More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1848 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01806  predicted methyltransferase  66.67 
 
 
479 aa  662    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.88495  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1807  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  67.17 
 
 
481 aa  664    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0366277  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1281  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  66.09 
 
 
479 aa  654    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0638049  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01794  hypothetical protein  66.67 
 
 
479 aa  662    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1848  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  100 
 
 
484 aa  1005    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1840  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  72.9 
 
 
482 aa  725    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2113  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  69.7 
 
 
503 aa  659    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000343432 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2051  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  65.88 
 
 
513 aa  654    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.390449  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2405  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  66.31 
 
 
480 aa  648    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2568  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  66.67 
 
 
479 aa  664    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.401694  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1352  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  67.17 
 
 
481 aa  662    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.312061  normal  0.0948873 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1465  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  65.88 
 
 
479 aa  654    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.331125  normal  0.160256 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1989  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  66.09 
 
 
513 aa  654    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00458134 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1797  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  66.95 
 
 
481 aa  662    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.396046  normal  0.0585336 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2079  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  71.91 
 
 
481 aa  720    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2103  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  67.38 
 
 
481 aa  664    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0235271  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2136  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  93.39 
 
 
484 aa  936    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1926  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  66.95 
 
 
481 aa  662    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.79578  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2064  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  67.17 
 
 
481 aa  662    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.2344  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1993  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  66.09 
 
 
513 aa  655    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.956035 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003425  ribosomal RNA small subunit methyltransferase F  57.54 
 
 
478 aa  565  1e-160  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.837447  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02352  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  57.29 
 
 
501 aa  563  1.0000000000000001e-159  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1538  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  56.41 
 
 
473 aa  553  1e-156  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.317347  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1110  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  55.89 
 
 
503 aa  530  1e-149  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.153136  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2609  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  55.56 
 
 
474 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1665  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  55.23 
 
 
509 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1770  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  55.21 
 
 
510 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.475142  normal  0.596617 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1896  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  54.68 
 
 
505 aa  502  1e-141  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.167738 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1740  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  55 
 
 
510 aa  503  1e-141  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2568  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  54.47 
 
 
505 aa  499  1e-140  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.378579  normal  0.101279 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2210  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  54.7 
 
 
505 aa  500  1e-140  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2448  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  54.26 
 
 
505 aa  497  1e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2644  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  52.92 
 
 
478 aa  495  1e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0597695 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2455  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  53.85 
 
 
505 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2236  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  50.72 
 
 
484 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2224  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  52.62 
 
 
481 aa  489  1e-137  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.508935 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1583  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  52.28 
 
 
486 aa  484  1e-135  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.855297  normal  0.597939 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1986  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  51.76 
 
 
478 aa  481  1e-134  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0149307 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2039  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  51.7 
 
 
467 aa  476  1e-133  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.137623  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1927  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  51.13 
 
 
488 aa  474  1e-132  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2046  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  49.11 
 
 
505 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.362171  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1591  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  30.96 
 
 
454 aa  206  6e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.558771  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0979  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  37.42 
 
 
460 aa  206  8e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2580  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  32.02 
 
 
454 aa  205  1e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1219  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  35.6 
 
 
455 aa  195  1e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2172  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  29.61 
 
 
471 aa  195  1e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000128077  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1936  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  28.93 
 
 
481 aa  194  4e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00306451  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3160  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  36.74 
 
 
456 aa  191  2.9999999999999997e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2695  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  39.06 
 
 
325 aa  186  7e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1328  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  36.57 
 
 
457 aa  184  2.0000000000000003e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.13819  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1306  RNA methylase NOL1/NOP2/sun family  37.74 
 
 
457 aa  184  3e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.085217 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1104  tRNA and rRNA cytosine-C5-methylase  29.5 
 
 
458 aa  184  4.0000000000000006e-45  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1865  tRNA and rRNA cytosine-C5-methylase  36.28 
 
 
468 aa  183  6e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.92386  decreased coverage  0.000437678 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0692  tRNA and rRNA cytosine-C5-methylase  29.18 
 
