More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_5117 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_5342  GntR family transcriptional regulator  84.25 
 
 
509 aa  868    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000722465 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5504  transcriptional regulator, GntR family  67.79 
 
 
520 aa  672    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5056  regulatory protein, GntR  67.44 
 
 
520 aa  678    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.0000152055  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5633  GntR family transcriptional regulator  72.5 
 
 
517 aa  736    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000615538  normal  0.236104 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5251  GntR family transcriptional regulator  83.46 
 
 
509 aa  863    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5117  transcriptional regulator  100 
 
 
508 aa  1024    Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.0000000208159  normal  0.0731219 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5391  transcriptional regulator  85.63 
 
 
509 aa  883    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253395  normal  0.0145041 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0130  GntR family transcriptional regulator  60.99 
 
 
490 aa  619  1e-176  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71680  GntR family transcriptional regulator  62.65 
 
 
491 aa  548  1e-155  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6219  putative transcriptional regulator  62.25 
 
 
491 aa  530  1e-149  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0136  GntR family transcriptional regulator  47.33 
 
 
496 aa  384  1e-105  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2297  GntR family transcriptional regulator  42.69 
 
 
501 aa  337  3.9999999999999995e-91  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.35156  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1933  GntR family transcriptional regulator  39.46 
 
 
490 aa  324  3e-87  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.100433  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1609  GntR family transcriptional regulator  37.82 
 
 
569 aa  322  9.000000000000001e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0318445  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0345  transcriptional regulator, GntR family  34.16 
 
 
470 aa  321  1.9999999999999998e-86  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.469578  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2172  GntR family transcriptional regulator  38.38 
 
 
477 aa  320  5e-86  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1152  GntR family transcriptional regulator  40.37 
 
 
492 aa  311  2e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4167  transcriptional regulator  38.71 
 
 
509 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.117681  normal  0.924645 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3694  GntR family transcriptional regulator  38.71 
 
 
494 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.385244  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4721  GntR family transcriptional regulator  38.79 
 
 
492 aa  308  2.0000000000000002e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.967408  normal  0.610442 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3711  transcriptional regulator  38.37 
 
 
504 aa  308  2.0000000000000002e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0129081 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2934  GntR family transcriptional regulator  39.09 
 
 
513 aa  307  3e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3611  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  39.28 
 
 
485 aa  306  5.0000000000000004e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.444902  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1740  GntR family transcriptional regulator  38.21 
 
 
494 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.844969  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3251  transcriptional regulator  38.21 
 
 
494 aa  306  6e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1011  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.24 
 
 
485 aa  306  7e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1023  transcriptional regulator  37.22 
 
 
485 aa  306  7e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.582702 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2382  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.22 
 
 
503 aa  306  8.000000000000001e-82  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0552603  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4100  GntR family transcriptional regulator  38.21 
 
 
494 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.959861  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6889  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.68 
 
 
515 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0343806  normal  0.248624 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4266  GntR family transcriptional regulator  38.21 
 
 
494 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501313  normal  0.325137 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5360  GntR family transcriptional regulator  39.46 
 
 
502 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.881059  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4910  transcriptional regulator  39.46 
 
 
502 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3006  GntR family transcriptional regulator  39.46 
 
 
502 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1334  transcriptional regulator  38.67 
 
 
501 aa  304  2.0000000000000002e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4852  transcriptional regulator  37.9 
 
 
523 aa  304  3.0000000000000004e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.791352 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4710  GntR family transcriptional regulator  39.05 
 
 
502 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.991475  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0281  GntR family transcriptional regulator  39.05 
 
 
503 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0989  GntR family transcriptional regulator  37.04 
 
 
485 aa  303  5.000000000000001e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5240  transcriptional regulator  39.05 
 
 
502 aa  303  6.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2866  GntR family transcriptional regulator  39.5 
 
 
492 aa  302  1e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.156549  normal  0.161976 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3105  GntR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
501 aa  301  1e-80  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3289  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  38.65 
 
 
485 aa  302  1e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3352  GntR family transcriptional regulator  36.91 
 
 
485 aa  300  4e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4307  transcriptional regulator  38.97 
 
 
488 aa  300  5e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0835  GntR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
501 aa  300  5e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.255171 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1217  GntR family transcriptional regulator  38.25 
 
 
501 aa  300  6e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3003  GntR family transcriptional regulator  36.57 
 
