More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1835 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1835  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 491 aa  1003    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.752029  normal  0.359008 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4858  GntR family transcriptional regulator  56.19 
 
 		 491 aa  545  1e-154  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0612909 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3508  GntR family transcriptional regulator  54.83 
 
 		 489 aa  523  1e-147  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1648  GntR family transcriptional regulator  50.92 
 
 		 495 aa  477  1e-133  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4017  GntR family transcriptional regulator  50.41 
 
 		 489 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0156  GntR family transcriptional regulator  47.23 
 
 		 488 aa  442  1e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4274  GntR family transcriptional regulator  48.37 
 
 		 499 aa  432  1e-120  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.334325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2044  HTH-type transcriptional regulator  45.7 
 
 		 488 aa  421  1e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.411969 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0071  GntR family transcriptional regulator  43.67 
 
 		 496 aa  379  1e-104  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2850  GntR family transcriptional regulator  43 
 
 		 495 aa  368  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.107434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2022  transcriptional regulator  40.5 
 
 		 509 aa  348  2e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.190123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4374  putative transcriptional regulator, GntR family  39.41 
 
 		 508 aa  338  1.9999999999999998e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3752  GntR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 513 aa  337  2.9999999999999997e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.840218  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0695  GntR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 508 aa  334  3e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0519778  hitchhiker  0.00612564 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1990  GntR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 508 aa  331  1e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6226  transcriptional regulator  37.63 
 
 		 509 aa  323  4e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4514  transcriptional regulator  40.04 
 
 		 509 aa  319  6e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.260672 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0025  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.68 
 
 		 494 aa  314  2.9999999999999996e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4287  GntR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 512 aa  313  3.9999999999999997e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00564262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0109  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  40.42 
 
 		 513 aa  312  6.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.290721  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3848  transcriptional regulator, GntR family  38.05 
 
 		 506 aa  311  1e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0135  GntR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 527 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.868038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0157  GntR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 486 aa  308  2.0000000000000002e-82  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0046  transcriptional regulator  35.62 
 
 		 490 aa  305  1.0000000000000001e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0170475 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5672  transcriptional regulator  38.18 
 
 		 508 aa  299  8e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179378 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4755  transcriptional regulator  39.29 
 
 		 501 aa  292  8e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1493  GntR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 497 aa  264  2e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.40552 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2172  GntR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 477 aa  202  9.999999999999999e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3365  transcriptional regulator  30.64 
 
 		 503 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.987625  normal  0.688219 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1952  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  28.36 
 
 		 465 aa  201  3e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00720437  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2546  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  32.06 
 
 		 497 aa  199  9e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.474867  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4520  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  30.08 
 
 		 501 aa  197  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1866  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  30.52 
 
 		 495 aa  197  4.0000000000000005e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0281  GntR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 503 aa  197  5.000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4318  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 504 aa  196  8.000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.632192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4710  GntR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 502 aa  196  8.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.991475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5427  transcriptional regulator  32.77 
 
 		 490 aa  195  1e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.491975  normal  0.163691 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2934  GntR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 513 aa  195  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5360  GntR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 502 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.881059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4910  transcriptional regulator  30.3 
 
 		 502 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3006  GntR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 502 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6889  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  29.42 
 
 		 515 aa  194  3e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0343806  normal  0.248624 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0430  GntR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 506 aa  194  3e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5240  transcriptional regulator  29.96 
 
 		 502 aa  194  3e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1809  GntR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 506 aa  194  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0480  GntR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 509 aa  194  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.320093  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3107  transcriptional regulator  33.41 
 
 		 478 aa  193  5e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.936861  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2234  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  31.15 
 
 		 497 aa  193  7e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2171  GntR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 507 aa  192  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.164401  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0801  regulatory protein GntR, HTH  31.89 
 
 		 508 aa  192  1e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0129569  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2503  GntR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 506 aa  192  2e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2364  GntR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 506 aa  192  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0684851  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0817  GntR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 506 aa  192  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.389843  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0641  GntR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 506 aa  191  2e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.371693  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0835  GntR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 501 aa  191  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.255171 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0565  GntR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 493 aa  189  9e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.41207 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4510  GntR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 493 aa  189  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.670433 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0891  transcriptional regulator  29.65 
 
 		 504 aa  189  1e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00132013  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1217  GntR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 501 aa  189  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1334  transcriptional regulator  30.63 
 
 		 501 aa  189  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4307  transcriptional regulator  32.37 
 
 		 488 aa  188  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4666  transcriptional regulator  29.84 
 
 		 511 aa  188  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1933  GntR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 490 aa  188  2e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.100433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3105  GntR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 501 aa  188  2e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3917  GntR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 507 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3610  transcriptional regulator  30.25 
 
 		 507 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.530067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0760  GntR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 490 aa  187  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.996679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4449  GntR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 507 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4441  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.08 
 
 		 490 aa  186  6e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.944559 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0136  GntR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 496 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1783  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  29.81 
 
 		 501 aa  185  2.0000000000000003e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.26432  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4266  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 494 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501313  normal  0.325137 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3611  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  31.74 
 
 		 485 aa  185  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.444902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4100  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 494 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.959861  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10010  putative transcriptional regulator  33.07 
 
 		 496 aa  184  3e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.287288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3811  transcriptional regulator  29.09 
 
 		 507 aa  184  3e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3295  GntR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 507 aa  184  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.761418 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3694  GntR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 494 aa  184  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.385244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4320  transcriptional regulator  28.63 
 
 		 521 aa  184  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.268323 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6316  GntR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 493 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.910059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3251  transcriptional regulator  31.79 
 
 		 494 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1714  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  33.67 
 
 		 488 aa  183  6e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0550689  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5117  transcriptional regulator  30.18 
 
 		 508 aa  183  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.0000000208159  normal  0.0731219 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1641  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  33.47 
 
 		 488 aa  182  8.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.119637  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5342  GntR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 509 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000722465 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2297  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 501 aa  182  1e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.35156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4510  transcriptional regulator  30.2 
 
 		 489 aa  182  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.111052  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2382  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  30.66 
 
 		 503 aa  182  1e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0552603  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1805  GntR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 504 aa  181  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3492  GntR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 473 aa  181  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.249903  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0348  GntR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 495 aa  181  2e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3892  GntR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 492 aa  181  2e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.179019  normal  0.485504 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4619  transcriptional regulator  27.47 
 
 		 520 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.232866 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0346  GntR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 476 aa  180  5.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4167  transcriptional regulator  32.43 
 
 		 509 aa  180  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.117681  normal  0.924645 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5076  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  29.04 
 
 		 472 aa  179  7e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1609  GntR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 569 aa  179  8e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0318445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5788  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 496 aa  179  8e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5251  GntR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 509 aa  179  9e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3289  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  31.49 
 
 		 485 aa  179  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>