More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_3322 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_3322  hypothetical protein  100 
 
 		 136 aa  280  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3337  hypothetical protein  99.26 
 
 		 136 aa  276  8e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.853858  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00241  predicted transcriptional regulator  96.32 
 
 		 136 aa  249  7e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00244  hypothetical protein  96.32 
 
 		 136 aa  249  7e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0322  transcriptional regulator, LysR family  97.35 
 
 		 299 aa  238  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.785134 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5891  LysR family transcriptional regulator  73.15 
 
 		 295 aa  184  4e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0761198  normal  0.505648 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0900  LysR family transcriptional regulator  60.91 
 
 		 300 aa  162  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4562  transcriptional regulator, LysR family  57.01 
 
 		 298 aa  144  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.195043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4298  transcriptional regulator, LysR family  56.19 
 
 		 298 aa  141  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3204  LysR family transcriptional regulator  50.45 
 
 		 297 aa  127  3e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1924  transcriptional regulator, LysR family  40.95 
 
 		 302 aa  93.2  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42060  putative transcriptional regulator  38.1 
 
 		 304 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2811  transcriptional regulator, LysR family  39.29 
 
 		 305 aa  86.7  9e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0947284  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1578  transcriptional regulator, LysR family  37.14 
 
 		 297 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.801813  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7340  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 327 aa  85.5  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.532831  normal  0.956195 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0489  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 311 aa  84.3  5e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3801  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.19 
 
 		 297 aa  84  6e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000297403 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2350  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 298 aa  82.8  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5263  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 		 324 aa  82.8  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6771  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 301 aa  82.8  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.793683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6689  LysR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 308 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.893822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2204  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 311 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.587301  normal  0.0241601 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0574  LysR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 301 aa  82  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1059  transcriptional regulator, LysR family  35.34 
 
 		 324 aa  81.3  0.000000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5722  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 300 aa  80.9  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0793  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 300 aa  80.9  0.000000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.672309  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0328  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 297 aa  80.5  0.000000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.312105 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0654  transcriptional regulator, LysR family  34.29 
 
 		 297 aa  80.1  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.479853  normal  0.295928 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4855  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 298 aa  79  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0794754  normal  0.116025 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0156  transcriptional regulator, LysR family  35.58 
 
 		 307 aa  78.6  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000497114  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0148  LysR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 307 aa  78.2  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3068  transcriptional regulator  34.26 
 
 		 306 aa  78.2  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0403  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 298 aa  77.8  0.00000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.13446  normal  0.539127 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3099  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  78.2  0.00000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0573562 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3362  transcriptional regulator, LysR family  35.45 
 
 		 305 aa  77.8  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2471  transcriptional regulator, LysR family  30.84 
 
 		 299 aa  77  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1771  LysR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3707  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 324 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130798  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3000  LysR family substrate binding transcriptional regulator  32.38 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2317  transcriptional regulator, LysR family  34.91 
 
 		 298 aa  76.3  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.216454  normal  0.852232 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4527  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 312 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3077  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1903  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  32.38 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00435241 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3210  LysR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 304 aa  75.9  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5052  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 299 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3905  LysR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 295 aa  75.9  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.443804  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3395  transcriptional regulator, LysR family  32.71 
 
 		 294 aa  75.5  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.157275 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5839  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  75.5  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.482004 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1134  transcriptional regulator, LysR family  33.64 
 
 		 297 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.329644 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2916  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 297 aa  75.9  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1360  transcriptional regulator, LysR family  35.48 
 
 		 297 aa  75.1  0.0000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1179  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 303 aa  75.1  0.0000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.706209 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1524  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 302 aa  75.5  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0551916 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0452  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 304 aa  75.1  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0839  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 297 aa  75.1  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0678785 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7194  transcriptional regulator, LysR family  37.96 
 
 		 312 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3279  LysR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 301 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215676  normal  0.160161 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0798  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 302 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.445476 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0040  transcriptional regulator, LysR family  36.46 
 
 		 303 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0152  transcriptional regulator  34.91 
 
 		 296 aa  74.3  0.0000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2269  transcriptional regulator, LysR family  32.38 
 
 		 297 aa  73.9  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0134543  normal  0.0909458 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4389  LysR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 314 aa  73.9  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3237  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  74.3  0.0000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2096  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 306 aa  73.9  0.0000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.785478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3238  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 305 aa  73.9  0.0000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.722588 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0366  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 298 aa  73.6  0.0000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3337  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 302 aa  73.6  0.0000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3171  LysR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 305 aa  73.2  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3219  LysR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 301 aa  73.6  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.888048  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0527  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 297 aa  72.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0443839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3612  transcriptional regulator, LysR family  31.43 
 
 		 296 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6154  transcriptional regulator, LysR family  31.43 
 
 		 297 aa  72  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5747  transcriptional regulator, LysR family  31.78 
 
 		 304 aa  72.8  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.017343  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0631  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 296 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2943  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 297 aa  71.6  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.703981  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4617  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 299 aa  71.6  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0025  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 295 aa  72  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1168  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 297 aa  71.2  0.000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.391598 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8328  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 310 aa  71.6  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0347  transcriptional regulator, LysR family  31.9 
 
 		 308 aa  71.6  0.000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.102697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0049  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 295 aa  71.6  0.000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0205  transcription regulator protein  31.19 
 
 		 300 aa  71.2  0.000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.711353 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1929  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 308 aa  70.9  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0522  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0037092  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35510  Regulatory protein, LysR family  31.43 
 
 		 301 aa  70.9  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1953  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 297 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.139294 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1684  transcriptional regulator, LysR family  33.04 
 
 		 314 aa  70.9  0.000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.444632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4450  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 297 aa  70.5  0.000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.844773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4895  LysR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 297 aa  70.5  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3178  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 307 aa  70.5  0.000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5477  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 301 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4885  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 301 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5385  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 301 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.253203 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00904  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.08 
 
 		 302 aa  70.1  0.000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.715492  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1006  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 302 aa  70.1  0.000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03073  transcription regulator protein  28.7 
 
 		 297 aa  70.1  0.000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0327  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 308 aa  70.1  0.000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.107285  normal  0.389567 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00911  hypothetical protein  32.08 
 
 		 302 aa  70.1  0.000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2696  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 302 aa  70.1  0.000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.731627 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1528  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 307 aa  70.1  0.000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.442273  normal  0.763545 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>