More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003425 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009457  VC0395_A1110  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  72.38 
 
 
503 aa  749    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.153136  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1538  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  64.09 
 
 
473 aa  673    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.317347  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003425  ribosomal RNA small subunit methyltransferase F  100 
 
 
478 aa  996    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.837447  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02352  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  91.84 
 
 
501 aa  930    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01806  predicted methyltransferase  59.75 
 
 
479 aa  600  1e-170  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.88495  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01794  hypothetical protein  59.75 
 
 
479 aa  600  1e-170  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2064  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  59.75 
 
 
481 aa  600  1e-170  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.2344  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2103  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  59.54 
 
 
481 aa  596  1e-169  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0235271  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1926  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  59.54 
 
 
481 aa  595  1e-169  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.79578  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1797  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  59.54 
 
 
481 aa  595  1e-169  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.396046  normal  0.0585336 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1807  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  59.12 
 
 
481 aa  594  1e-168  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0366277  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2568  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  59.33 
 
 
479 aa  594  1e-168  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.401694  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1352  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  59.33 
 
 
481 aa  594  1e-168  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.312061  normal  0.0948873 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2051  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  58.19 
 
 
513 aa  590  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.390449  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1465  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  58.19 
 
 
479 aa  590  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.331125  normal  0.160256 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2405  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  59.12 
 
 
480 aa  590  1e-167  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1993  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  58.4 
 
 
513 aa  590  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.956035 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1989  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  58.19 
 
 
513 aa  590  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00458134 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1281  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  58.19 
 
 
479 aa  590  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0638049  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2113  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  59.28 
 
 
503 aa  568  1e-161  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000343432 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2136  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  57.54 
 
 
484 aa  565  1e-160  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1848  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  57.54 
 
 
484 aa  565  1e-160  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2224  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  55.17 
 
 
481 aa  558  1e-158  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.508935 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1840  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  56.63 
 
 
482 aa  555  1e-157  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2236  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  56.18 
 
 
484 aa  547  1e-154  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2079  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  54.83 
 
 
481 aa  536  1e-151  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2609  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  55.22 
 
 
474 aa  526  1e-148  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1665  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  54.91 
 
 
509 aa  523  1e-147  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1740  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  55.21 
 
 
510 aa  523  1e-147  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1770  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  54.79 
 
 
510 aa  522  1e-147  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.475142  normal  0.596617 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2210  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  54.93 
 
 
505 aa  518  1e-146  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1927  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  53.72 
 
 
488 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2568  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  53.47 
 
 
505 aa  513  1e-144  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.378579  normal  0.101279 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2644  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  54.27 
 
 
478 aa  512  1e-144  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0597695 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1583  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  52.93 
 
 
486 aa  512  1e-144  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.855297  normal  0.597939 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2448  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  53.67 
 
 
505 aa  513  1e-144  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1896  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  53.88 
 
 
505 aa  514  1e-144  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.167738 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2455  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  53.67 
 
 
505 aa  514  1e-144  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1986  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  53.85 
 
 
478 aa  508  9.999999999999999e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0149307 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2046  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  51.2 
 
 
505 aa  503  1e-141  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.362171  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2039  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  51.17 
 
 
467 aa  490  1e-137  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.137623  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1591  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  34.46 
 
 
454 aa  239  1e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.558771  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0979  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  31.87 
 
 
460 aa  222  9.999999999999999e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2580  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  33.75 
 
 
454 aa  214  3.9999999999999995e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1936  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  29.44 
 
 
481 aa  212  1e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00306451  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0993  NOL1/NOP2/sun family protein  30.92 
 
 
436 aa  196  8.000000000000001e-49  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000219997  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2172  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  30.92 
 
 
471 aa  195  2e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000128077  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3160  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  42.91 
 
 
456 aa  194  3e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2792  Fmu (Sun) domain-containing protein  29.64 
 
 
488 aa  190  5.999999999999999e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000540709  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1328  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  32.31 
 
 
457 aa  188  2e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.13819  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1228  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  36.01 
 
 
339 aa  187  4e-46  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1219  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  29.77 
 
 
455 aa  184  4.0000000000000006e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1306  RNA methylase NOL1/NOP2/sun family  33.16 
 
 
457 aa  183  7e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.085217 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5890  Fmu (Sun) domain protein  31.49 
 
