More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1648 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007488  RSP_4017  GntR family transcriptional regulator  73.21 
 
 		 489 aa  696    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1648  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 495 aa  992    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3508  GntR family transcriptional regulator  54.62 
 
 		 489 aa  503  1e-141  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4858  GntR family transcriptional regulator  54.37 
 
 		 491 aa  495  1e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0612909 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1835  putative transcriptional regulator  50.92 
 
 		 491 aa  477  1e-133  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.752029  normal  0.359008 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0156  GntR family transcriptional regulator  48.35 
 
 		 488 aa  449  1e-125  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4274  GntR family transcriptional regulator  48.67 
 
 		 499 aa  443  1e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.334325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2044  HTH-type transcriptional regulator  47.42 
 
 		 488 aa  441  9.999999999999999e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.411969 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2850  GntR family transcriptional regulator  47.13 
 
 		 495 aa  398  1e-109  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.107434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3752  GntR family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 513 aa  377  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.840218  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0695  GntR family transcriptional regulator  44.11 
 
 		 508 aa  362  6e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0519778  hitchhiker  0.00612564 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2022  transcriptional regulator  43.45 
 
 		 509 aa  356  3.9999999999999996e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.190123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6226  transcriptional regulator  42.97 
 
 		 509 aa  353  4e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3848  transcriptional regulator, GntR family  42.74 
 
 		 506 aa  353  5.9999999999999994e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4374  putative transcriptional regulator, GntR family  41.06 
 
 		 508 aa  350  4e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0071  GntR family transcriptional regulator  43.67 
 
 		 496 aa  348  1e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1990  GntR family transcriptional regulator  42.89 
 
 		 508 aa  347  3e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4287  GntR family transcriptional regulator  42.04 
 
 		 512 aa  342  8e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00564262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5672  transcriptional regulator  43.93 
 
 		 508 aa  337  1.9999999999999998e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179378 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0046  transcriptional regulator  38.08 
 
 		 490 aa  330  5.0000000000000004e-89  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0170475 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4514  transcriptional regulator  43.28 
 
 		 509 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.260672 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4755  transcriptional regulator  42.3 
 
 		 501 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0109  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  41.21 
 
 		 513 aa  320  5e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.290721  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0135  GntR family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 527 aa  311  2e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.868038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0157  GntR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 486 aa  300  3e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0025  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.08 
 
 		 494 aa  277  4e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1493  GntR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 497 aa  256  7e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.40552 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2172  GntR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 477 aa  215  9.999999999999999e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2546  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  32.27 
 
 		 497 aa  204  3e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.474867  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1334  transcriptional regulator  31.47 
 
 		 501 aa  202  9.999999999999999e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3105  GntR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 501 aa  201  1.9999999999999998e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1783  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  32.66 
 
 		 501 aa  201  3e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.26432  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2234  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  31.94 
 
 		 497 aa  200  5e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1217  GntR family transcriptional regulator  31.26 
 
 		 501 aa  199  7.999999999999999e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6889  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  32.5 
 
 		 515 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0343806  normal  0.248624 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0835  GntR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 501 aa  197  5.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.255171 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5427  transcriptional regulator  32.31 
 
 		 490 aa  196  1e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.491975  normal  0.163691 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1866  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  32.16 
 
 		 495 aa  196  1e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3492  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 473 aa  193  7e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.249903  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3611  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  33.47 
 
 		 485 aa  192  9e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.444902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0801  regulatory protein GntR, HTH  33.33 
 
 		 508 aa  192  1e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0129569  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1952  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  30.11 
 
 		 465 aa  192  1e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00720437  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6316  GntR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 493 aa  192  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.910059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4520  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  30.47 
 
 		 501 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5117  transcriptional regulator  32.44 
 
 		 508 aa  191  4e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.0000000208159  normal  0.0731219 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4307  transcriptional regulator  32.43 
 
 		 488 aa  190  4e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1609  GntR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 569 aa  190  5e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0318445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4318  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 504 aa  190  5.999999999999999e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.632192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0136  GntR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 496 aa  190  5.999999999999999e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1641  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.27 
 
 		 488 aa  189  8e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.119637  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0760  GntR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 490 aa  189  9e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.996679  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0030  putative transcription regulator protein  32.85 
 
 		 509 aa  189  1e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1805  GntR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 504 aa  189  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1740  GntR family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 494 aa  189  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.844969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2934  GntR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 513 aa  189  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2013  GntR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 498 aa  189  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5342  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 		 509 aa  188  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000722465 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5360  GntR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 502 aa  188  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.881059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3006  GntR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 502 aa  188  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4910  transcriptional regulator  30.74 
 
 		 502 aa  188  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2171  GntR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 507 aa  187  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.164401  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03480  GntR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 473 aa  187  3e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000129974 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0430  GntR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 506 aa  187  4e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1714  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.06 
 
 		 488 aa  187  4e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0550689  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1809  GntR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 506 aa  187  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3251  transcriptional regulator  35.98 
 
 		 494 aa  187  5e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0480  GntR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 509 aa  187  5e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.320093  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1925  GntR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 488 aa  187  5e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4266  GntR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 494 aa  186  7e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501313  normal  0.325137 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4100  GntR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 494 aa  186  7e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.959861  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3750  GntR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 477 aa  186  9e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2364  GntR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 506 aa  186  9e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0684851  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2153  transcriptional regulator  34.36 
 
 		 502 aa  186  9e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387109 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5056  regulatory protein, GntR  34.22 
 
 		 520 aa  186  9e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.0000152055  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0817  GntR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 506 aa  186  9e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.389843  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5633  GntR family transcriptional regulator  33.41 
 
 		 517 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000615538  normal  0.236104 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2503  GntR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 506 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2866  GntR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 492 aa  185  2.0000000000000003e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.156549  normal  0.161976 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4441  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.29 
 
 		 490 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.944559 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5251  GntR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 509 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3694  GntR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 494 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.385244  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4710  GntR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 502 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.991475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4324  transcriptional regulator  36.46 
 
 		 495 aa  184  3e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.203783 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5240  transcriptional regulator  30.52 
 
 		 502 aa  184  3e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4510  transcriptional regulator  32.73 
 
 		 489 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.111052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0346  GntR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 476 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0641  GntR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 506 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.371693  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3811  transcriptional regulator  32.01 
 
 		 507 aa  184  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6219  putative transcriptional regulator  35.44 
 
 		 491 aa  183  6e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2297  GntR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 501 aa  183  6e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.35156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3202  GntR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 478 aa  183  7e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00416739 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2795  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  33.33 
 
 		 500 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.77384  normal  0.599586 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4167  transcriptional regulator  36.29 
 
 		 509 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.117681  normal  0.924645 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1688  GntR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 491 aa  182  1e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.82306  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3289  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  35.26 
 
 		 485 aa  182  1e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1162  transcriptional regulator, GntR family  28.86 
 
 		 479 aa  182  2e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00200277  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3295  GntR family transcriptional regulator  31.59 
 
 		 507 aa  182  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.761418 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3610  transcriptional regulator  32.08 
 
 		 507 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.530067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3917  GntR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 507 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4449  GntR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 507 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>