More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2013 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3750  GntR family transcriptional regulator  99.16 
 
 		 477 aa  955    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2013  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 498 aa  1004    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2153  transcriptional regulator  96.53 
 
 		 502 aa  953    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387109 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3202  GntR family transcriptional regulator  59.87 
 
 		 478 aa  590  1e-167  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00416739 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1740  GntR family transcriptional regulator  50.32 
 
 		 494 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.844969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4167  transcriptional regulator  48.95 
 
 		 509 aa  431  1e-119  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.117681  normal  0.924645 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4266  GntR family transcriptional regulator  49.17 
 
 		 494 aa  431  1e-119  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501313  normal  0.325137 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3251  transcriptional regulator  49.37 
 
 		 494 aa  431  1e-119  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4100  GntR family transcriptional regulator  49.17 
 
 		 494 aa  431  1e-119  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.959861  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3694  GntR family transcriptional regulator  49.16 
 
 		 494 aa  430  1e-119  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.385244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4510  transcriptional regulator  47.95 
 
 		 489 aa  419  1e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.111052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4324  transcriptional regulator  49.15 
 
 		 495 aa  419  1e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.203783 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0346  GntR family transcriptional regulator  50.31 
 
 		 476 aa  419  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03480  GntR family transcriptional regulator  50.94 
 
 		 473 aa  421  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000129974 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1805  GntR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 504 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1085  GntR family transcriptional regulator  50.42 
 
 		 475 aa  413  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.350273 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4441  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  47.35 
 
 		 490 aa  409  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.944559 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3611  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  47.02 
 
 		 485 aa  403  1e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.444902  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3289  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  46.3 
 
 		 485 aa  403  1e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0760  GntR family transcriptional regulator  46.63 
 
 		 490 aa  405  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.996679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4318  GntR family transcriptional regulator  45.23 
 
 		 504 aa  401  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.632192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1208  GntR family transcriptional regulator  46.95 
 
 		 574 aa  391  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1682  transcriptional regulator  47.26 
 
 		 493 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1600  GntR family regulatory protein  47.26 
 
 		 493 aa  382  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0192  GntR family regulatory protein  47.06 
 
 		 570 aa  380  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1641  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  45.45 
 
 		 488 aa  345  1e-93  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.119637  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1714  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  44.89 
 
 		 488 aa  343  2.9999999999999997e-93  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0550689  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1688  GntR family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 491 aa  328  1.0000000000000001e-88  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.82306  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2233  GntR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 488 aa  328  1.0000000000000001e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.420665  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2297  GntR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 501 aa  291  2e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.35156  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5342  GntR family transcriptional regulator  38.4 
 
 		 509 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000722465 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1933  GntR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 490 aa  270  4e-71  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.100433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2172  GntR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 477 aa  269  1e-70  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0136  GntR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 496 aa  268  1e-70  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5251  GntR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 509 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5633  GntR family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 517 aa  263  4e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000615538  normal  0.236104 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5391  transcriptional regulator  37.88 
 
 		 509 aa  263  6e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253395  normal  0.0145041 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5117  transcriptional regulator  37.4 
 
 		 508 aa  259  9e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.0000000208159  normal  0.0731219 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4721  GntR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 492 aa  256  7e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.967408  normal  0.610442 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4510  GntR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 493 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.670433 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5126  GntR family transcriptional regulator  37.34 
 
 		 492 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.835239  normal  0.332894 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2224  transcriptional regulator  37.6 
 
 		 510 aa  249  9e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0182275 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1152  GntR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 492 aa  249  1e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5504  transcriptional regulator, GntR family  35.24 
 
 		 520 aa  248  2e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1925  GntR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 488 aa  248  2e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3267  transcriptional regulator  37.34 
 
 		 492 aa  247  4e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3352  GntR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 485 aa  247  4e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1143  GntR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 496 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6316  GntR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 493 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.910059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1023  transcriptional regulator  33.05 
 
 		 485 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.582702 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5851  transcriptional regulator  36.31 
 
 		 520 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.475987  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1011  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  33.48 
 
 		 485 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5056  regulatory protein, GntR  35.24 
 
 		 520 aa  245  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.0000152055  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3719  transcriptional regulator  36.5 
 
 		 476 aa  244  3e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3003  GntR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 487 aa  244  3e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.32  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5145  transcriptional regulator  35.88 
 
 		 516 aa  244  3e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4617  GntR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 516 aa  243  5e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.814489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0989  GntR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 485 aa  243  6e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4139  GntR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 503 aa  243  7e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.5231  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1609  GntR family transcriptional regulator  35.7 
 
 		 569 aa  243  7e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0318445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4910  transcriptional regulator  35.34 
 
 		 502 aa  242  1e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5360  GntR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 502 aa  242  1e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.881059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3006  GntR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 502 aa  242  1e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2795  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.23 
 
 		 500 aa  241  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.77384  normal  0.599586 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0130  GntR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 490 aa  241  2e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0025  transcriptional regulator  38.41 
 
 		 481 aa  241  2e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.17702 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6170  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.79 
 
 		 523 aa  241  2e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0801  regulatory protein GntR, HTH  37.77 
 
 		 508 aa  240  5e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0129569  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5076  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.14 
 
 		 472 aa  239  8e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000463  transcriptional regulator  32.18 
 
 		 467 aa  239  9e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.566945  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4710  GntR family transcriptional regulator  35.01 
 
 		 502 aa  239  9e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.991475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3365  transcriptional regulator  34.54 
 
 		 503 aa  239  1e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.987625  normal  0.688219 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5240  transcriptional regulator  35.01 
 
 		 502 aa  239  1e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2304  regulatory protein GntR, HTH  33.67 
 
 		 475 aa  238  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8097  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  38.6 
 
 		 471 aa  238  3e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2546  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  33.81 
 
 		 497 aa  237  3e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.474867  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2234  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.82 
 
 		 497 aa  238  3e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0986  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.04 
 
 		 495 aa  237  4e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0281  GntR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 503 aa  237  5.0000000000000005e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10010  putative transcriptional regulator  36.08 
 
 		 496 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.287288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0835  GntR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 501 aa  236  6e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.255171 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0044  GntR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 493 aa  236  7e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0030  putative transcription regulator protein  35.89 
 
 		 509 aa  235  1.0000000000000001e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1108  GntR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 492 aa  235  1.0000000000000001e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.851329 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5345  transcriptional regulator  36.27 
 
 		 506 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0493543 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4520  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.11 
 
 		 501 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5048  transcriptional regulator  35.38 
 
 		 502 aa  234  3e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.528927 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3074  GntR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 470 aa  234  3e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3892  GntR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 492 aa  234  3e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.179019  normal  0.485504 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1910  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.53 
 
 		 494 aa  233  5e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.279247  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3711  transcriptional regulator  33.54 
 
 		 504 aa  233  7.000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0129081 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2017  transcriptional regulator  31.28 
 
 		 505 aa  233  7.000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.70352  normal  0.217844 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0345  transcriptional regulator, GntR family  30.72 
 
 		 470 aa  233  8.000000000000001e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.469578  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3397  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  35.97 
 
 		 504 aa  233  8.000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3403  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.39 
 
 		 489 aa  233  9e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.335079 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4852  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 523 aa  231  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.791352 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2382  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.64 
 
 		 503 aa  231  3e-59  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0552603  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3720  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.97 
 
 		 507 aa  231  3e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2128  GntR family transcriptional regulator  33.4 
 
 		 564 aa  230  4e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.203472  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0495  transcriptional regulator  33.4 
 
 		 561 aa  230  4e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.885427  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>