 
487 aa  299  7e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.32  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4324  transcriptional regulator  38.05 
 
 
495 aa  299  7e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.203783 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3365  transcriptional regulator  38.81 
 
 
503 aa  299  9e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.987625  normal  0.688219 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1714  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  40.16 
 
 
488 aa  298  1e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0550689  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4139  GntR family transcriptional regulator  36.14 
 
 
503 aa  298  1e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.5231  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2234  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.02 
 
 
497 aa  299  1e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6170  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  40.66 
 
 
523 aa  298  2e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1641  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  40 
 
 
488 aa  297  3e-79  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.119637  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2546  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  37.58 
 
 
497 aa  296  4e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.474867  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0030  putative transcription regulator protein  38.49 
 
 
509 aa  296  5e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1208  GntR family transcriptional regulator  39.24 
 
 
574 aa  296  6e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3892  GntR family transcriptional regulator  39.75 
 
 
492 aa  296  7e-79  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.179019  normal  0.485504 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1809  GntR family transcriptional regulator  37.21 
 
 
506 aa  295  1e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3397  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  38.41 
 
 
504 aa  295  1e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0430  GntR family transcriptional regulator  37.21 
 
 
506 aa  295  1e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1783  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.32 
 
 
501 aa  295  1e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.26432  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0348  GntR family transcriptional regulator  37.89 
 
 
495 aa  295  1e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2171  GntR family transcriptional regulator  37.79 
 
 
507 aa  295  2e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.164401  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0641  GntR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
506 aa  294  2e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.371693  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0480  GntR family transcriptional regulator  37.21 
 
 
509 aa  295  2e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.320093  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4318  GntR family transcriptional regulator  35.11 
 
 
504 aa  294  2e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.632192  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3267  transcriptional regulator  38.79 
 
 
492 aa  293  3e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0569  transcriptional regulator  37.14 
 
 
499 aa  294  3e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0423  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  39.75 
 
 
494 aa  293  4e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2503  GntR family transcriptional regulator  37.08 
 
 
506 aa  293  5e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3720  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.09 
 
 
507 aa  293  6e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0638  transcriptional regulator, GntR family  33.74 
 
 
466 aa  293  6e-78  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2364  GntR family transcriptional regulator  37.06 
 
 
506 aa  293  7e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0684851  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0817  GntR family transcriptional regulator  37.06 
 
 
506 aa  293  7e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.389843  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5345  transcriptional regulator  39.29 
 
 
506 aa  293  7e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0493543 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4619  transcriptional regulator  35.48 
 
 
520 aa  293  7e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.232866 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4520  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.22 
 
 
501 aa  292  8e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5076  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.2 
 
 
472 aa  292  1e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0025  transcriptional regulator  40.13 
 
 
481 aa  291  3e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.17702 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3295  GntR family transcriptional regulator  37.58 
 
 
507 aa  290  3e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.761418 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5126  GntR family transcriptional regulator  38.59 
 
 
492 aa  290  3e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.835239  normal  0.332894 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0551  GntR family transcriptional regulator  33.74 
 
 
466 aa  290  4e-77  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0582  GntR family transcriptional regulator  33.74 
 
 
466 aa  290  4e-77  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.915495  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4320  transcriptional regulator  36.27 
 
 
521 aa  290  4e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.268323 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3811  transcriptional regulator  37.58 
 
 
507 aa  290  6e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3610  transcriptional regulator  37.37 
 
 
507 aa  289  6e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.530067  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4449  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
507 aa  289  6e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3403  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.94 
 
 
489 aa  289  6e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.335079 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3917  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
507 aa  289  6e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3119  transcription regulator protein  39 
 
 
488 aa  288  1e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1143  GntR family transcriptional regulator  35.93 
 
 
496 aa  288  1e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1085  GntR family transcriptional regulator  37.68 
 
 
475 aa  288  1e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.350273 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0495  GntR family transcriptional regulator  33.74 
 
 
466 aa  288  2e-76  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0937  GntR family transcriptional regulator  37.35 
 
 
486 aa  287  2.9999999999999996e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1108  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 
492 aa  287  2.9999999999999996e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.851329 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1866  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.85 
 
 
495 aa  286  4e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0620  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 
466 aa  286  4e-76  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3519  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.92 
 
 
471 aa  286  4e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>