More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2044 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2044  HTH-type transcriptional regulator  100 
 
 		 488 aa  998    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.411969 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0156  GntR family transcriptional regulator  56.17 
 
 		 488 aa  541  1e-153  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4274  GntR family transcriptional regulator  52.11 
 
 		 499 aa  493  9.999999999999999e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.334325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3508  GntR family transcriptional regulator  48.96 
 
 		 489 aa  449  1e-125  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1648  GntR family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 495 aa  441  9.999999999999999e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4858  GntR family transcriptional regulator  46.89 
 
 		 491 aa  436  1e-121  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0612909 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4017  GntR family transcriptional regulator  47.38 
 
 		 489 aa  432  1e-120  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1835  putative transcriptional regulator  45.7 
 
 		 491 aa  421  1e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.752029  normal  0.359008 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2850  GntR family transcriptional regulator  44.35 
 
 		 495 aa  394  1e-108  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.107434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2022  transcriptional regulator  40.98 
 
 		 509 aa  360  2e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.190123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3752  GntR family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 513 aa  361  2e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.840218  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0071  GntR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 496 aa  358  9e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1990  GntR family transcriptional regulator  39.96 
 
 		 508 aa  352  8.999999999999999e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6226  transcriptional regulator  39.71 
 
 		 509 aa  345  8.999999999999999e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4374  putative transcriptional regulator, GntR family  38.96 
 
 		 508 aa  345  1e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0695  GntR family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 508 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0519778  hitchhiker  0.00612564 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4514  transcriptional regulator  39.75 
 
 		 509 aa  333  5e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.260672 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0109  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  40.98 
 
 		 513 aa  332  1e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.290721  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4287  GntR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 512 aa  323  5e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00564262  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3848  transcriptional regulator, GntR family  40.84 
 
 		 506 aa  322  8e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0135  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 527 aa  315  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.868038  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5672  transcriptional regulator  40.55 
 
 		 508 aa  311  1e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179378 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4755  transcriptional regulator  39.26 
 
 		 501 aa  307  3e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0046  transcriptional regulator  36.27 
 
 		 490 aa  305  1.0000000000000001e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0170475 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0157  GntR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 486 aa  305  1.0000000000000001e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0025  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.13 
 
 		 494 aa  277  4e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1493  GntR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 497 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.40552 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2546  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  33.81 
 
 		 497 aa  218  2e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.474867  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0346  GntR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 476 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1714  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.05 
 
 		 488 aa  214  2.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0550689  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2234  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  33.33 
 
 		 497 aa  213  7.999999999999999e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03480  GntR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 473 aa  212  1e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000129974 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1805  GntR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 504 aa  211  4e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1740  GntR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 494 aa  209  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.844969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4266  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 494 aa  208  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501313  normal  0.325137 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4100  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 494 aa  208  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.959861  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2153  transcriptional regulator  33.47 
 
 		 502 aa  207  3e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387109 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1641  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  33.62 
 
 		 488 aa  207  3e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.119637  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3750  GntR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 477 aa  207  4e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3251  transcriptional regulator  32.5 
 
 		 494 aa  206  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2013  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 498 aa  206  1e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1866  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  31.98 
 
 		 495 aa  204  4e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4167  transcriptional regulator  33.68 
 
 		 509 aa  202  9e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.117681  normal  0.924645 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3694  GntR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 494 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.385244  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0760  GntR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 490 aa  201  3.9999999999999996e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.996679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4318  GntR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 504 aa  200  3.9999999999999996e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.632192  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1783  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  29.4 
 
 		 501 aa  200  3.9999999999999996e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.26432  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4307  transcriptional regulator  32.38 
 
 		 488 aa  200  5e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5427  transcriptional regulator  30.48 
 
 		 490 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.491975  normal  0.163691 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1217  GntR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 501 aa  199  1.0000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1334  transcriptional regulator  30.17 
 
 		 501 aa  199  1.0000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3105  GntR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 501 aa  198  2.0000000000000003e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1609  GntR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 569 aa  196  5.000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0318445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3611  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  30.56 
 
 		 485 aa  196  6e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.444902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4324  transcriptional regulator  33.4 
 
 		 495 aa  196  6e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.203783 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3107  transcriptional regulator  32.18 
 
 		 478 aa  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.936861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4510  transcriptional regulator  32.26 
 
 		 489 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.111052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3492  GntR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 473 aa  194  4e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.249903  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4441  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  31.89 
 
 		 490 aa  192  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.944559 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1208  GntR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 574 aa  192  1e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0891  transcriptional regulator  30.08 
 
 		 504 aa  192  2e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00132013  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3289  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  30.15 
 
 		 485 aa  191  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1688  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 491 aa  191  2.9999999999999997e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.82306  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1076  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  29.69 
 
 		 472 aa  190  4e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000690216  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0565  GntR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 493 aa  190  5.999999999999999e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.41207 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0801  regulatory protein GntR, HTH  30.54 
 
 		 508 aa  189  1e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0129569  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4510  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 493 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.670433 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6316  GntR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 493 aa  187  4e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.910059  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0439  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  31.01 
 
 		 517 aa  187  5e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1152  GntR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 492 aa  186  6e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0222  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  30.85 
 
 		 464 aa  186  7e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0024  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  32.65 
 
 		 473 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0173306 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1085  GntR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 475 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.350273 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3365  transcriptional regulator  30.37 
 
 		 503 aa  184  3e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.987625  normal  0.688219 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0136  GntR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 496 aa  184  4.0000000000000006e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2866  GntR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 492 aa  184  5.0000000000000004e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.156549  normal  0.161976 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2233  GntR family transcriptional regulator  33.26 
 
 		 488 aa  184  5.0000000000000004e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.420665  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5240  transcriptional regulator  30.08 
 
 		 502 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3711  transcriptional regulator  28.26 
 
 		 504 aa  183  6e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0129081 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4710  GntR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 502 aa  183  6e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.991475  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0205  transcriptional regulator, GntR family  30.91 
 
 		 463 aa  183  7e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000146418 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2172  GntR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 477 aa  183  7e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0192  GntR family regulatory protein  33.1 
 
 		 570 aa  183  8.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3840  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  33.94 
 
 		 499 aa  182  9.000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5076  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  28.85 
 
 		 472 aa  182  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0621  GntR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 547 aa  182  1e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0281  GntR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 503 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5126  GntR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 492 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.835239  normal  0.332894 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5360  GntR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 502 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.881059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4910  transcriptional regulator  30.37 
 
 		 502 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1682  transcriptional regulator  33.92 
 
 		 493 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3006  GntR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 502 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0415  GntR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 520 aa  181  4e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1600  GntR family regulatory protein  32.86 
 
 		 493 aa  180  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3202  GntR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 478 aa  180  4.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00416739 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4520  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  29.37 
 
 		 501 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2793  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 444 aa  180  5.999999999999999e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.102841 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3719  transcriptional regulator  33.11 
 
 		 476 aa  180  5.999999999999999e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1533  GntR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 559 aa  180  7e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1952  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  27.83 
 
 		 465 aa  179  8e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00720437  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>