More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4167 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010086  Bmul_4324  transcriptional regulator  87.92 
 
 		 495 aa  835    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.203783 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1682  transcriptional regulator  69.59 
 
 		 493 aa  639    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4167  transcriptional regulator  100 
 
 		 509 aa  1014    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.117681  normal  0.924645 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0192  GntR family regulatory protein  69.25 
 
 		 570 aa  637    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1740  GntR family transcriptional regulator  91.7 
 
 		 494 aa  900    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.844969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1208  GntR family transcriptional regulator  69.18 
 
 		 574 aa  637    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3251  transcriptional regulator  90.89 
 
 		 494 aa  893    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0760  GntR family transcriptional regulator  63.84 
 
 		 490 aa  635    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.996679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4266  GntR family transcriptional regulator  90.89 
 
 		 494 aa  895    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501313  normal  0.325137 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4100  GntR family transcriptional regulator  90.89 
 
 		 494 aa  895    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.959861  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3694  GntR family transcriptional regulator  97.77 
 
 		 494 aa  960    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.385244  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1600  GntR family regulatory protein  69.39 
 
 		 493 aa  634  1e-180  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4441  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  63.86 
 
 		 490 aa  627  1e-178  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.944559 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4510  transcriptional regulator  62.6 
 
 		 489 aa  597  1e-169  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.111052  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3289  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  62.7 
 
 		 485 aa  594  1e-168  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3611  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  61.93 
 
 		 485 aa  585  1e-166  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.444902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1805  GntR family transcriptional regulator  60.04 
 
 		 504 aa  584  1.0000000000000001e-165  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4318  GntR family transcriptional regulator  57.75 
 
 		 504 aa  565  1e-160  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.632192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0346  GntR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 476 aa  472  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03480  GntR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 473 aa  473  1e-132  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000129974 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1085  GntR family transcriptional regulator  51.65 
 
 		 475 aa  464  1e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.350273 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3202  GntR family transcriptional regulator  48.97 
 
 		 478 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00416739 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3750  GntR family transcriptional regulator  49.16 
 
 		 477 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2153  transcriptional regulator  48.74 
 
 		 502 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387109 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2013  GntR family transcriptional regulator  48.95 
 
 		 498 aa  431  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1688  GntR family transcriptional regulator  48.25 
 
 		 491 aa  395  1e-108  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.82306  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1641  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  46.86 
 
 		 488 aa  380  1e-104  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.119637  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1714  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  46.72 
 
 		 488 aa  379  1e-103  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0550689  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2233  GntR family transcriptional regulator  47.02 
 
 		 488 aa  363  3e-99  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.420665  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2172  GntR family transcriptional regulator  40.76 
 
 		 477 aa  329  6e-89  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5633  GntR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 517 aa  309  9e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000615538  normal  0.236104 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5117  transcriptional regulator  38.71 
 
 		 508 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.0000000208159  normal  0.0731219 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0136  GntR family transcriptional regulator  42.3 
 
 		 496 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1933  GntR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 490 aa  307  3e-82  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.100433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5251  GntR family transcriptional regulator  37.9 
 
 		 509 aa  302  1e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5391  transcriptional regulator  37.73 
 
 		 509 aa  302  1e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253395  normal  0.0145041 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5342  GntR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 509 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000722465 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1143  GntR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 496 aa  296  6e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4721  GntR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 492 aa  293  3e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.967408  normal  0.610442 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3892  GntR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 492 aa  293  4e-78  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.179019  normal  0.485504 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0130  GntR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 490 aa  292  9e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2297  GntR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 501 aa  291  1e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.35156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0025  transcriptional regulator  41.72 
 
 		 481 aa  291  2e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.17702 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2304  regulatory protein GntR, HTH  37.53 
 
 		 475 aa  290  4e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2224  transcriptional regulator  40.46 
 
 		 510 aa  289  9e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0182275 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4139  GntR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 503 aa  289  1e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.5231  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5504  transcriptional regulator, GntR family  36.21 
 
