More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A1110 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_003425  ribosomal RNA small subunit methyltransferase F  72.38 
 
 
478 aa  749    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.837447  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02352  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  69.68 
 
 
501 aa  750    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1110  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  100 
 
 
503 aa  1048    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.153136  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1538  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  61.39 
 
 
473 aa  628  1e-179  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.317347  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2568  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  57.42 
 
 
479 aa  571  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.401694  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01806  predicted methyltransferase  56.78 
 
 
479 aa  567  1e-160  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.88495  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1926  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  56.78 
 
 
481 aa  565  1e-160  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.79578  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1807  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  56.57 
 
 
481 aa  565  1e-160  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0366277  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1797  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  56.78 
 
 
481 aa  565  1e-160  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.396046  normal  0.0585336 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2064  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  56.78 
 
 
481 aa  567  1e-160  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.2344  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2103  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  56.57 
 
 
481 aa  565  1e-160  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0235271  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01794  hypothetical protein  56.78 
 
 
479 aa  567  1e-160  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1993  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  53.49 
 
 
513 aa  565  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.956035 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1352  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  56.99 
 
 
481 aa  567  1e-160  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.312061  normal  0.0948873 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2051  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  53.29 
 
 
513 aa  563  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.390449  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1989  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  53.29 
 
 
513 aa  564  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00458134 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1465  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  55.84 
 
 
479 aa  562  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.331125  normal  0.160256 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1281  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  55.63 
 
 
479 aa  561  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0638049  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2113  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  56.9 
 
 
503 aa  545  1e-154  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000343432 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2405  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  55.3 
 
 
480 aa  542  1e-153  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1840  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  55.67 
 
 
482 aa  536  1e-151  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2136  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  56.1 
 
 
484 aa  536  1e-151  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1848  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  55.89 
 
 
484 aa  530  1e-149  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2236  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  54.72 
 
 
484 aa  525  1e-148  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1665  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  55.05 
 
 
509 aa  522  1e-147  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1740  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  54.94 
 
 
510 aa  522  1e-147  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2224  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  53.54 
 
 
481 aa  525  1e-147  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.508935 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2609  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  55.2 
 
 
474 aa  520  1e-146  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1770  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  54.94 
 
 
510 aa  520  1e-146  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.475142  normal  0.596617 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2079  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  54.56 
 
 
481 aa  520  1e-146  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2568  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  55 
 
 
505 aa  512  1e-144  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.378579  normal  0.101279 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2448  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  55 
 
 
505 aa  514  1e-144  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1896  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  54.7 
 
 
505 aa  513  1e-144  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.167738 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2210  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  54.93 
 
 
505 aa  511  1e-143  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1986  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  53.28 
 
 
478 aa  510  1e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0149307 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2455  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  54.79 
 
 
505 aa  511  1e-143  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1583  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  52.87 
 
 
486 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.855297  normal  0.597939 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1927  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  54.05 
 
 
488 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2644  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  52.43 
 
 
478 aa  500  1e-140  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0597695 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2046  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  48.62 
 
 
505 aa  472  1e-132  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.362171  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2039  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  50.32 
 
 
467 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.137623  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1591  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  33.83 
 
 
454 aa  232  1e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.558771  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0979  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  31.77 
 
 
460 aa  218  2e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2580  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  33.69 
 
 
454 aa  214  2.9999999999999995e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3160  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  31.03 
 
 
456 aa  208  2e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1936  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  29 
 
 
481 aa  201  3.9999999999999996e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00306451  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1219  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  28.78 
 
 
455 aa  191  2.9999999999999997e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1328  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  31.3 
 
 
457 aa  187  3e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.13819  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2172  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  29.56 
 
 
471 aa  187  3e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000128077  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2792  Fmu (Sun) domain-containing protein  28.69 
 
 
488 aa  186  7e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000540709  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1228  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  35.27 
 
 
339 aa  186  1.0000000000000001e-45  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1104  tRNA and rRNA cytosine-C5-methylase  29.17 
 
 
458 aa  182  1e-44  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0993  NOL1/NOP2/sun family protein  29.68 
 
 
436 aa  181  2e-44  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000219997  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1306  RNA methylase NOL1/NOP2/sun family  30.61 
 