 
453 aa  181  2.9999999999999997e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.133324  hitchhiker  0.00389453 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0007  ribosomal RNA methyltransferase NOP2  37.37 
 
 
336 aa  181  2.9999999999999997e-44  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.138281 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1104  tRNA and rRNA cytosine-C5-methylase  29.52 
 
 
458 aa  180  5.999999999999999e-44  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2695  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  37.96 
 
 
325 aa  178  2e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1005  rRNA methyltransferase, putative  28.6 
 
 
436 aa  175  9.999999999999999e-43  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.00439767  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0700  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  35.51 
 
 
321 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_25394  predicted protein  36.06 
 
 
528 aa  174  3.9999999999999995e-42  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_2054  predicted protein  36.36 
 
 
485 aa  173  5.999999999999999e-42  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0341  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  37.63 
 
 
302 aa  173  7.999999999999999e-42  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0692  tRNA and rRNA cytosine-C5-methylase  28.14 
 
 
470 aa  171  2e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.010029  n/a   
 
 
-
 
NC_009048  PICST_91345  nucleolar RNA methyltransferase  33.94 
 
 
625 aa  169  7e-41  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.179856 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6488  Fmu (Sun) domain protein  27.39 
 
 
464 aa  169  1e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.799417 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0901  Fmu (Sun) domain-containing protein  30.08 
 
 
455 aa  169  1e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0282  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  32.9 
 
 
302 aa  169  1e-40  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3218  Fmu (Sun) domain-containing protein  29.65 
 
 
470 aa  168  2e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB02220  nucleolus protein, putative  36.36 
 
 
695 aa  167  4e-40  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0735574  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1865  tRNA and rRNA cytosine-C5-methylase  28.36 
 
 
468 aa  166  6.9999999999999995e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.92386  decreased coverage  0.000437678 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1267  Fmu (Sun) domain protein  28.05 
 
 
460 aa  165  2.0000000000000002e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08073  nucleolar RNA methyltransferase (Nop2), putative (AFU_orthologue; AFUA_5G01760)  33.99 
 
 
788 aa  164  3e-39  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.322316  normal  0.90309 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0666  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  34.74 
 
 
302 aa  163  5.0000000000000005e-39  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.728996  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2033  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  31.82 
 
 
302 aa  163  8.000000000000001e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1485  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  36.73 
 
 
314 aa  160  6e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2064  Fmu (Sun) domain protein  29.55 
 
 
479 aa  158  2e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1108  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  36.84 
 
 
301 aa  155  2e-36  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000188231  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0900  sun protein  35.29 
 
 
457 aa  154  2.9999999999999998e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3242  sun protein  32.62 
 
 
452 aa  152  2e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0117569  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1707  sun protein  33.45 
 
 
453 aa  150  4e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2830  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  33 
 
 
305 aa  149  8e-35  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.82296  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2749  NOL1/NOP2/sun family protein  32.05 
 
 
319 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0066  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase:Nop2p  34.3 
 
 
446 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1752  sun protein  31.5 
 
 
444 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.731166  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0664  Fmu (Sun) domain protein  31.1 
 
 
430 aa  148  2.0000000000000003e-34  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2311  sun protein  32.88 
 
 
452 aa  146  8.000000000000001e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.362668  hitchhiker  0.000826968 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1954  sun protein  32.61 
 
 
444 aa  145  2e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0571  sun protein  31.39 
 
 
455 aa  143  6e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0809795  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1541  RNA methylase  34.69 
 
 
275 aa  141  3e-32  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.719796  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2489  sun protein  29.79 
 
 
453 aa  141  3e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.968037  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1064  sun protein  31.65 
 
 
447 aa  140  3e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0432  NOL1/NOP2/sun family protein  28.75 
 
 
468 aa  139  8.999999999999999e-32  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.218549 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0193  sun protein  31.23 
 
 
448 aa  139  8.999999999999999e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000593735  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3594  sun protein  30.77 
 
 
448 aa  138  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3528  sun protein  30.26 
 
 
448 aa  138  2e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1591  sun protein  33.11 
 
 
452 aa  138  2e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1532  sun protein  28.62 
 
 
449 aa  138  2e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1457  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  37.5 
 
 
335 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3612  sun protein  32.23 
 
 
464 aa  137  5e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0664  NOL1/NOP2/sun family protein  34.24 
 
 
279 aa  135  9.999999999999999e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.995091  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>