More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3750 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3750  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 477 aa  960    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2153  transcriptional regulator  97.27 
 
 		 502 aa  937    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387109 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2013  GntR family transcriptional regulator  99.16 
 
 		 498 aa  955    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3202  GntR family transcriptional regulator  59.87 
 
 		 478 aa  589  1e-167  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00416739 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1740  GntR family transcriptional regulator  50.53 
 
 		 494 aa  442  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.844969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4266  GntR family transcriptional regulator  48.96 
 
 		 494 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501313  normal  0.325137 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4167  transcriptional regulator  49.16 
 
 		 509 aa  434  1e-120  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.117681  normal  0.924645 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4100  GntR family transcriptional regulator  48.96 
 
 		 494 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.959861  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3694  GntR family transcriptional regulator  49.37 
 
 		 494 aa  432  1e-120  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.385244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3251  transcriptional regulator  49.58 
 
 		 494 aa  434  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0346  GntR family transcriptional regulator  50.42 
 
 		 476 aa  420  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03480  GntR family transcriptional regulator  50.94 
 
 		 473 aa  421  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000129974 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4324  transcriptional regulator  49.36 
 
 		 495 aa  421  1e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.203783 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4510  transcriptional regulator  47.54 
 
 		 489 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.111052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1805  GntR family transcriptional regulator  47.89 
 
 		 504 aa  415  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1085  GntR family transcriptional regulator  49.79 
 
 		 475 aa  414  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.350273 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4441  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  47.14 
 
 		 490 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.944559 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0760  GntR family transcriptional regulator  46.42 
 
 		 490 aa  402  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.996679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3611  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  47.54 
 
 		 485 aa  403  1e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.444902  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3289  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  46.3 
 
 		 485 aa  403  1e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4318  GntR family transcriptional regulator  44.7 
 
 		 504 aa  400  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.632192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1208  GntR family transcriptional regulator  47.15 
 
 		 574 aa  394  1e-108  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1682  transcriptional regulator  47.46 
 
 		 493 aa  386  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0192  GntR family regulatory protein  47.26 
 
 		 570 aa  382  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1600  GntR family regulatory protein  47.46 
 
 		 493 aa  385  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1641  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  45.84 
 
 		 488 aa  346  5e-94  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.119637  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1714  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  45.26 
 
 		 488 aa  345  1e-93  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0550689  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1688  GntR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 491 aa  328  1.0000000000000001e-88  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.82306  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2233  GntR family transcriptional regulator  45.26 
 
 		 488 aa  326  6e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.420665  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2297  GntR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 501 aa  289  7e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.35156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0136  GntR family transcriptional regulator  40.76 
 
 		 496 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5342  GntR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 509 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000722465 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2172  GntR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 477 aa  268  1e-70  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1933  GntR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 490 aa  266  8.999999999999999e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.100433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5251  GntR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 509 aa  264  3e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5391  transcriptional regulator  38.08 
 
 		 509 aa  263  4.999999999999999e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253395  normal  0.0145041 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5633  GntR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 517 aa  261  1e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000615538  normal  0.236104 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5117  transcriptional regulator  37.6 
 
 		 508 aa  259  7e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.0000000208159  normal  0.0731219 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4721  GntR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 492 aa  257  4e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.967408  normal  0.610442 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4510  GntR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 493 aa  256  6e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.670433 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5126  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 492 aa  251  2e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.835239  normal  0.332894 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1925  GntR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 488 aa  249  8e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5851  transcriptional regulator  36.52 
 
 		 520 aa  249  1e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.475987  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1152  GntR family transcriptional regulator  37.9 
 
 		 492 aa  249  1e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2224  transcriptional regulator  37.4 
 
 		 510 aa  248  2e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0182275 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1143  GntR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 496 aa  248  2e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3352  GntR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 485 aa  247  4e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5145  transcriptional regulator  36.09 
 