 
457 aa  179  1e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.085217 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0007  ribosomal RNA methyltransferase NOP2  35.96 
 
 
336 aa  179  1e-43  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.138281 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5890  Fmu (Sun) domain protein  31.58 
 
 
453 aa  177  3e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.133324  hitchhiker  0.00389453 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0692  tRNA and rRNA cytosine-C5-methylase  28.86 
 
 
470 aa  176  8e-43  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.010029  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2695  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  37.23 
 
 
325 aa  175  1.9999999999999998e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1865  tRNA and rRNA cytosine-C5-methylase  29.96 
 
 
468 aa  173  5e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.92386  decreased coverage  0.000437678 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0341  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  38.85 
 
 
302 aa  172  1e-41  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_2054  predicted protein  37.21 
 
 
485 aa  172  2e-41  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3218  Fmu (Sun) domain-containing protein  29.92 
 
 
470 aa  171  2e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08073  nucleolar RNA methyltransferase (Nop2), putative (AFU_orthologue; AFUA_5G01760)  35.89 
 
 
788 aa  171  4e-41  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.322316  normal  0.90309 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1005  rRNA methyltransferase, putative  28.02 
 
 
436 aa  171  4e-41  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.00439767  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_25394  predicted protein  34.05 
 
 
528 aa  170  5e-41  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009048  PICST_91345  nucleolar RNA methyltransferase  32.76 
 
 
625 aa  170  6e-41  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.179856 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0901  Fmu (Sun) domain-containing protein  29.45 
 
 
455 aa  167  2.9999999999999998e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0700  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  35 
 
 
321 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0666  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  37.5 
 
 
302 aa  167  5e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.728996  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0282  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  35.22 
 
 
302 aa  162  1e-38  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB02220  nucleolus protein, putative  34.44 
 
 
695 aa  162  2e-38  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0735574  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6488  Fmu (Sun) domain protein  27.54 
 
 
464 aa  160  7e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.799417 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1267  Fmu (Sun) domain protein  29.06 
 
 
460 aa  158  2e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2033  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  36.15 
 
 
302 aa  157  6e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1954  sun protein  34.06 
 
 
444 aa  155  2e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2830  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  34.92 
 
 
305 aa  155  2e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.82296  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1485  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  35.71 
 
 
314 aa  154  2.9999999999999998e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0664  Fmu (Sun) domain protein  32.86 
 
 
430 aa  154  4e-36  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1752  sun protein  31.87 
 
 
444 aa  150  4e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.731166  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3242  sun protein  33.7 
 
 
452 aa  149  9e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0117569  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0900  sun protein  34.67 
 
 
457 aa  146  7.0000000000000006e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1108  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  34.19 
 
 
301 aa  146  7.0000000000000006e-34  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000188231  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2064  Fmu (Sun) domain protein  30.6 
 
 
479 aa  145  1e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2749  NOL1/NOP2/sun family protein  32.39 
 
 
319 aa  143  8e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0571  sun protein  31.54 
 
 
455 aa  143  9e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0809795  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2311  sun protein  32.53 
 
 
452 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.362668  hitchhiker  0.000826968 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1064  sun protein  31.64 
 
 
447 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1457  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  35.36 
 
 
335 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1513  tRNA and rRNA cytosine-C5-methylase  30.14 
 
 
448 aa  140  3.9999999999999997e-32  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1707  sun protein  31.51 
 
 
453 aa  140  6e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1541  RNA methylase  33.7 
 
 
275 aa  140  7e-32  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.719796  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3528  sun protein  30.63 
 
 
448 aa  139  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1532  sun protein  29.25 
 
 
449 aa  139  1e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0664  NOL1/NOP2/sun family protein  35.74 
 
 
279 aa  137  4e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.995091  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0066  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase:Nop2p  32.6 
 
 
446 aa  137  5e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2489  sun protein  30.03 
 
 
453 aa  137  6.0000000000000005e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.968037  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3594  sun protein  29.89 
 
 
448 aa  136  7.000000000000001e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1591  sun protein  33.09 
 
 
452 aa  135  9.999999999999999e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0056  Fmu (Sun) domain-containing protein  27.58 
 
 
485 aa  134  3e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1437  sun protein  31.48 
 
 
430 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>