  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  52.32 
 
 
481 aa  499  1e-140  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.2344  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2113  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  54.18 
 
 
503 aa  497  1e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000343432 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2103  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  52.31 
 
 
481 aa  497  1e-139  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0235271  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2405  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  52.95 
 
 
480 aa  496  1e-139  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1807  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  51.68 
 
 
481 aa  492  9.999999999999999e-139  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0366277  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1797  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  52 
 
 
481 aa  492  9.999999999999999e-139  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.396046  normal  0.0585336 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1926  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  52 
 
 
481 aa  492  9.999999999999999e-139  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.79578  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1848  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  50.72 
 
 
484 aa  492  9.999999999999999e-139  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1281  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  51.89 
 
 
479 aa  489  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0638049  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1993  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  52.1 
 
 
513 aa  489  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.956035 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2136  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  50.72 
 
 
484 aa  491  1e-137  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2568  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  51.69 
 
 
479 aa  491  1e-137  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.401694  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1352  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  52 
 
 
481 aa  491  1e-137  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.312061  normal  0.0948873 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2079  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  51.04 
 
 
481 aa  491  1e-137  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1989  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  51.68 
 
 
513 aa  486  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00458134 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1465  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  51.68 
 
 
479 aa  485  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.331125  normal  0.160256 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2051  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  51.68 
 
 
513 aa  486  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.390449  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2224  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  49.59 
 
 
481 aa  455  1.0000000000000001e-126  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.508935 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0979  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  31.25 
 
 
460 aa  208  2e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1591  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  30.64 
 
 
454 aa  190  5e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.558771  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0993  NOL1/NOP2/sun family protein  30.82 
 
 
436 aa  179  8e-44  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000219997  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2580  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  30.97 
 
 
454 aa  179  1e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1104  tRNA and rRNA cytosine-C5-methylase  30.02 
 
 
458 aa  177  3e-43  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1328  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  36.84 
 
 
457 aa  176  8e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.13819  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3160  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  30.1 
 
 
456 aa  176  9.999999999999999e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2695  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  36.62 
 
 
325 aa  173  5e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2172  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  28.12 
 
 
471 aa  173  6.999999999999999e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000128077  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1228  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  34.8 
 
 
339 aa  171  3e-41  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0007  ribosomal RNA methyltransferase NOP2  34.48 
 
 
336 aa  171  3e-41  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.138281 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1306  RNA methylase NOL1/NOP2/sun family  31.59 
 
 
457 aa  169  1e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.085217 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1936  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  28.7 
 
 
481 aa  168  2e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00306451  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5890  Fmu (Sun) domain protein  29.31 
 
 
453 aa  166  5.9999999999999996e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.133324  hitchhiker  0.00389453 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1005  rRNA methyltransferase, putative  29.5 
 
 
436 aa  166  8e-40  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.00439767  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1865  tRNA and rRNA cytosine-C5-methylase  29.01 
 
 
468 aa  164  3e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.92386  decreased coverage  0.000437678 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0341  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  34.9 
 
 
302 aa  164  5.0000000000000005e-39  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1219  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  34.49 
 
 
455 aa  162  1e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0692  tRNA and rRNA cytosine-C5-methylase  27.66 
 
 
470 aa  162  2e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.010029  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0282  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  31.92 
 
 
302 aa  161  2e-38  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2033  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  32.46 
 
 
302 aa  161  3e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2792  Fmu (Sun) domain-containing protein  30.25 
 
 
488 aa  161  3e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000540709  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1267  Fmu (Sun) domain protein  27.45 
 
 
460 aa  160  5e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0666  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  32.79 
 
 
302 aa  159  1e-37  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.728996  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3242  sun protein  33.33 
 
 
452 aa  158  3e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0117569  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0700  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  33.45 
 
 
321 aa  155  2e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3218  Fmu (Sun) domain-containing protein  29.07 
 
 
470 aa  154  5e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2064  Fmu (Sun) domain protein  31.16 
 
 
479 aa  152  1e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1752  sun protein  32.47 
 
 
444 aa  152  2e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.731166  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1485  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  33.22 
 
 
314 aa  149  1.0000000000000001e-34  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0901  Fmu (Sun) domain-containing protein  27.87 
 
 
455 aa  149  1.0000000000000001e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08073  nucleolar RNA methyltransferase (Nop2), putative (AFU_orthologue; AFUA_5G01760)  33 
 
 
788 aa  148  2.0000000000000003e-34  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.322316  normal  0.90309 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_91345  nucleolar RNA methyltransferase  32.88 
 
 
625 aa  146  6e-34  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.179856 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1707  sun protein  30.34 
 
 
453 aa  146  7.0000000000000006e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_2054  predicted protein  32.5 
 
 
485 aa  145  1e-33  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1108  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  34.27 
 
 
301 aa  144  2e-33  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000188231  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3594  sun protein  31.73 
 
 
448 aa  145  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_25394  predicted protein  33.45 
 
 
528 aa  145  2e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0571  sun protein  31.62 
 
 
455 aa  144  2e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0809795  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3528  sun protein  31.73 
 
 
448 aa  144  3e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB02220  nucleolus protein, putative  31.19 
 
 
695 aa  144  5e-33  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0735574  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2311  sun protein  30.22 
 
 
452 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.362668  hitchhiker  0.000826968 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0056  Fmu (Sun) domain-containing protein  27.29 
 
 
485 aa  141  1.9999999999999998e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0664  Fmu (Sun) domain protein  30.28 
 
 
430 aa  142  1.9999999999999998e-32  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1954  sun protein  32.61 
 
 
444 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2749  NOL1/NOP2/sun family protein  35.97 
 
 
319 aa  141  3e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0066  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase:Nop2p  32.96 
 
 
446 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6488  Fmu (Sun) domain protein  24.78 
 
 
464 aa  140  4.999999999999999e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.799417 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2830  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  31.92 
 
 
305 aa  139  1e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.82296  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0432  NOL1/NOP2/sun family protein  27.39 
 
 
468 aa  138  2e-31  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.218549 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1532  sun protein  31.39 
 
 
449 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0859  sun protein  29.79 
 
 
452 aa  137  6.0000000000000005e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3612  sun protein  31.11 
 
 
464 aa  137  6.0000000000000005e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0900  sun protein  30.07 
 
 
457 aa  135  9.999999999999999e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0744  sun protein  29.96 
 
 
443 aa  136  9.999999999999999e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.323768  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1064  sun protein  30.45 
 
 
447 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1437  sun protein  31.9 
 
 
430 aa  133  7.999999999999999e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3373  Sun protein  31.11 
 
 
448 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1737  Fmu (Sun) domain-containing protein  31.46 
 
 
465 aa  130  5.0000000000000004e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>