 		 516 aa  247  4e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4617  GntR family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 516 aa  246  4e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.814489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3719  transcriptional regulator  36.95 
 
 		 476 aa  246  6.999999999999999e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3267  transcriptional regulator  37.34 
 
 		 492 aa  246  8e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4139  GntR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 503 aa  245  9.999999999999999e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.5231  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1011  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.37 
 
 		 485 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1609  GntR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 569 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0318445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6316  GntR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 493 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.910059  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5504  transcriptional regulator, GntR family  35.91 
 
 		 520 aa  244  3e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3003  GntR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 487 aa  244  3.9999999999999997e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.32  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1023  transcriptional regulator  32.98 
 
 		 485 aa  243  5e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.582702 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5056  regulatory protein, GntR  35.19 
 
 		 520 aa  243  7.999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.0000152055  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5360  GntR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 502 aa  242  9e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.881059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6170  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.88 
 
 		 523 aa  242  9e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4910  transcriptional regulator  35.34 
 
 		 502 aa  242  9e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3006  GntR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 502 aa  242  9e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000463  transcriptional regulator  31.76 
 
 		 467 aa  242  1e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.566945  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0025  transcriptional regulator  39.65 
 
 		 481 aa  242  1e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.17702 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0989  GntR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 485 aa  241  2e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2795  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.23 
 
 		 500 aa  241  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.77384  normal  0.599586 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3365  transcriptional regulator  35.17 
 
 		 503 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.987625  normal  0.688219 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5076  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.5 
 
 		 472 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0835  GntR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 501 aa  240  4e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.255171 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0044  GntR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 493 aa  239  5.999999999999999e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0130  GntR family transcriptional regulator  36.34 
 
 		 490 aa  239  8e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4710  GntR family transcriptional regulator  35.28 
 
 		 502 aa  239  8e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.991475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5240  transcriptional regulator  35.03 
 
 		 502 aa  239  1e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2546  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  34.95 
 
 		 497 aa  238  1e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.474867  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0986  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.25 
 
 		 495 aa  238  1e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1108  GntR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 492 aa  238  2e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.851329 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0281  GntR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 503 aa  238  2e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0801  regulatory protein GntR, HTH  37.53 
 
 		 508 aa  238  2e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0129569  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2304  regulatory protein GntR, HTH  33.67 
 
 		 475 aa  238  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5048  transcriptional regulator  36.08 
 
 		 502 aa  238  2e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.528927 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2234  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.08 
 
 		 497 aa  237  3e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4520  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.17 
 
 		 501 aa  237  3e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5345  transcriptional regulator  36.22 
 
 		 506 aa  237  4e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0493543 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0030  putative transcription regulator protein  35.89 
 
 		 509 aa  236  5.0000000000000005e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10010  putative transcriptional regulator  36.09 
 
 		 496 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.287288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8097  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  38.01 
 
 		 471 aa  236  8e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4852  transcriptional regulator  33.95 
 
 		 523 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.791352 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3711  transcriptional regulator  33.74 
 
 		 504 aa  234  3e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0129081 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4619  transcriptional regulator  34.07 
 
 		 520 aa  234  3e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.232866 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3892  GntR family transcriptional regulator  34.79 
 
 		 492 aa  234  3e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.179019  normal  0.485504 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0395  GntR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 497 aa  233  8.000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.382669 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0345  transcriptional regulator, GntR family  30.93 
 
 		 470 aa  233  8.000000000000001e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.469578  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0811  GntR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 564 aa  232  9e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.482303  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1478.1  GntR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 546 aa  232  9e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0495  transcriptional regulator  33.86 
 
 		 561 aa  232  9e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.885427  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2128  GntR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 564 aa  232  9e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.203472  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2017  transcriptional regulator  31.28 
 
 		 505 aa  232  1e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.70352  normal  0.217844 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3397  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  35.17 
 
 		 504 aa  232  1e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3456  transcriptional regulator  36.49 
 
 		 501 aa  232  1e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.987625  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>