 
470 aa  180  4e-44  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.010029  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0007  ribosomal RNA methyltransferase NOP2  35.37 
 
 
336 aa  177  4e-43  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.138281 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0901  Fmu (Sun) domain-containing protein  34.53 
 
 
455 aa  176  7e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2064  Fmu (Sun) domain protein  30.86 
 
 
479 aa  175  9.999999999999999e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2792  Fmu (Sun) domain-containing protein  27.69 
 
 
488 aa  172  1e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000540709  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3218  Fmu (Sun) domain-containing protein  34.84 
 
 
470 aa  170  4e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1228  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  33.23 
 
 
339 aa  170  5e-41  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08073  nucleolar RNA methyltransferase (Nop2), putative (AFU_orthologue; AFUA_5G01760)  35.9 
 
 
788 aa  168  2e-40  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.322316  normal  0.90309 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0282  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  36.59 
 
 
302 aa  168  2e-40  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6488  Fmu (Sun) domain protein  27.56 
 
 
464 aa  166  1.0000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.799417 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0341  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  38.31 
 
 
302 aa  165  2.0000000000000002e-39  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0993  NOL1/NOP2/sun family protein  37.89 
 
 
436 aa  162  2e-38  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000219997  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5890  Fmu (Sun) domain protein  29.17 
 
 
453 aa  162  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.133324  hitchhiker  0.00389453 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_91345  nucleolar RNA methyltransferase  33.75 
 
 
625 aa  162  2e-38  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.179856 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1954  sun protein  36.1 
 
 
444 aa  161  2e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_25394  predicted protein  33.55 
 
 
528 aa  160  4e-38  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2830  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  34.73 
 
 
305 aa  160  5e-38  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.82296  normal 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_2054  predicted protein  34.46 
 
 
485 aa  158  2e-37  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0700  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  34.91 
 
 
321 aa  158  2e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1752  sun protein  32.59 
 
 
444 aa  157  4e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.731166  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1005  rRNA methyltransferase, putative  26.07 
 
 
436 aa  156  1e-36  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.00439767  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB02220  nucleolus protein, putative  32.82 
 
 
695 aa  153  5.9999999999999996e-36  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0735574  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0066  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase:Nop2p  35.48 
 
 
446 aa  153  7e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1267  Fmu (Sun) domain protein  33.75 
 
 
460 aa  152  1e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0666  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  34.35 
 
 
302 aa  152  2e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.728996  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2033  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  33.66 
 
 
302 aa  151  2e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0664  Fmu (Sun) domain protein  31.1 
 
 
430 aa  152  2e-35  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1707  sun protein  32.99 
 
 
453 aa  151  3e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2749  NOL1/NOP2/sun family protein  36.76 
 
 
319 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2311  sun protein  33.92 
 
 
452 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.362668  hitchhiker  0.000826968 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1712  sun protein  30.82 
 
 
442 aa  147  3e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.212482  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1108  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  32.59 
 
 
301 aa  147  5e-34  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000188231  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0571  sun protein  30.29 
 
 
455 aa  145  1e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0809795  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1994  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  30.82 
 
 
442 aa  146  1e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1485  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  34.35 
 
 
314 aa  145  1e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1064  sun protein  32.25 
 
 
447 aa  145  2e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3242  sun protein  34.41 
 
 
452 aa  144  3e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0117569  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0056  Fmu (Sun) domain-containing protein  33.87 
 
 
485 aa  144  3e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0900  sun protein  34.43 
 
 
457 aa  143  6e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1532  sun protein  30.15 
 
 
449 aa  142  1.9999999999999998e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3528  sun protein  33.82 
 
 
448 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3594  sun protein  33.46 
 
 
448 aa  138  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3612  sun protein  32.27 
 
 
464 aa  138  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0526  tRNA (cytosine-5-)-methyltransferase  32.25 
 
 
499 aa  134  5e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2489  sun protein  29.97 
 
 
453 aa  133  6.999999999999999e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.968037  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4428  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  34.42 
 
 
449 aa  133  9e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0122  NOL1/NOP2/sun family protein  33.23 
 
 
429 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>