 		 520 aa  285  9e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3003  GntR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 487 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.32  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5076  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  39.48 
 
 		 472 aa  284  3.0000000000000004e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1011  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.34 
 
 		 485 aa  280  4e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2795  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.73 
 
 		 500 aa  279  9e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.77384  normal  0.599586 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8097  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  41.3 
 
 		 471 aa  278  1e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5056  regulatory protein, GntR  35.8 
 
 		 520 aa  278  2e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.0000152055  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2951  GntR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 475 aa  277  3e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.604196  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1609  GntR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 569 aa  277  3e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0318445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1334  transcriptional regulator  36.42 
 
 		 501 aa  277  3e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1023  transcriptional regulator  35.21 
 
 		 485 aa  276  4e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.582702 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2546  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  35.37 
 
 		 497 aa  276  7e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.474867  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2234  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.58 
 
 		 497 aa  276  7e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1217  GntR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 501 aa  276  7e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6316  GntR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 493 aa  276  7e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.910059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3105  GntR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 501 aa  276  8e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1925  GntR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 488 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0986  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36 
 
 		 495 aa  275  1.0000000000000001e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3352  GntR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 485 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5345  transcriptional regulator  39.76 
 
 		 506 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0493543 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4833  GntR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 485 aa  274  2.0000000000000002e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1152  GntR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 492 aa  274  2.0000000000000002e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3136  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.1 
 
 		 496 aa  274  3e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0989  GntR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 485 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10010  putative transcriptional regulator  36.63 
 
 		 496 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.287288  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3519  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.51 
 
 		 471 aa  273  5.000000000000001e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4020  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  34.66 
 
 		 499 aa  273  7e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.703474  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4617  GntR family transcriptional regulator  39.75 
 
 		 516 aa  272  8.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.814489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0891  transcriptional regulator  35.5 
 
 		 504 aa  272  9e-72  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00132013  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0801  regulatory protein GntR, HTH  37.39 
 
 		 508 aa  272  9e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0129569  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0345  transcriptional regulator, GntR family  31.16 
 
 		 470 aa  272  1e-71  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.469578  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5851  transcriptional regulator  39.21 
 
 		 520 aa  272  1e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.475987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1108  GntR family transcriptional regulator  33.26 
 
 		 492 aa  272  1e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.851329 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0222  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.58 
 
 		 464 aa  271  1e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3668  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  36.02 
 
 		 472 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.271515  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4510  GntR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 493 aa  270  2.9999999999999997e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.670433 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3060  putative transcriptional regulator, GntR family  34.67 
 
 		 464 aa  270  4e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5145  transcriptional regulator  39.43 
 
 		 516 aa  270  5e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71680  GntR family transcriptional regulator  43.95 
 
 		 491 aa  270  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000463  transcriptional regulator  33.47 
 
 		 467 aa  269  7e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.566945  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5360  GntR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 502 aa  269  8e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.881059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4910  transcriptional regulator  36.79 
 
 		 502 aa  269  8e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3006  GntR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 502 aa  269  8e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3365  transcriptional regulator  36.21 
 
 		 503 aa  268  2e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.987625  normal  0.688219 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3840  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.2 
 
 		 499 aa  268  2e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2017  transcriptional regulator  35.81 
 
 		 505 aa  268  2e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.70352  normal  0.217844 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2382  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.61 
 
 		 503 aa  267  2.9999999999999995e-70  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0552603  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1567  GntR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 473 aa  267  2.9999999999999995e-70  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1783  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.65 
 
 		 501 aa  267  4e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.26432  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0937  GntR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 486 aa  266  5e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1866  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.36 
 
 		 495 aa  266  8e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5015  transcriptional regulator  39.23 
 
 		 502 aa  266  8.999999999999999e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.301985  normal  0.695664 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4136  transcriptional regulator  39.63 
 
 		 515 aa  265  1e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.53433  normal  0.112546 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3667  GntR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 494 aa  265  1e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.890756 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>